计算化学公社

标题: GROMACS如何计算不同几何位置的有序度参数？ [打印本页]

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Author: yuclark 时间: 2020-1-17 14:22
标题: GROMACS如何计算不同几何位置的有序度参数？
请问各位老师：GROMCAS跑完的md,我想有序度参数，采用选项：gmx order -f md.xtc -s md.tpr -n order.ndx -o order.xvg -szonly 得到了如下sob培训教程中的图（横坐标为atom 纵坐标为Sz）
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我想得到如下图（横坐标为Z/nm 纵坐标为Sz），应该用gmx order的什么选项（或其他方法）？
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作者
Author: sobereva 时间: 2020-1-18 16:11
改改gmx order的源代码，让之计算某对原子的有序度参数时时候自动把键中心的坐标输出到文本文件里，之后在诸如origin里做个统计，得到不同z位置处的平均有序度参数

作者
Author: yuclark 时间: 2020-1-18 20:20

sobereva 发表于 2020-1-18 16:11
改改gmx order的源代码，让之计算某对原子的有序度参数时时候自动把键中心的坐标输出到文本文件里，之后在 ...

老师，gmx order的源代码在哪里可以修改，修改方式是什么

作者
Author: sobereva 时间: 2020-1-18 21:10

yuclark 发表于 2020-1-18 20:20
老师，gmx order的源代码在哪里可以修改，修改方式是什么

显然是gmx源代码包里的相应文件
gmx是C++写的，有C++基础的直接去找相应的源文件（可以用grep搜索源代码目录试图确定是哪个文件），读懂了之后改写

作者
Author: yuclark 时间: 2020-1-19 13:37

sobereva 发表于 2020-1-18 21:10
显然是gmx源代码包里的相应文件
gmx是C++写的，有C++基础的直接去找相应的源文件（可以用grep搜索源代码 ...

好的，多谢老师

作者
Author: 园园乖 时间: 2020-1-28 18:27
大神您好，我也在学用gmx order这个命令，请问怎样建立index啊？要一个一个选吗

作者
Author: sobereva 时间: 2020-1-29 01:12

园园乖发表于 2020-1-28 18:27
大神您好，我也在学用gmx order这个命令，请问怎样建立index啊？要一个一个选吗

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Author: tangzi_via 时间: 2021-10-9 16:54
老师，我用gmx make_ndx -f md.gro -o s2.ndx < s2.inp进行分组的时候，他仍给我显示输入错误，也没有输出文件出来，这是什么情况呀？

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Author: 呀芽芽 时间: 2023-11-28 10:38

sobereva 发表于 2020-1-29 01:12

卢老师，我想向您请教一下atmlab.tcl脚本怎么写？我的体系是油水界面+表面活性剂，所以md.gro里烷基链表活和油的原子编号有重复的，这种情况该怎么只选择表活的烷基链啊？谢谢老师。

作者
Author: sobereva 时间: 2023-11-29 00:20

呀芽芽发表于 2023-11-28 10:38
卢老师，我想向您请教一下atmlab.tcl脚本怎么写？我的体系是油水界面+表面活性剂，所以md.gro里烷基链表 ...

你问的两个问题没直接关系
atmlab.tcl下文里直接给了，什么叫怎么写
在VMD中显示原子序号的方法
http://sobereva.com/197

如果你是指你那种情况的选择语句怎么写，将原子名和残基名相结合来选择原子

作者
Author: 呀芽芽 时间: 2023-11-29 09:10

sobereva 发表于 2023-11-29 00:20
你问的两个问题没直接关系
atmlab.tcl下文里直接给了，什么叫怎么写
在VMD中显示原子序号的方法

谢谢卢老师，我找到您写的这篇文章了，按里面说的方法最后得到了所有原子编号，结果还是不尽人意。因为我体系还算蛮大，里面原子很多，但我只想得到表面活性剂的原子编号。我把油水油-表面活性剂体系分子动力学模拟完的md.gro放在VMD里，得到的是所有的原子编号，密密麻麻的结果。想再次向您请教，如果我只想得到表面活性剂的原子编号该怎么弄呢？谢谢老师。

作者
Author: sobereva 时间: 2023-11-30 10:01

呀芽芽发表于 2023-11-29 09:10
谢谢卢老师，我找到您写的这篇文章了，按里面说的方法最后得到了所有原子编号，结果还是不尽人意。因为我 ...

VMD里原子选择语句的语法和例子
http://sobereva.com/504（http://bbs.keinsci.com/thread-14267-1-1.html）

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