谢谢卢老师，你的推测应该是对的。我把原文附在后面，请帮我看看Figure 4C和Figure 5具体怎么做出来的（请见PDF附件）。1）您提到：“maximum number of H-bonds”利用gmx hbond直接就能得到，我使用了gmx hbond...[-num [<.xvg>]] 输出了“number of hydrogen bonds as a function of time.”（这似乎是整个体系的平均能量变化，而不是maximum number of H-bonds），但是文献中显示的“maximum number of H-bonds”似乎是对应于“最大SASA团簇体系”？
2）文中似乎先筛选出最大SASA，再计算每一帧最大SASA对应的氢键、每一帧最大sasa对应的自由能。但我不确定是否如此。