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标题: orca 提交作业nohup无法和mpirun连用么？ [打印本页]

作者
Author: hunterpyj 时间: 2020-1-16 11:58
标题: orca 提交作业nohup无法和mpirun连用么？
如题，输入nohup orca mymol.inp >& mymol.out & -allow-run-as-root 命令时，出现
[3] 39578
bash: -allow-run-as-root: command not found...
[2] Exit 125 nohup orca peo3pmma3d12.inp &>peo3pmma3d12.out
[2] Exit 125 nohup orca peo3pmma3d12.inp &>peo3pmma3d12.out

所示错误，求各位指导

作者
Author: chenjinfeng850 时间: 2020-1-16 12:30
提示很明显是 bash: -allow-run-as-root: command not found...
你把它去掉就行了

作者
Author: hunterpyj 时间: 2020-1-16 14:13
本帖最后由 hunterpyj 于 2020-1-16 14:15 编辑

去掉只能单核任务运行，无法多核运行。按照sob社长指示编辑完
orte/tools/orte-dvm/orte-dvm.c
orte/tools/orte-submit/orte-submit.c（对于OpenMPI 3.x是orte/orted/orted_submit.c）
orte/tools/orterun/orterun.c

这三个文件后，问题依然存在。

作者
Author: liyuanhe211 时间: 2020-1-16 14:30
nohup orca mymol.inp -allow-run-as-root >& mymol.out & 试试？

作者
Author: hunterpyj 时间: 2020-1-16 15:39
多谢讨论，问题解决：
nohup /home/admin/ORCA421/orca 1.inp >& 1.out --allow-run-as-root &
1.orca需完整路径；
2.--allow-run-as-root需在&之前

作者
Author: sobereva 时间: 2020-1-17 02:28
按我的博文修改完openmpi源代码后并且重新安装和编译后就根本不需要写--allow-run-as-root

作者
Author: abin 时间: 2020-1-17 12:55
为何要用 root 执行计算呢?

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