计算化学公社

标题: 求助：调用高斯的freqchk计算吉布斯自由能修正问题 [打印本页]

作者
Author: Villars 时间: 2020-1-13 20:15
标题: 求助：调用高斯的freqchk计算吉布斯自由能修正问题
各位老师们好！我使用gaussian 16在linux环境下调用freqchk工具计算ZPE，ΔH和熵校正因子下吉布斯自由能的修正值。按照“谈谈谐振频率校正因子”一文所述，“用Gaussian自带的freqchk工具，它会从chk文件中读取储存的Hessian矩阵并作分析。启动它之后，输入chk文件路径，然后依次输入
N //不输出Hyperchem文件
323 //温度。如果输入0则为默认的298.15K
1    //压力。如果输入0则为默认的1atm
0.8905 //校正因子
[回车]
[回车]”

我在输入校正因子之后，出现如下这种报错：

$ freqchk
Checkpoint file? IBU_add_c10_OH.chk
Write Hyperchem files? n
Temperature (K)? [0=>298.15] 0
Pressure (Atm)? [0=>1 atm] 0
Scale factor for frequencies during thermochemistry? [0=>1/1.12] 0.9813
Out-of-memory error in routine FreqChk-EDrv (IEnd=    448584129 MxCore=    104857600)
Use %mem=428MW to provide the minimum amount of memory required to complete this step.
Error termination via Lnk1e at Mon Jan 13 20:14:11 2020.
Error: segmentation violation
rax 0000000000000000, rbx 00000000010596a8, rcx ffffffffffffffff
rdx 0000000000014733, rsp 00007ffe0b5e1db8, rbp 00007ffe0b5e1e10
rsi 000000000000000b, rdi 0000000000014733, r8  00002b044b216180
r9  0101010101010101, r10 00007ffe0b5e1b40, r11 0000000000000206
r12 00007ffe0b5e2450, r13 000000000104b870, r14 0000000000000003
r15 0000000000000001
  --- traceback not available
Aborted

请问老师们这种报错该如何解决？万分感谢

作者
Author: zjxitcc 时间: 2020-1-13 20:25
初中英语翻译题“Use %mem=428MW to provide the minimum amount of memory required to complete this step.”
在高斯环境变量里加上export GAUSS_MEMDEF=4GB，退出重登，再操作。

作者
Author: Villars 时间: 2020-1-13 20:37

zjxitcc 发表于 2020-1-13 20:25
初中英语翻译题“Use %mem=428MW to provide the minimum amount of memory required to complete this ste ...

感谢老师的解答，终于解决了，谢谢老师！

作者
Author: Villars 时间: 2020-1-13 21:17

zjxitcc 发表于 2020-1-13 20:25
初中英语翻译题“Use %mem=428MW to provide the minimum amount of memory required to complete this ste ...

老师，您好！刚才我又尝试做了一下，这次虽然运行了，可是不知道为什么没有找到社长提到的
“Zero-point correction= A
Thermal correction to Energy= B
Thermal correction to Enthalpy= C 注意这一项不是ΔH，而是ZPE+ΔH
Thermal correction to Gibbs Free Energy= D” 这四个变量，我的操作流程是下面的过程，请问一下您知道是哪里出了问题吗？万分感谢

$ freqchk
Checkpoint file? IBU_add_c12_OH.chk
Write Hyperchem files? n
Temperature (K)? [0=>298.15] 0
Pressure (Atm)? [0=>1 atm] 0
Scale factor for frequencies during thermochemistry? [0=>1/1.12] 0.9813
Do you want to use the default isotope masses? [Y]:
---------------------------------------------------------------------
Center    Atomic                   Coordinates (Angstroms)
Number    Number                      X          Y          Z
---------------------------------------------------------------------
   1       8                   3.234774 2.023719 0.900236
   2       8                   3.022392 1.784882 -1.329738
   3       6                -3.993852 0.396089 -0.174678
   4       6                -3.162437 -0.676194 0.587012
   5       6                -1.657027 -0.562699 0.458681
   6       6                   1.170265 -0.317553 0.201492
   7       6                   2.689196 -0.166662 0.096069
   8       6                -3.743812 1.818132 0.345418
   9       6                -3.792896 0.319497 -1.694351
   10       6                -0.959628 -1.245077 -0.542723
   11       6                -0.905970 0.235226 1.341999
   12       6                   0.431813 -1.134958 -0.673501
   13       6                   0.474742 0.357099 1.216314
   14       6                   3.361388 -1.071444 -0.941934
   15       6                   2.998017 1.295326 -0.223396
   16       1                -5.045124 0.148069 0.033733
   17       1                -3.477848 -1.664479 0.227995
   18       1                -3.437736 -0.628655 1.649122
   19       1                   3.106993 -0.386166 1.084390
   20       1                -2.713116 2.139106 0.155427
   21       1                -3.925775 1.889188 1.424949
   22       1                -4.409805 2.533127 -0.151688
   23       1                -4.452316 1.028631 -2.208287
   24       1                -2.761360 0.562432 -1.974141
   25       1                -4.018176 -0.682867 -2.078876
   26       1                -1.501058 -1.887844 -1.232437
   27       1                -1.414119 0.760658 2.147117
   28       1                   0.927730 -1.657546 -1.482020
   29       1                   1.024571 0.975428 1.920918
   30       1                   3.128490 -2.119092 -0.735948
   31       1                   3.034896 -0.816300 -1.953930
   32       1                   4.448532 -0.946920 -0.900612
   33       1                   3.384554 2.940568 0.598065
   34       8                   1.276006 -3.136606 0.728178
   35       1                   0.376499 -3.044002 1.108411
---------------------------------------------------------------------
Atom    1 has atomic number 8 and mass  15.99491
Atom    2 has atomic number 8 and mass  15.99491
Atom    3 has atomic number 6 and mass  12.00000
Atom    4 has atomic number 6 and mass  12.00000
Atom    5 has atomic number 6 and mass  12.00000
Atom    6 has atomic number 6 and mass  12.00000
Atom    7 has atomic number 6 and mass  12.00000
Atom    8 has atomic number 6 and mass  12.00000
Atom    9 has atomic number 6 and mass  12.00000
Atom 10 has atomic number 6 and mass  12.00000
Atom 11 has atomic number 6 and mass  12.00000
Atom 12 has atomic number 6 and mass  12.00000
Atom 13 has atomic number 6 and mass  12.00000
Atom 14 has atomic number 6 and mass  12.00000
Atom 15 has atomic number 6 and mass  12.00000
Atom 16 has atomic number 1 and mass 1.00783
Atom 17 has atomic number 1 and mass 1.00783
Atom 18 has atomic number 1 and mass 1.00783
Atom 19 has atomic number 1 and mass 1.00783
Atom 20 has atomic number 1 and mass 1.00783
Atom 21 has atomic number 1 and mass 1.00783
Atom 22 has atomic number 1 and mass 1.00783
Atom 23 has atomic number 1 and mass 1.00783
Atom 24 has atomic number 1 and mass 1.00783
Atom 25 has atomic number 1 and mass 1.00783
Atom 26 has atomic number 1 and mass 1.00783
Atom 27 has atomic number 1 and mass 1.00783
Atom 28 has atomic number 1 and mass 1.00783
Atom 29 has atomic number 1 and mass 1.00783
Atom 30 has atomic number 1 and mass 1.00783
Atom 31 has atomic number 1 and mass 1.00783
Atom 32 has atomic number 1 and mass 1.00783
Atom 33 has atomic number 1 and mass 1.00783
Atom 34 has atomic number 8 and mass  15.99491
Atom 35 has atomic number 1 and mass 1.00783
Project out gradient direction? [N]
Stoichiometry C13H19O3(2)
Framework group  C1[X(C13H19O3)]
Deg. of freedom 99
Full point group                C1    NOp 1
No force constants found in file.
Rotational constants (GHZ):          0.7896840          0.2823381          0.2466834

作者
Author: liyuanhe211 时间: 2020-1-13 21:24

Villars 发表于 2020-1-13 21:17
老师，您好！刚才我又尝试做了一下，这次虽然运行了，可是不知道为什么没有找到社长提到的
“Zero-poin ...

有了2L的教训，还不仔细看输出？“No force constants found in file.”

作者
Author: Villars 时间: 2020-1-13 21:31

liyuanhe211 发表于 2020-1-13 21:24
有了2L的教训，还不仔细看输出？“No force constants found in file.”

感谢您的回复，请问老师“No force constants found in file" 这种情况可能是由于什么原因造成的？我之前使用的是B3LYP/6-31G(d)进行的计算，然后查表找到校正因子代入希望求得校正值

作者
Author: zjxitcc 时间: 2020-1-13 21:41

Villars 发表于 2020-1-13 21:31
感谢您的回复，请问老师“No force constants found in file" 这种情况可能是由于什么原因造成的？我之前 ...

这都是很基本的翻译题。原因是你没做freq计算，chk文件里没有力常数，算不了频率。

作者
Author: Villars 时间: 2020-1-13 21:53

zjxitcc 发表于 2020-1-13 21:41
这都是很基本的翻译题。原因是你没做freq计算，chk文件里没有力常数，算不了频率。

感谢老师的回复。老师我真的做了freq的计算，并且确实没有提取出社长说的那4个参数。下面是我的输入文件和输出文件的截图以及chk文件

作者
Author: zjxitcc 时间: 2020-1-13 22:45

Villars 发表于 2020-1-13 21:53
感谢老师的回复。老师我真的做了freq的计算，并且确实没有提取出社长说的那4个参数。下面是我的输入文件 ...

（1）传chk文件毫无意义，不知道你是什么平台下算的，根本无法转化为fchk文件；
（2）你贴出的log文件截图看不出啥来，如果这是你整个log文件，说明你任务根本没算完，最后连Normal Termination都没有，中途挂掉了。

作者
Author: Villars 时间: 2020-1-13 22:52

zjxitcc 发表于 2020-1-13 22:45
（1）传chk文件毫无意义，不知道你是什么平台下算的，根本无法转化为fchk文件；
（2）你贴出的log文件截 ...

老师我是在Linux下计算的，out文件确实是整个文件，因为有上传上限，所以没能传上来。应该是中途挂掉了，我再重算一遍吧，谢谢老师

作者
Author: sobereva 时间: 2020-1-13 23:01
常识：上传较大文本型文件前必须先压缩，否则严重浪费服务器空间，而且下载缓慢。这在首页公告栏写明了
之所以论坛给out/log文件尺寸设了严格上限，就为了避免有人不压缩就上传巨大文本型文件
因为如上面的回复所示，上传chk文件没实际意义，还占了将近10MB，所以附件给你删了

作者
Author: Villars 时间: 2020-1-13 23:40

sobereva 发表于 2020-1-13 23:01
常识：上传较大文本型文件前必须先压缩，否则严重浪费服务器空间，而且下载缓慢。这在首页公告栏写明了
之 ...

原来是这样，多谢社长指正，我一定吸取教训，下次传文件之前务必压缩，并且绝不传没有用的文件。

作者
Author: snljty 时间: 2020-1-14 10:17
BTW，freqchk的输入文件不需要一定是chk，可以是fch/fchk。如果你的chk没别的用又太占地方完全可以算完了转化完了后删了。

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)