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标题: 求助：振动分析不收敛的原因和解决办法 [打印本页]

作者
Author: yihanxu 时间: 2020-1-24 15:30
标题: 求助：振动分析不收敛的原因和解决办法
大家新年好！遇到振动分析不收敛，向大家求助该怎么办呢？详见附件！
衷心祝愿大家2020新年万福！
感谢！

作者
Author: sobereva 时间: 2020-1-24 17:43
输入文件也要上传，否则不知道gen对应的什么基组。当前体系也没有任何理由需要自定义基组。
scrf=read显得莫名其妙，意义完全不明
当前的结构怎么来的也需要说明。

作者
Author: naonao5205 时间: 2020-1-24 18:34

sobereva 发表于 2020-1-24 17:43
输入文件也要上传，否则不知道gen对应的什么基组。当前体系也没有任何理由需要自定义基组。
scrf=read显得 ...

sob老师，之前我也遇到过这个问题，推测可能的原因是弥散函数，在我砍掉弥散函数后6-31+g(d,p)到仅反应中心带弥散后面不带即可解决。或者int=acc2e=11（之前是10），也解决了。

作者
Author: sobereva 时间: 2020-1-25 23:19

naonao5205 发表于 2020-1-24 18:34
sob老师，之前我也遇到过这个问题，推测可能的原因是弥散函数，在我砍掉弥散函数后6-31+g(d,p)到仅反应中 ...

用大量弥散函数的时候建议通过cphf=grid=x（x=fine、ultrafine等）增加DFT积分格点精度，有助于解决CPHF阶段不收敛。
当然，弥散函数能不用就尽量不用

作者
Author: yihanxu 时间: 2020-1-30 07:46

sobereva 发表于 2020-1-24 03:43
输入文件也要上传，否则不知道gen对应的什么基组。当前体系也没有任何理由需要自定义基组。
scrf=read显得 ...

老师好，我是想算这个分子在溶剂环境中的RESP电荷，所以先优化了一下，然后想做freq看看有没有虚频。计算级别是b3lyp/def2-tzvp谢谢！

作者
Author: sobereva 时间: 2020-1-30 22:30

yihanxu 发表于 2020-1-30 07:46
老师好，我是想算这个分子在溶剂环境中的RESP电荷，所以先优化了一下，然后想做freq看看有没有虚频。计算 ...

本来def2在你的G16 B01中就是内置的，何故用gen
用def2-TZVP做opt freq对这么大体系完全是浪费时间，def-TZVP或更次一点的6-311G*都已经足够了
另外你这体系里每个N上真的只连一个氢？难道不是氨基么？

作者
Author: yihanxu 时间: 2020-1-31 07:36

sobereva 发表于 2020-1-30 08:30
本来def2在你的G16 B01中就是内置的，何故用gen
用def2-TZVP做opt freq对这么大体系完全是浪费时间，def ...

谢谢老师！
内置的话，是直接写def2TZVP关键词就可以吗
谢谢老师问的问题，我也是自己想像这个是=N-这种，双键那边连六元环，单键这边连氢，请问老师有什么不合理的地方吗？谢谢！

作者
Author: sobereva 时间: 2020-2-1 02:13

yihanxu 发表于 2020-1-31 07:36
谢谢老师！
内置的话，是直接写def2TZVP关键词就可以吗
谢谢老师问的问题，我也是自己想像这个是=N-这 ...

y
我没见过你这种=N-H的基团。掉一个氢的氨基自由基才这模样

作者
Author: yihanxu 时间: 2020-2-1 05:19

sobereva 发表于 2020-1-31 12:13
y
我没见过你这种=N-H的基团。掉一个氢的氨基自由基才这模样

谢谢老师的回复，我化学基础弱，当时确实也没细想，附件这两篇文献里有这样的结构

作者
Author: sobereva 时间: 2020-2-1 05:59

yihanxu 发表于 2020-2-1 05:19
谢谢老师的回复，我化学基础弱，当时确实也没细想，附件这两篇文献里有这样的结构

倘若有证据表明（可以google搜更多相关信息，或者到诸如pubchem、chemspider里通过自己画的结构来搜索）那种结构就是对的，那就那么算，反正我是没见过。这和freq的CPHF阶段是否能收敛并没必然关系。

PS：pdf文件没必要压缩，压缩不压缩大小基本没变化

作者
Author: yihanxu 时间: 2020-2-1 09:40
本帖最后由 yihanxu 于 2020-1-31 19:42 编辑

sobereva 发表于 2020-1-31 15:59
倘若有证据表明（可以google搜更多相关信息，或者到诸如pubchem、chemspider里通过自己画的结构来搜索） ...

谢谢老师，查到了这种分子，是只要在pubchem搜到就可以说这种含氮官能团是对的吗？https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/compound/602819

作者
Author: sobereva 时间: 2020-2-3 04:49

yihanxu 发表于 2020-2-1 09:40
谢谢老师，查到了这种分子，是只要在pubchem搜到就可以说这种含氮官能团是对的吗？https://pubchem.ncbi. ...

是

作者
Author: yihanxu 时间: 2020-2-3 08:59
老师好，我的体系这种freq的CPHF阶段不收敛还可能是因为什么呢？我没用弥散，所以应该不是弥散的影响;虽然基组大但是这会导致不收敛吗？还是可能有其他的原因?

作者
Author: sobereva 时间: 2020-2-4 10:10

yihanxu 发表于 2020-2-3 08:59
老师好，我的体系这种freq的CPHF阶段不收敛还可能是因为什么呢？我没用弥散，所以应该不是弥散的影响;虽然 ...

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作者
Author: mutron 时间: 2020-2-9 21:59
C=N-H是氨分子和酮羰基形成类似席夫碱结构的亚胺，一般芳香胺产物才比较稳定可以分离，氨产物比较不稳定

题主用的g16默认双电子积分精度acc2e=12，而且不是弥散函数，所以不是这个问题。如果把中间两个C=N键其中一个反转180度变成C2对称的话，在6-311G*基组、int=fine（CPHF grid对应CoarseGrid）下计算频率都没有这个问题

作者
Author: yihanxu 时间: 2020-2-15 12:21

mutron 发表于 2020-2-9 07:59
C=N-H是氨分子和酮羰基形成类似席夫碱结构的亚胺，一般芳香胺产物才比较稳定可以分离，氨产物比较不稳定

...

谢谢！请问您说的比较稳定的芳香胺产物包括亚胺吗？氨产物是什么呢，可以给几个例子吗？感谢！

作者
Author: mutron 时间: 2020-2-15 18:14
亚胺就是C=N-R结构（R=H、alkyl、Ar），芳香胺和羰基反应的产物就是C=N-Ar，也叫席夫碱，比较稳定可以分离；氨产物就是C=NH，一般不太稳定容易被酸解变回醛、酮

作者
Author: yihanxu 时间: 2020-2-17 07:11
本帖最后由 yihanxu 于 2020-2-16 17:28 编辑

mutron 发表于 2020-2-15 04:14
亚胺就是C=N-R结构（R=H、alkyl、Ar），芳香胺和羰基反应的产物就是C=N-Ar，也叫席夫碱，比较稳定可以分离 ...

谢谢。所以帖子里的这个分子上的C=NH官能团也是容易被酸解的了？除了酸还怕什么呢？

作者
Author: mutron 时间: 2020-2-18 00:16

yihanxu 发表于 2020-2-17 07:11
谢谢。所以帖子里的这个分子上的C=NH官能团也是容易被酸解的了？除了酸还怕什么呢？

是酸（催化下的水）解，也就是生成C=NH的逆反应非常容易进行（以至于通常正向产物分离不了），所以一般只存在于反应的中间体中，比如Houben-Hoesch最后一步的水解、甲醛和氨加成失水形成的H2C=NH自动聚合成乌洛托品、氨的还原胺化等

作者
Author: yihanxu 时间: 2020-2-21 13:10

mutron 发表于 2020-2-9 07:59
C=N-H是氨分子和酮羰基形成类似席夫碱结构的亚胺，一般芳香胺产物才比较稳定可以分离，氨产物比较不稳定

...

您好，请问在6-311G*基组、int=fine（CPHF grid对应CoarseGrid）下计算频率与我本来的设置相比是改变了什么呢？本质上是在解决什么问题呢？谢谢。

作者
Author: mutron 时间: 2020-2-24 22:27

yihanxu 发表于 2020-2-21 13:10
您好，请问在6-311G*基组、int=fine（CPHF grid对应CoarseGrid）下计算频率与我本来的设置相比是改变了什 ...

略微改变了几何结构和改了基组，你试试换6-311G*或者改成C2对称不换基组算频率看看哪一个没问题。int=fine都没问题的话有可能并不是积分格点和CPHF格点的问题

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