计算化学公社
标题: molclus调用gaussian出错 [打印本页]
作者Author: a617788816 时间: 2020-1-19 19:52
标题: molclus调用gaussian出错
本帖最后由 a617788816 于 2020-1-24 18:05 编辑
环境变量均已设置好，setting文件也已经设置好，一直报错opt没写，模板文件有问题，可我一直看不出什么问题？麻烦老师们指导一下，A图就是模板文件，没改直接运行都不行
作者Author: sobereva 时间: 2020-1-19 20:14
检查自动生成的gau.gjf的内容是否正常、得到的gau.out是否正常。记住G09 D.01之前的不支持D3校正。
如果看不出毛病，重启机子再试
作者Author: a617788816 时间: 2020-1-19 21:11
本帖最后由 a617788816 于 2020-1-19 21:13 编辑
C图就是gau.gif, D图是gau.out
输入没问题，输出是空的，看不出来是什么问题,已试过重启，仍然是这样
作者Author: sobereva 时间: 2020-1-19 22:36
显然是你的Gaussian版本太老，我在2L已经说过了
作者Author: a617788816 时间: 2020-1-24 17:49
本帖最后由 a617788816 于 2020-1-24 17:55 编辑
sob老师，我已更新使用Gaussian09 D01版本，我还是出现同样的问题，我发现我对template文件不作修改可运行，修改后就不可运行了，可我看不出来文件的命令有什么错，麻烦sob老师看一下，如图E，不加D3修正，仍然不可运行，使用M062X也不可运行，但不知道为什么使用默认模板的byl3p 可以运行
作者Author: sobereva 时间: 2020-1-24 17:52
PM6D3已经带了D3，哪能还写empiricaldispersion=GD3BJ。这属于Gaussian基本使用常识问题，仔细看
DFT-D色散校正的使用
http://sobereva.com/210
作者Author: a617788816 时间: 2020-1-24 17:58
本帖最后由 a617788816 于 2020-1-24 18:05 编辑
我整个文件里，只写两个关键词 opt PM6D3 仍然无法运行，报错我的tem文件有问题，使用M062X也不可以运行，但他里面本身的模板可以运行，搞不明白，并且以它本身的模板运行，运行一下就开始报错，原因未知，报错如图F
作者Author: sobereva 时间: 2020-1-24 18:22
新图直接发在回帖里，不要贴到前头去
自行看备份出的.out，判断为什么报错，是关键词有问题还是几何优化不收敛之类，都是基于Gaussian常识自行判断。自己判断不出来就把文件压缩后上传
作者Author: snljty 时间: 2020-1-24 20:05
M06-2X拟合参数的时候已经表现了中程相关，用BJ阻尼的D3校正本来就不合理，也没有拟合的参数。M06-2X系列等泛函应该用0阻尼的色散校正D3(0)，Gaussian写作EmpiricalDispersion=GD3。跑molclus之前如果对你用的关键词不熟悉，建议先用一个简单任务，直接用Gaussian试一下。
作者Author: a617788816 时间: 2020-1-24 20:25
本帖最后由 a617788816 于 2020-1-24 21:34 编辑
sob老师在用它的原模板的情况下B3LYP/6-31G* em=GD3BJ opt, 程序是可运行的，虽然不收敛，我可以解决
但当我改它的关键词时，不管怎么样都运行不了，这是我一直要解决的问题，用的分子式您压缩包里的四水团簇分子
曾试过以下集中命令，均报错如下
pm6 opt
pm6 em=GD3 opt
M062X/6-31G* opt
This Gaussian task did not perform geometry optimization at all!! Please check if you omitted "opt" keyword or there is any problem in the templete file
生成的gif文件应该没问题
%chk=gau.chk
# pm6 em=GD3 opt
Template file
0 1
O 22.22528695 21.88012343 22.13940668
H 21.93336414 22.10899604 21.26348342
H 21.81182736 22.55696239 22.76440037
O 24.73484283 22.32743230 22.65145089
H 25.09026877 21.54962411 23.06816983
H 23.81761813 22.07566547 22.31242172
O 24.06328868 24.26089128 24.25486339
H 24.42076840 25.06968075 23.90420824
H 24.47187320 23.51084458 23.71617677
O 21.55358956 23.81503608 23.74118150
H 22.47544686 24.14182772 23.99224010
H 21.13125722 23.55222087 24.55205084
Out文件的报错如下
Symbolic Z-matrix:
Charge = 0 Multiplicity = 1
O 22.22529 21.88012 22.13941
H 21.93336 22.109 21.26348
H 21.81183 22.55696 22.7644
O 24.73484 22.32743 22.65145
H 25.09027 21.54962 23.06817
H 23.81762 22.07567 22.31242
O 24.06329 24.26089 24.25486
H 24.42077 25.06968 23.90421
H 24.47187 23.51084 23.71618
O 21.55359 23.81504 23.74118
H 22.47545 24.14183 23.99224
H 21.13126 23.55222 24.55205
End of file in ZSymb.
Error termination via Lnk1e in E:\A\G09w\l101.exe at Fri Jan 24 20:55:08 2020.
Job cpu time: 0 days 0 hours 0 minutes 0.0 seconds.
File lengths (MBytes): RWF= 5 Int= 0 D2E= 0 Chk= 1 Scr= 1
作者Author: liuyuje714 时间: 2020-1-24 21:21
格式有问题？你空行都不要了？
作者Author: a617788816 时间: 2020-1-24 21:30
请问是什么格式问题，能否详细解答，那是报错文件出来的格式，我想请问的是，我哪个文件的格式需要修改
作者Author: liuyuje714 时间: 2020-1-24 21:33
本帖最后由 liuyuje714 于 2020-1-24 21:36 编辑
。不好意思，看错了
作者Author: a617788816 时间: 2020-1-24 21:37
本帖最后由 a617788816 于 2020-1-24 21:42 编辑
谢谢
作者Author: sobereva 时间: 2020-1-24 22:28
一看提示就知道末尾缺俩空行
应当在模板文件的[geometry]末尾增加至少两个空行
作者Author: zsu007 时间: 2020-1-25 11:07
格式问题难倒一些人！
作者Author: a617788816 时间: 2020-2-1 17:18
本帖最后由 a617788816 于 2020-2-1 19:20 编辑
之前在windows下经过修改可正常运行，因速度过慢，现改成重新安装在linux系统，出现如下2个问题，PATH图如下，最后两行是高斯路径
问题1 显示g16.exe命令不存在。已检查过此命令存在root/g16目录下，并也已经赋予了g16下的chmod 750 -R* 权限，并且Gaussian单独可正常运行，但调用时不知为何出错
问题2 此前问题在windows下已出现过，windows下在Geometry后加两行即可解决此报错，，，，，而linux进行同样操作未能解决，不知是否哪里格式有误，setting和template文件已上传
望sob老师解答，谢谢
作者Author: snljty 时间: 2020-2-1 17:32
Linux下用斜线'/'做分隔符，不是Windows/DOS下的反斜线'\'。
作者Author: a617788816 时间: 2020-2-1 19:16
本帖最后由 a617788816 于 2020-2-1 19:22 编辑
谢谢， 已解决
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