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标题: 请教：周期性体系统计分子数目的问题 [打印本页]

作者
Author: yihanxu 时间: 2020-1-24 13:22
标题: 请教：周期性体系统计分子数目的问题
老师好，因为有卢老师的脚本，所以设了权限，请管理员定夺是否用权限。谢谢。
我用VMD统计一个周期性盒子内一个高分子链（由pyb pyi pye三个片段组成）附近5埃内的S4分子的数目，用的是卢老师给的脚本如下。我发现如果某个与高分子链一直紧密结合的S4分子一旦跨过盒子边界、但同时高分子链没跨过边界，那么这个S4就不计数了，但其实这个S4还是紧密结合在高分子的5埃内的。我想这样的情况S4应该是计数的，请问老师这个问题该怎么解决呢？

set myfile [open contact_S4_1ppy_rS_180_200ns_5A_mol_nojump.txt w]
for {set i 0} {$i<=2000} {incr i 1} {
set sel [atomselect top "resname S4 and same resid as within 5.0 of resname pyb pyi pye"]
$sel frame $i
$sel update
puts $myfile "[expr $i*10] [expr [$sel num]/4]"
}
close $myfile

最后祝各位同行2020新年快乐！

作者
Author: sobereva 时间: 2020-1-24 17:45
这么简单的脚本没必要设阅读权限，给你去掉了
把within改成pbwithin，相当于within的时候考虑PBC条件

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