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标题: Gromacs额外水模型使用疑问 [打印本页]

作者
Author: FMGwenyanhoon 时间: 2020-1-10 03:02
标题: Gromacs额外水模型使用疑问
想请教一下，如果我想使用GROMACS没有的OPC或者OPC3水模型，来模拟比如水-甲醇或者水-氯化钠体系。需要如何确定力场和结构文件？

比如我现在有了GROMACS可以用的OPC拓扑文件：https://bioinformatics.cs.vt.edu/~izadi/OPC_Gromacs/opc.top

1.然后结构文件我是不是需要找到OPC的原文献然后画一个如图一所示的结构，再用insert-molecules命令构建盒子？

或者通过已有的三点水模型体系盒子（prod.gro），外加cat prod.gro命令来构建盒子？

2.然后力场该如何选择？我看一些有的16年的文献模拟水-醇还用GROMOS99，有的用amber，OPC好像也不是哪个力场的御用水模型，该如何选择呢？

3.另外我看一些地方（https://bioinformatics.cs.vt.edu/~izadi/OPC_Gromacs/README.txt）说使用OPC需要vdwtype = PME或者DisCorr = EnerPres二选一，那么假如我要模拟气液界面体系，由于盒子未填满，是不是就只有：vdwtype = PME + DisCorr = no 这一种合理的设定了？

谢谢各位！！

作者
Author: sobereva 时间: 2020-1-10 04:23
1 照常用tip4p.gro通过gmx solvate填充水，不用做特殊考虑

2 对于目前最新的AMBER19SB，对于模拟蛋白质来说，根据文中的测试用OPC结果会比用其它的更好。但对于其它力场模拟蛋白质，并非水模型本身越好结果就越好，还有误差抵消问题。
如果是模拟小分子溶液，水模型对结果影响较显著，鼓励用OPC。

3 此时不应当用DisCorr = EnerPres。也没必要用DisCorr = EnerPres。不要太教条

作者
Author: FMGwenyanhoon 时间: 2020-1-10 14:18

sobereva 发表于 2020-1-10 04:23
1 照常用tip4p.gro通过gmx solvate填充水，不用做特殊考虑

2 对于目前最新的AMBER19SB，对于模拟蛋白质 ...

明白了，您的意思就是：
1. 几点水模型就用相应的模板，只需要拓扑文件，结构文件不需要变动。比如OPC3，那就用OPC3的itp文件+spc216.gro+sovlate填充，OPC就用tip4p.gro+OPC.itp+solvate填充；我理解的没问题吧？

2. 我还想问问您，如果就知道模拟小分子体系应该选用什么力场呢？电解质溶液选用KBFF，那非电解质比如水-醇或者多组分有机小分子的气液界面该如何选择呢？因为不同文章力场选择不一样，有的2016年的文章只写自己用的力场是GROMOS96，具体什么版本也不写。我看您讲义有的时候用amber99sb-ildn，有的时候用54a7_atb，是这些力场都能用，没有特别讲究的意思吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2020-1-10 18:34

FMGwenyanhoon 发表于 2020-1-10 14:18
明白了，您的意思就是：
1. 几点水模型就用相应的模板，只需要拓扑文件，结构文件不需要变动。比如OPC3 ...

1 对

2 去看文章具体引的哪篇文献。没有特殊情况的话，GROMOS力场一律用最新版。
讲义上用不同力场是作为例子，让学员知道怎么用不同力场。如果没有特殊情况，小分子体系我一律用GAFF，产生拓扑文件省事，原子类型命名清楚，原子电荷有标准方法得到（Multiwfn算RESP电荷），而且有兼容的其它力场。

作者
Author: FMGwenyanhoon 时间: 2020-1-11 22:06

sobereva 发表于 2020-1-10 18:34
1 对

2 去看文章具体引的哪篇文献。没有特殊情况的话，GROMOS力场一律用最新版。

1. 好的谢谢您！！

2. 我又仔细看了看，那假如我模拟纯水体系，好比我现在已经有了水.itp，那成键项的atom,bonds那些信息我有了（ffbonded.itp我已经不需要了，信息已经在水.itp里面了），原子类型范德华参数写在ffnonbonded.itp里，然后我把水.itp的atomtpyes的LJ系数复制到ffnonbonded.itp里面，现在ffnonbonded真正用得上的也是我新复制过去的（相当于旧的ffnonbonded.itp也没用），那现在岂不是只有forcefield文件的14作用计算规则等选项是我可以选择的，相当于在模拟纯水的时候，我只需要把准备好水.itp和forcefield即可。假如我们默认模拟纯水只用OPC，那相当于可选择的选项只有forcefield一项，在amber，GROMOS，OPLA-AA，CHARMM选一个计算规则即可（GAFF最好选和其兼容的Amber），我理解的对吗？

3. 那我们把这个问题拓展一下，对于有机小分子，情况岂不是和水一样？假如我们用此帖子中的工具生成基于GAFF力场的有机小分子.itp文件（http://bbs.keinsci.com/thread-14040-1-1.html），然后成键项在itp里，非键项从itp里复制到ffnonbonded了。那情况是不是就又变成了只需要选择力场（LJ计算规则等）了？我理解的对吗？（这应该也是讲义里说.itp文件不是必须的的原因，那些信息有就行，不用重复写两遍）

作者
Author: sobereva 时间: 2020-1-11 22:15

FMGwenyanhoon 发表于 2020-1-11 22:06
1. 好的谢谢您！！

2. 我又仔细看了看，那假如我模拟纯水体系，好比我现在已经有了水.itp，那成键项 ...

给你具体例子

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我看不太懂你的问题。只要最终top里的所有include都展开后满足gmx要求便可。
用acpype时也不存在什么选择力场问题，只能用AMBER。因为AMBER、OPLS、CHARMM、GROMOS力场的[defaults]差异很大，力场文件里的记录规则也不同，非键参数难以调和

作者
Author: FMGwenyanhoon 时间: 2020-1-12 01:20

sobereva 发表于 2020-1-11 22:15
给你具体例子

嗯嗯好的，这样一条一条对比，我也知道表2的每个数据对应.itp的什么地方了。谢谢您！！

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