计算化学公社

标题: 计算溶剂分子RESP电荷时是否需要加入隐式溶剂 [打印本页]

作者
Author: dinghongming 时间: 2020-1-11 20:48
标题: 计算溶剂分子RESP电荷时是否需要加入隐式溶剂

根据Sobereva老师该文http://sobereva.com/441指出，目前Gaussian对隐式溶剂模型已经比较支持了，正常在计算溶质分子在溶剂中的行为时需要考虑到隐式溶剂模型。

不过我有个小疑问，比如我要计算乙醇溶液中单个乙醇分子的RESP电荷，是不是也要加入scrf=(solvent=ethanol)呢？

PS:我的研究目标是先通过gaussian结合ambertool计算和构建出溶质分子和溶剂分子的RESP电荷及相关amber力场参数，然后进行全原子分子动力学模拟。

作者
Author: sobereva 时间: 2020-1-11 21:01
原理上，你计算的分子在动力学过程中浸在什么环境里，就应当用隐式溶剂模型表现什么环境。因此当前情况应当量化计算时加上scrf(solvent=ethanol)

作者
Author: realjun.zhou 时间: 2020-1-12 07:42

sobereva 发表于 2020-1-11 21:01
原理上，你计算的分子在动力学过程中浸在什么环境里，就应当用隐式溶剂模型表现什么环境。因此当前情况应当 ...

老师，那请问计算活性剂分子的RESP电荷时，是不是也需要考虑在水环境中呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2020-1-12 14:27

realjun.zhou 发表于 2020-1-12 07:42
老师，那请问计算活性剂分子的RESP电荷时，是不是也需要考虑在水环境中呢？

如果是在水环境中模拟的，就考虑

作者
Author: dinghongming 时间: 2020-1-12 22:06

sobereva 发表于 2020-1-11 21:01
原理上，你计算的分子在动力学过程中浸在什么环境里，就应当用隐式溶剂模型表现什么环境。因此当前情况应当 ...

谢谢sobereva老师!

作者
Author: realjun.zhou 时间: 2020-1-13 20:04

sobereva 发表于 2020-1-12 14:27
如果是在水环境中模拟的，就考虑

那老师如果是模拟气液界面的话，有必要考虑么？我算了一下，两者之间差异不是很大。

作者
Author: sobereva 时间: 2020-1-13 20:45

realjun.zhou 发表于 2020-1-13 20:04
那老师如果是模拟气液界面的话，有必要考虑么？我算了一下，两者之间差异不是很大。

考虑

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)