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标题: 求助 NAMD如何模拟带电荷的氨基酸 [打印本页]

作者
Author: xcandy 时间: 2020-1-10 17:10
标题: 求助 NAMD如何模拟带电荷的氨基酸
求助，我所用的蛋白质中有赖氨酸，在charm36的拓扑文件中名称为LYS，是带一个正电荷。
我用VMD psfgen 生成的pdb中该氨基酸的名称就是LYS，但是不带电荷。
请问老师们我想模拟带电荷的氨基酸，应该怎么办呢？用NAMD 的Constant-pH Simulations相关语句吗？

作者
Author: fhh2626 时间: 2020-1-10 20:17
charmm-gui生成pdb时有质子化相关选项

作者
Author: xcandy 时间: 2020-1-10 22:52

fhh2626 发表于 2020-1-10 20:17
charmm-gui生成pdb时有质子化相关选项

搞定了，谢谢老师

作者
Author: 啊哈哈哈 时间: 2022-6-21 15:10
本帖最后由啊哈哈哈于 2022-6-21 20:09 编辑

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