计算化学公社

标题: 新型肺炎出现不到一个月，分子对接已经做完了 [打印本页]

作者
Author: coolrainbow 时间: 2020-1-22 05:01
标题: 新型肺炎出现不到一个月，分子对接已经做完了
把武汉冠状病毒S蛋白和人ACE2蛋白做了个对接
http://engine.scichina.com/publisher/scp/journal/SCLS/doi/10.1007/s11427-020-1637-5?slug=abstract

为什么我有种说不出的感觉

作者
Author: granvia 时间: 2020-1-22 08:04
想起宝莱坞电影里的名言： Life is a race. — Virus

作者
Author: hakuna 时间: 2020-1-22 16:40
还好，就是发篇paper而已，03年那会儿出了一帮骗钱的，典型的发国难财......

作者
Author: Daniel_Arndt 时间: 2020-1-23 03:43
有人说该文章的发表并未征得病毒序列提交研究人员的同意。序列是传到GISAID平台上的，这个平台一旦注册，就必须接受其约束条件，就是使用序列发表文章申请专利研发产品必须得到原始提交序列研究人员的同意。这文章有违反学术道德之嫌。

作者
Author: Daniel_Arndt 时间: 2020-1-23 03:45

hakuna 发表于 2020-1-22 16:40
还好，就是发篇paper而已，03年那会儿出了一帮骗钱的，典型的发国难财......

听说已经有保险公司针对疫情推出产品了。然而在政府承担医疗费用、尚无明确疗法的情况下，保险公司要是真的卖出这种保险的话，和发国难财也没什么区别了。

作者
Author: k64_cc 时间: 2020-1-27 23:04
本帖最后由 k64_cc 于 2020-1-27 23:06 编辑

第一眼：啥？2020年还能拿对接发文章？
第二眼：啥？拿Amber力场做个对接能算结合自由能？
第三眼：啥？您这到底算不算论文？
这帮人用不靠谱的方法算不靠谱的数据，然后得到了一个很可能不靠谱的结论……
感觉没啥好说的。

作者
Author: dinghongming 时间: 2020-1-28 12:15
结论是没太看明白，SARS-Cov S 蛋白与ACE2作用是-78.6kcal/mol, 武汉Cov S蛋白与 ACE2作用是-50.6kcal/mol，这不说明SARS感染性更强嘛？作者接着来了几个Although，despite从句，也没说明白为啥实际武汉Cov感染性更强。
“The binding free energy between the Wuhan CoV S-protein and human ACE2 was –50.6 kcal mol–1, whereas that between SARS-CoV S-protein and ACE2 was –78.6 kcal mol–1. A value of –10 kcal mol–1 is usually considered significant. Because of the loss of hydrogen bond interactions due to replacing Arg426 with Asn426 in the Wuhan CoV S-protein, the binding free energy for the Wuhan CoV S-protein increased by 28 kcal mol–1 when compared to the SARS-CoV S-protein binding. Although comparably weaker, the Wuhan CoV S-protein is regarded to have strong binding affinity to human ACE2. So to our surprise, despite replacing four out of five important interface amino acid residues, the Wuhan CoV S-protein was found to have a significant binding affinity to human ACE2. Looking more closely, the replacing residues at positions 442, 472, 479, and 487 in the Wuhan CoV S-protein did not alter the structural confirmation. The Wuhan CoV S-protein and SARS-CoV S-protein shared an almost identical 3-D structure in the RBD domain, thus maintaining similar van der Waals and electrostatic properties in the interaction interface.”

作者
Author: coolrainbow 时间: 2020-1-31 05:23

dinghongming 发表于 2020-1-28 12:15
结论是没太看明白，SARS-Cov S 蛋白与ACE2作用是-78.6kcal/mol, 武汉Cov S蛋白与 ACE2作用是-50.6kcal/mol ...

病毒感染性的问题哪是几个对接就能解释的。作用强弱能说明的问题很有限

作者
Author: wuzhiyi 时间: 2020-1-31 06:14

k64_cc 发表于 2020-1-27 23:04
第一眼：啥？2020年还能拿对接发文章？
第二眼：啥？拿Amber力场做个对接能算结合自由能？
第三眼：啥？ ...

amber14sb立场做自由能对接又没啥大问题也没啥别的立场在蛋白质上显著好于amber14sb啊

作者
Author: lijiayisjtu 时间: 2020-2-11 11:25
没问题，分离出化合物，对接完模拟，计算结合自由能进行药物筛选，很常规的套路

作者
Author: luchg2007 时间: 2020-2-21 13:21
Evolution of the novel coronavirus from the ongoing Wuhan outbreak and modeling of its spike protein for risk of human transmission

作者
Author: k64_cc 时间: 2020-5-3 15:22

wuzhiyi 发表于 2020-1-31 06:14
amber14sb立场做自由能对接又没啥大问题也没啥别的立场在蛋白质上显著好于amber14sb啊

然而他妹有自由能

作者
Author: wleagle 时间: 2020-7-11 12:44

coolrainbow 发表于 2020-1-31 05:23
病毒感染性的问题哪是几个对接就能解释的。作用强弱能说明的问题很有限

同意。。感染性是个很复杂的问题，只看结合能来判断传染性，就好像仅凭智商就判断一个学术水平有多高一样

作者
Author: rookie 时间: 2021-1-7 17:56

k64_cc 发表于 2020-5-3 15:22
然而他妹有自由能

老师，我想问问，charmm36做蛋白与小分子对接，这个有自由能吗

作者
Author: k64_cc 时间: 2021-1-7 18:55

rookie 发表于 2021-1-7 17:56
老师，我想问问，charmm36做蛋白与小分子对接，这个有自由能吗

对接本身就不带自由能。

你把两个有机物在水相摆一起，结合能大概率是负数，怎么对接都能对接上，看着都挺强，所以对接结果本身总是不靠谱的。对接只能当个初猜，研究蛋白-配体结合应该考虑做FEP算结合自由能，最低标准至少也得是MM/GBSA。

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