计算化学公社

标题: VMD如何批量保存每一帧frame？ [打印本页]

作者
Author: vandenberg 时间: 2020-1-17 10:46
标题: VMD如何批量保存每一帧frame？
VMD小白提问，因为其他应用，需要将之前保存的轨迹pdb文件分割成每帧一个文件，VMD有没有批量的命令呢？
谢谢各位老师。

作者
Author: ene 时间: 2020-1-17 11:47
先把你的pdb轨迹载入进去，然后在console里面输入下面的代码：

set all [atomselect top "all"]
set nf [molinfo top get numframes]
for { set i 0 } { $i < $nf } { incr i } {
$all frame $i
$all writepdb $i.pdb
}

复制代码

作者
Author: yuclark 时间: 2020-1-17 13:53
受教了

作者
Author: vandenberg 时间: 2020-2-3 10:26

厉害，谢谢

作者
Author: fitterluo 时间: 2022-6-28 15:35
您好，我想请问一下怎么选取某一帧输出pdb文件呢

作者
Author: sobereva 时间: 2022-7-4 02:40

fitterluo 发表于 2022-6-28 15:35
您好，我想请问一下怎么选取某一帧输出pdb文件呢

save coordinate的时候，起始帧和末尾帧都输入相同的序号，保存出的pdb文件就是那一帧的

作者
Author: fitterluo 时间: 2022-7-13 10:58

sobereva 发表于 2022-7-4 02:40
save coordinate的时候，起始帧和末尾帧都输入相同的序号，保存出的pdb文件就是那一帧的

好的，谢谢

作者
Author: 每天打工十小时 时间: 2023-9-24 21:21
你好，我想请教一下有没有不载入 dcd 和 psf 到 vmd 里，批量处理多条轨迹（比如计算轨迹的某两个结构的质心）。因为我有三十多条轨迹，一条一条载入好像很麻烦，但也能接受。所以请教一下，有没有可能把这三十多条 dcd 文件放到某个文件夹下，写个循环搞一搞呢。

作者
Author: sobereva 时间: 2023-9-25 07:03

每天打工十小时发表于 2023-9-24 21:21
你好，我想请教一下有没有不载入 dcd 和 psf 到 vmd 里，批量处理多条轨迹（比如计算轨迹的某两个结构的质 ...

可以用tcl的循环语句结合VMD提供的内置命令实现自动一个个载入和分析

作者
Author: 每天打工十小时 时间: 2023-9-26 10:08

sobereva 发表于 2023-9-25 07:03
可以用tcl的循环语句结合VMD提供的内置命令实现自动一个个载入和分析

谢谢sob老师。

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