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标题: 计算Ta体系的GIMIC时用ECP60MDF_AVTZ基组产生问题 [打印本页]

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Author: asl1994 时间: 2020-1-15 20:25
标题: 计算Ta体系的GIMIC时用ECP60MDF_AVTZ基组产生问题
本帖最后由 asl1994 于 2020-1-15 20:27 编辑

在计算一个Ta体系的的GIMIC时，采用以下关键词：
#T CAM-B3LYP genecp nmr int=nobasistransform iop(10/33=2) geom=check （闭壳层）
#T CAM-B3LYP genecp gfprint nmr pop=full int=nobasistransform iop(10/33=2) geom=check （开壳层）

运行后都出错，提示为：
Error in basis set or dimensions detected.
Error termination via Lnk1e in /aplic/Gaussian/g09_e01/g09/l301.exe at Wed Jan 15 05:33:30 2020.

基组与赝势如下（ECP60MDF_AVTZ）：
Ta 0
S 11 1.00
0.27123600E+02 0.31053000E-01
0.16969500E+02 -0.25624600E+00
0.10622800E+02 0.75370400E+00
0.66449300E+01 -0.62218100E+00
0.35948000E+01 -0.47093600E+00
0.10504400E+01 0.79574400E+00
0.49283500E+00 0.53207600E+00
0.14873600E+00 0.35952000E-01
0.72228000E-01 -0.13044000E-01
0.30997000E-01 0.12000000E-02
0.13300000E-01 0.00000000E+00
S 11 1.00
0.27123600E+02 -0.90380000E-02
0.16969500E+02 0.77620000E-01
0.10622800E+02 -0.23511600E+00
0.66449300E+01 0.19856800E+00
0.35948000E+01 0.16435300E+00
0.10504400E+01 -0.33677300E+00
0.49283500E+00 -0.39484600E+00
0.14873600E+00 0.22300400E+00
0.72228000E-01 0.68863900E+00
0.30997000E-01 0.30764900E+00
0.13300000E-01 0.00000000E+00
S 11 1.00
0.27123600E+02 -0.36940000E-02
0.16969500E+02 0.74199000E-01
0.10622800E+02 -0.26673200E+00
0.66449300E+01 0.16387400E+00
0.35948000E+01 0.45429100E+00
0.10504400E+01 -0.10387690E+01
0.49283500E+00 -0.28402300E+00
0.14873600E+00 0.24631730E+01
0.72228000E-01 -0.11724650E+01
0.30997000E-01 -0.67894900E+00
0.13300000E-01 0.00000000E+00
S 11 1.00
0.27123600E+02 0.19939000E-01
0.16969500E+02 -0.11983000E-01
0.10622800E+02 -0.12631900E+00
0.66449300E+01 -0.10725200E+00
0.35948000E+01 0.10858150E+01
0.10504400E+01 -0.33698120E+01
0.49283500E+00 0.32164070E+01
0.14873600E+00 0.32843600E+00
0.72228000E-01 -0.27861580E+01
0.30997000E-01 0.19269280E+01
0.13300000E-01 0.00000000E+00
S 1 1.00
0.30997000E-01 1.0
S 1 1.00
0.13300000E-01 1.0
P 10 1.00
0.15527300E+02 -0.24784000E-01
0.97259300E+01 0.14127100E+00
0.52380300E+01 -0.32732800E+00
0.12270200E+01 0.48343900E+00
0.60538100E+00 0.48395200E+00
0.29631400E+00 0.18126200E+00
0.13051100E+00 0.18356000E-01
0.57116000E-01 0.14010000E-02
0.24679000E-01 -0.34000000E-04
0.10700000E-01 0.00000000E+00
P 10 1.00
0.15527300E+02 0.68180000E-02
0.97259300E+01 -0.40294000E-01
0.52380300E+01 0.96659000E-01
0.12270200E+01 -0.16337100E+00
0.60538100E+00 -0.21421800E+00
0.29631400E+00 -0.23254000E-01
0.13051100E+00 0.38145500E+00
0.57116000E-01 0.55243900E+00
0.24679000E-01 0.21127300E+00
0.10700000E-01 0.00000000E+00
P 10 1.00
0.15527300E+02 0.10047000E-01
0.97259300E+01 -0.60151000E-01
0.52380300E+01 0.14527700E+00
0.12270200E+01 -0.24482900E+00
0.60538100E+00 -0.36371700E+00
0.29631400E+00 0.65064000E-01
0.13051100E+00 0.76394200E+00
0.57116000E-01 0.32373200E+00
0.24679000E-01 0.50210000E-02
0.10700000E-01 0.00000000E+00
P 10 1.00
0.15527300E+02 0.20668000E-01
0.97259300E+01 -0.11778300E+00
0.52380300E+01 0.28328700E+00
0.12270200E+01 -0.64517700E+00
0.60538100E+00 -0.66984800E+00
0.29631400E+00 0.16952860E+01
0.13051100E+00 -0.51313000E-01
0.57116000E-01 -0.89857200E+00
0.24679000E-01 -0.54400000E-03
0.10700000E-01 0.00000000E+00
P 1 1.00
0.24679000E-01 1.0
P 1 1.00
0.10700000E-01 1.0
D 8 1.00
0.12191700E+02 -0.17560000E-02
0.76161300E+01 0.22909000E-01
0.47595400E+01 -0.71590000E-01
0.12759000E+01 0.19977500E+00
0.59294600E+00 0.36287300E+00
0.26428700E+00 0.38463000E+00
0.11249500E+00 0.25041100E+00
0.44780000E-01 0.59637000E-01
D 8 1.00
0.12191700E+02 0.14680000E-02
0.76161300E+01 -0.24810000E-01
0.47595400E+01 0.82961000E-01
0.12759000E+01 -0.27257100E+00
0.59294600E+00 -0.48907200E+00
0.26428700E+00 -0.16350000E-02
0.11249500E+00 0.64538200E+00
0.44780000E-01 0.31138100E+00
D 8 1.00
0.12191700E+02 -0.34800000E-02
0.76161300E+01 0.40819000E-01
0.47595400E+01 -0.13148700E+00
0.12759000E+01 0.58781100E+00
0.59294600E+00 0.40249800E+00
0.26428700E+00 -0.11685840E+01
0.11249500E+00 0.16074100E+00
0.44780000E-01 0.67557200E+00
D 1 1.00
0.44780000E-01 1.0
D 1 1.00
0.17800000E-01 1.0
F 1 1.00
0.69510000E+00 1.0
F 1 1.00
0.20860000E+00 1.0
F 1 1.00
0.70800000E-01 1.0
G 1 1.00
0.47800000E+00 1.0
G 1 1.00
0.16040000E+00 1.0
****

Ta 0
ECP60MDF 5 60
H-Komponente
1
2 1.000000 0.000000
S-H
3
2 10.318069 454.600649
4 10.540267 2.837975
2 2.574726 -0.814736
P-H
6
2 8.743342 96.910783
2 7.916223 195.850432
4 9.275736 4.812524
4 8.101675 6.338512
2 2.077127 -0.459173
2 2.750372 -0.644586
D-H
6
2 5.447314 45.969976
2 5.212545 69.638972
4 5.884358 0.802933
4 5.649579 0.429595
2 1.388180 -0.307227
2 1.294398 -0.461560
F-H
2
2 2.161275 5.757773
2 2.125939 7.678167
G-H
2
2 3.145920 -5.684066
2 3.127942 -7.062313
更换以下基组与赝势后又可以正常结束，然而其他计算均用上面的，不太想更换基组赝势，所以想请教有什么解决方法，谢谢！
Ta 0
S 3 1.00
13.9511050 -1.4929085
12.0102410 2.2820146
5.1664460 -1.7133405
S 1 1.00
0.8563150 1.0
S 1 1.00
0.3642810 1.0
S 1 1.00
0.1254940 1.0
S 1 1.00
0.0462130 1.0
S 1 1.00
0.0150000 1.0
P 2 1.00
7.4188720 1.2668099
5.6984100 -2.2049615
P 2 1.00
1.3180720 0.3927202
0.6821690 0.6380526
P 1 1.00
0.2821720 1.0
P 1 1.00
0.0796850 1.0
P 1 1.00
0.0267700 1.0
D 4 1.00
3.7916710 -0.0668976
1.6493020 0.1669000
0.6649250 0.4642789
0.2466550 0.5488671
D 1 1.00
0.0827240 1.0
D 1 1.00
0.0250000 1.0
F 1 1.00
0.6970000 1.0
F 1 1.00
0.2100000 1.0
****

Ta 0
ECP60MWB 5 60
H-Komponente
1
2 1.000000 0.000000
S-H
2
2 14.546408 1345.880647
2 7.273204 36.766806
P-H
2
2 9.935565 378.425301
2 4.967782 22.293091
D-H
2
2 6.347377 104.883956
2 3.173688 8.755848
F-H
1
2 2.017881 12.017961
G-H
1
2 3.040330 -11.728933

作者
Author: sobereva 时间: 2020-1-15 22:45
去掉iop(10/33=2)试试能否正常结束
如果能，注意看输出文件里的nbasis和nbsuse变量值，看看是否自动去掉了线性依赖基函数（nbsuse小于nbasis）才使得计算得以进行

作者
Author: asl1994 时间: 2020-1-16 06:58

sobereva 发表于 2020-1-15 22:45
去掉iop(10/33=2)试试能否正常结束
如果能，注意看输出文件里的nbasis和nbsuse变量值，看看是否自动去掉了 ...

去掉iop(10/33=2)还是一样的错误，不过去掉int=nobasistransform倒是正常结束了，然而这样即使正常结束也会在后面使用Gaussian2gimic.py时出错，提示如下：
Traceback (most recent call last):
  File "/asl/scripts/Gaussian2gimic.py", line 408, in <module>
tmat = basisset.Cart2Spher(square=False, real=True, order=CartOrdering, normalized=False)
  File "/asl/scripts/BasisSet.py", line 509, in Cart2Spher
return self.applyTransform(command)
  File "/asl/scripts/BasisSet.py", line 485, in applyTransform
m = numpy.zeros((10000, 10000))
MemoryError: Unable to allocate array with shape (10000, 10000) and data type float64

作者
Author: sobereva 时间: 2020-1-17 02:43

asl1994 发表于 2020-1-16 06:58
去掉iop(10/33=2)还是一样的错误，不过去掉int=nobasistransform倒是正常结束了，然而这样即使正常结束也 ...

最好联系作者解决

作者
Author: asl1994 时间: 2020-1-17 23:20

sobereva 发表于 2020-1-17 02:43
最好联系作者解决

似乎找到解决方法了：之前用的aug-cc-PVTZ-PP是从Stuttgart网站http://www.tc.uni-koeln.de/PP/clickpse.en.html上拷的，现在用BSE上面https://www.basissetexchange.org/拷的，然后计算正常结束。ECP部分是一致的，但是基组里面收缩度有所差别，从BSE上面拷的会小一些：
Ta    0
S 9 1.00
   27.1236000             0.0310530
   16.9695000          -0.2562460
   10.6228000             0.7537040
   6.6449300          -0.6221810
   3.5948000          -0.4709360
   1.0504400             0.7957440
   0.4928350             0.5320760
   0.1487360             0.0359520
   0.0722280          -0.0130440
S 9 1.00
   27.1236000          -0.0090380
   16.9695000             0.0776200
   10.6228000          -0.2351160
   6.6449300             0.1985680
   3.5948000             0.1643530
   1.0504400          -0.3367730
   0.4928350          -0.3948460
   0.1487360             0.2230040
   0.0722280             0.6886390
S 9 1.00
   27.1236000          -0.0036940
   16.9695000             0.0741990
   10.6228000          -0.2667320
   6.6449300             0.1638740
   3.5948000             0.4542910
   1.0504400          -1.0387690
   0.4928350          -0.2840230
   0.1487360             2.4631730
   0.0722280          -1.1724650
S 9 1.00
   27.1236000             0.0199390
   16.9695000          -0.0119830
   10.6228000          -0.1263190
   6.6449300          -0.1072520
   3.5948000             1.0858150
   1.0504400          -3.3698120
   0.4928350             3.2164070
   0.1487360             0.3284360
   0.0722280          -2.7861580
S 1 1.00
   0.0309970             1.0000000
S 1 1.00
   0.0133000             1.0000000
P 8 1.00
   15.5273000          -0.0247840
   9.7259300             0.1412710
   5.2380300          -0.3273280
   1.2270200             0.4834390
   0.6053810             0.4839520
   0.2963140             0.1812620
   0.1305110             0.0183560
   0.0571160             0.0014010
P 8 1.00
   15.5273000             0.0068180
   9.7259300          -0.0402940
   5.2380300             0.0966590
   1.2270200          -0.1633710
   0.6053810          -0.2142180
   0.2963140          -0.0232540
   0.1305110             0.3814550
   0.0571160             0.5524390
P 8 1.00
   15.5273000             0.0100470
   9.7259300          -0.0601510
   5.2380300             0.1452770
   1.2270200          -0.2448290
   0.6053810          -0.3637170
   0.2963140             0.0650640
   0.1305110             0.7639420
   0.0571160             0.3237320
P 8 1.00
   15.5273000             0.0206680
   9.7259300          -0.1177830
   5.2380300             0.2832870
   1.2270200          -0.6451770
   0.6053810          -0.6698480
   0.2963140             1.6952860
   0.1305110          -0.0513130
   0.0571160          -0.8985720
P 1 1.00
   0.0246790             1.0000000
P 1 1.00
   0.0107000             1.0000000
D 7 1.00
   12.1917000          -0.0017560
   7.6161300             0.0229090
   4.7595400          -0.0715900
   1.2759000             0.1997750
   0.5929460             0.3628730
   0.2642870             0.3846300
   0.1124950             0.2504110
D 7 1.00
   12.1917000             0.0014680
   7.6161300          -0.0248100
   4.7595400             0.0829610
   1.2759000          -0.2725710
   0.5929460          -0.4890720
   0.2642870          -0.0016350
   0.1124950             0.6453820
D 7 1.00
   12.1917000          -0.0034800
   7.6161300             0.0408190
   4.7595400          -0.1314870
   1.2759000             0.5878110
   0.5929460             0.4024980
   0.2642870          -1.1685840
   0.1124950             0.1607410
D 1 1.00
   0.0447800             1.0000000
D 1 1.00
   0.0178000             1.0000000
F 1 1.00
   0.6951000             1.0000000
F 1 1.00
   0.2086000             1.0000000
F 1 1.00
   0.0708000             1.0000000
G 1 1.00
   0.4780000             1.0000000
G 1 1.00
   0.1604000             1.0000000
****

我看两边写的参考文献都是J. Chem. Phys., 130, 164108 (2009)，为什么会有这样的差别呢？

作者
Author: zjxitcc 时间: 2020-1-18 10:59
本帖最后由 zjxitcc 于 2020-1-18 11:05 编辑

在EMSL上选定一个元素的基组时，点击Advanced，有五种contract选项，它们是互相等价的基组，都叫同一个基组名称，电子能量都是一样的（或者说，顶多小数点后第六位的区别），但是看上去基组形式不同，不过基函数数目应当是一致的，只是primitive Gaussian数目有所区别。不同程序在处理的时候，处理方式也会有所不同。有的程序智能，可以识别不同的收缩程度，用内部统一的方式处理，或者照搬输入文件的收缩程度，有的程序可能直接就GG了。

你贴的这两种形式的基组，差别就在于S角动量最后最后两个指数0.30997000E-01和0.13300000E-01，是给每个基函数共用，还是独立出来、不共用。（当然P角动量也有类似问题）

作者
Author: sobereva 时间: 2020-1-18 16:36
以前我的一段相关的笔记：

BSE中，如果点了Optimized General Contractions，那么显示出的比如cc-pVDZ，就会比不选这个选项要少一些GTF壳层。可能是类似于Davidson筛选，但是还没那么彻底，放到高斯里还会再去除一些。高斯里会自动把广义收缩基组里面的一些primitive GTF给去掉，默认情况下去掉时候不光看是否指数有重复的，还会把系数很小的给去掉，因此会轻微影响精度（也就在末尾几位而已）。而使用int=NoBasisTransform则不会去掉任何PGTF，基组怎么输入的就怎么用。如果用int=ExactBasisTransform，则只会去除重复的PGTF，这时不会影响任何计算精度。

作者
Author: rendong 时间: 2021-4-14 11:30
老师您好，我在一篇文献中看到“aVTZ”这个基组，但是查了基组网站没有找到这个基组名称，想请教一下“aVTZ”基组是“aug-cc-pVTZ”基组简写么

作者
Author: rendong 时间: 2021-4-14 12:05
已经查到了，是同一个意思，不用回帖了，感谢

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