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标题: QM/MM计算过程出现问题 [打印本页]

作者
Author: 大石头 时间: 2020-1-30 10:25
标题: QM/MM计算过程出现问题
我在运行NAMD计算QM/MM的时候总是提示错误
TCL: Minimizing for 200 steps
Info: List of ranks running QM simulations: 0.
ERROR: Could not find QM output file!
FATAL ERROR: (unknown error): No such file or directory
请问有老师知道这个大概是什么原因吗？

作者
Author: chenjinfeng850 时间: 2020-1-30 15:38
提示是说没有找到QM计算的输出文件。
你检查一下 NAMD 有没有调用到Mopac 或者ORCA 进行QM计算，
如果有QM计算产生，估计是QM区域选取的问题，导致QM计算失败没有QM输出文件。

作者
Author: 大石头 时间: 2020-1-31 01:07

chenjinfeng850 发表于 2020-1-30 15:38
提示是说没有找到QM计算的输出文件。
你检查一下 NAMD 有没有调用到Mopac 或者ORCA 进行QM计算，
如果有 ...

非常感谢您的回复！

我是临时受命要做QM/MM....我一点经验都没有，非常难进行下去。。
下面是输出文件的部分内容，看样子似乎MOPAC是可以被调用的？QM区域可能是选择有问题的，因为我的体系不是蛋白质，我是手动建立了一个QM区域的，您可以帮我看一下吗。
Info: QM FORCES ACTIVE
Info: QM PDB PARAMETER FILE: FOL_Pd_qm.pdb
Info: QM SOFTWARE: mopac
Info: QM ATOM CHARGES FROM QM SOFTWARE: MULLIKEN
Info: QM EXECUTABLE PATH: /projects/chzh7762/software/install/opt/mopac/MOPAC2016.exe
Info: QM COLUMN: beta
Info: QM BOND COLUMN: occ
Info: QM WILL DETECT BONDS BETWEEN QM AND MM ATOMS.
Info: QM-MM BOND SCHEME: Charge Shift.
Info: QM BASE DIRECTORY: /scratch/summit/chzh7762/QM-MM/dev/shm
Info: QM CONFIG LINE: PM7 XYZ T=2M 1SCF CUTOFF=9.0 AUX LET GRAD QMMM GEO-OK
Info: QM CONFIG LINE: Test_System
Info: QM POINT CHARGES WILL BE SELECTED EVERY 1 STEPS.
Info: QM Point Charge Switching: ON.
Info: QM Point Charge SCHEME: none.
Info: QM executions per node: 1
Info: LANGEVIN DYNAMICS ACTIVE
Info: LANGEVIN TEMPERATURE 423
Info: LANGEVIN USING BBK INTEGRATOR
Info: LANGEVIN DAMPING COEFFICIENT IS 50 INVERSE PS
Info: LANGEVIN DYNAMICS APPLIED TO HYDROGENS
Info: LANGEVIN PISTON PRESSURE CONTROL ACTIVE
Info:       TARGET PRESSURE IS 1.01325 BAR
Info:    OSCILLATION PERIOD IS 200 FS
Info:          DECAY TIME IS 100 FS
Info:    PISTON TEMPERATURE IS 423 K
Info:    PRESSURE CONTROL IS GROUP-BASED
Info: INITIAL STRAIN RATE IS 0 0 0
Info:    CELL FLUCTUATION IS ISOTROPIC
Info: PARTICLE MESH EWALD (PME) ACTIVE
Info: PME TOLERANCE             1e-06
Info: PME EWALD COEFFICIENT    0.257952
Info: PME INTERPOLATION ORDER    4
Info: PME GRID DIMENSIONS       252 252 252
Info: PME MAXIMUM GRID SPACING 1
Info: Attempting to read FFTW data from FFTW_NAMD_Git-2020-01-21_Linux-x86_64-multicore.txt
Info: Optimizing 6 FFT steps.  1... 2... 3... 4... 5... 6... Done.
Info: Writing FFTW data to FFTW_NAMD_Git-2020-01-21_Linux-x86_64-multicore.txt
Info: FULL ELECTROSTATIC EVALUATION FREQUENCY    1
Info: USING VERLET I (r-RESPA) MTS SCHEME.
Info: C1 SPLITTING OF LONG RANGE ELECTROSTATICS
Info: PLACING ATOMS IN PATCHES BY HYDROGEN GROUPS
Info: RANDOM NUMBER SEED    7910881
Info: USE HYDROGEN BONDS? NO
Info: COORDINATE PDB       FOL_Pd.pdb
Info: STRUCTURE FILE       FOL_Pd.psf
Info: PARAMETER file: CHARMM format!
Info: PARAMETERS          CHARMpars/par_all36_cgenff.prm
Info: PARAMETERS          CHARMpars/par_all36m_prot_SAHO_Graphite_mod.prm
Info: USING ARITHMETIC MEAN TO COMBINE L-J SIGMA PARAMETERS

作者
Author: 大石头 时间: 2020-1-31 01:09
以下是QM的pdb文件。非常感谢！

ATOM 1411 Pd PD    157 125.994 140.501 142.026  0.00  0.00    PD P
ATOM 1412 Pd PD    157 126.956 138.242 145.340  0.00  0.00    PD P
ATOM 1413 Pd PD    157 127.563 146.418 136.143  0.00  0.00    PD P
ATOM 1414 Pd PD    158 128.358 144.470 139.163  0.00  0.00    PD P
ATOM 1415 Pd PD    158 129.071 142.372 142.404  0.00  0.00    PD P
ATOM 1416 C1 FOL    1    131.591 139.025 149.803  1.00  1.00    FOL  C
ATOM 1417 C2 FOL    1    132.608 138.120 149.900  0.00  1.00    FOL  C
ATOM 1418 C3 FOL    1    132.472 137.244 148.856  0.00  1.00    FOL  C
ATOM 1419 C4 FOL    1    131.303 137.548 148.170  0.00  1.00    FOL  C
ATOM 1420 O1 FOL    1    130.743 138.651 148.762  0.00  1.00    FOL  O
ATOM 1421 C5 FOL    1    130.593 136.890 147.040  0.00  1.00    FOL  C
ATOM 1422 O2 FOL    1    129.769 137.995 146.752  0.00  1.00    FOL  O
ATOM 1423 H1 FOL    1    131.390 139.890 150.408  0.00  1.00    FOL  H
ATOM 1424 H2 FOL    1    133.469 138.221 150.564  0.00  1.00    FOL  H
ATOM 1425 H3 FOL    1    133.237 136.604 148.347  0.00  1.00    FOL  H
ATOM 1426 H4 FOL    1    129.884 136.131 147.352  0.00  1.00    FOL  H
ATOM 1427 H5 FOL    1    131.218 136.660 146.187  0.00  1.00    FOL  H
ATOM 1428 H6 FOL    1    130.128 138.602 147.404  1.00  1.00    FOL  H
ATOM 1429 S1 LIG    1    133.866 118.036 139.961  0.00  0.00    LIG  S
ATOM 1430 C6 LIG    1    133.640 115.680 138.673  0.00  0.00    LIG  C
ATOM 1431 C7 LIG    1    134.073 116.255 140.031  0.00  0.00    LIG  C
ATOM 1432 H7 LIG    1    134.226 114.761 138.457  0.00  0.00    LIG  H
ATOM 1433 H8 LIG    1    133.955 116.414 137.955  0.00  0.00    LIG  H
ATOM 1434 H9 LIG    1    135.168 116.040 140.018  0.00  0.00    LIG  H
ATOM 1435 H10  LIG    1    133.547 115.591 140.829  0.00  0.00    LIG  H
ATOM 1436 C8 LIG    1    131.871 114.241 137.715  0.00  0.00    LIG  C
ATOM 1437 C9 LIG    1    132.195 115.376 138.568  0.00  0.00    LIG  C
ATOM 1438 H11  LIG    1    132.618 114.306 136.852  0.00  0.00    LIG  H
ATOM 1439 H12  LIG    1    130.864 114.249 137.375  0.00  0.00    LIG  H
ATOM 1440 H13  LIG    1    131.668 115.254 139.544  0.00  0.00    LIG  H
ATOM 1441 H14  LIG    1    131.633 116.352 138.293  0.00  0.00    LIG  H
ATOM 1442 C10  LIG    1    131.623 111.617 137.496  0.00  0.00    LIG  C

作者
Author: chenjinfeng850 时间: 2020-1-31 08:10
我看了一下你的QM区域结构，你是要做多QM区域的QM/MM 计算吗？
我建议你再检查一下QM的原子是否有问题。
或者先做一下单个QM区域的计算看看是否成功。
你的MOPAC 有输出吗？看起来应该是MOPAC失败了导致的问题。

作者
Author: 大石头 时间: 2020-1-31 08:28

chenjinfeng850 发表于 2020-1-31 08:10
我看了一下你的QM区域结构，你是要做多QM区域的QM/MM 计算吗？
我建议你再检查一下QM的原子是否有问题。
...

您好，我只想做单个QM区域的计算，只不过我的系统不是多肽，所以我只能手动建立一个简单的QM区域，但是我不太会准确定义QM区域，所以应该是QM区域定义错了，，，请问我要怎么改？这里FOL是一个有机小分子，我想把这个有机小分子定义为QM区域。
我的MOPAC有2个输出文件，qmmm_0.input和mol.in

qmmm_0.input

PM7 XYZ T=2M 1SCF MOZYME CUTOFF=9.0 AUX LET GRAD QMMM GEO-OK CHARGE=1
FOL_Pd
C 131.591000 1 139.025000 1 149.803000 1
C 132.608000 1 138.120000 1 149.900000 1
C 132.472000 1 137.244000 1 148.856000 1
C 131.303000 1 137.548000 1 148.170000 1
O 130.743000 1 138.651000 1 148.762000 1
C 130.593000 1 136.890000 1 147.040000 1
O 129.769000 1 137.995000 1 146.752000 1
H 131.390000 1 139.890000 1 150.408000 1
H 133.469000 1 138.221000 1 150.564000 1
H 133.237000 1 136.604000 1 148.347000 1
H 129.884000 1 136.131000 1 147.352000 1
H 131.218000 1 136.660000 1 146.187000 1
H 130.128000 1 138.602000 1 147.404000 1

mol.in

13 0
C 131.591000 139.025000 149.803000 0.000000
C 132.608000 138.120000 149.900000 0.000000
C 132.472000 137.244000 148.856000 0.000000
C 131.303000 137.548000 148.170000 0.000000
O 130.743000 138.651000 148.762000 0.000000
C 130.593000 136.890000 147.040000 0.000000
O 129.769000 137.995000 146.752000 0.000000
H 131.390000 139.890000 150.408000 0.000000
H 133.469000 138.221000 150.564000 0.000000
H 133.237000 136.604000 148.347000 0.000000
H 129.884000 136.131000 147.352000 0.000000
H 131.218000 136.660000 146.187000 0.000000
H 130.128000 138.602000 147.404000 0.000000
非常感谢您的回复。

作者
Author: fhh2626 时间: 2020-1-31 10:06
你直接用生成的输入文件运行mopac看看会有什么提示？

作者
Author: 大石头 时间: 2020-1-31 11:29

fhh2626 发表于 2020-1-31 10:06
你直接用生成的输入文件运行mopac看看会有什么提示？

您好，我用生成的qmmm_0.input文件拖进mopac之后可以生成3个文件，.arc,.aux,out三个文件，是不是说明我的NAMD调用MOPAC有问题？

作者
Author: fhh2626 时间: 2020-1-31 16:53

大石头发表于 2020-1-31 11:29
您好，我用生成的qmmm_0.input文件拖进mopac之后可以生成3个文件，.arc,.aux,out三个文件，是不是说明我 ...

我觉得是NAMD没有正确执行MOPAC

作者
Author: 大石头 时间: 2020-2-1 01:26

fhh2626 发表于 2020-1-31 16:53
我觉得是NAMD没有正确执行MOPAC

奥，应该是的，这个怎么解决呢。。哎我弄了好久了就是卡在这里了

作者
Author: fhh2626 时间: 2020-2-1 12:34

大石头发表于 2020-2-1 01:26
奥，应该是的，这个怎么解决呢。。哎我弄了好久了就是卡在这里了

这个不好说，看看mopac有没有可执行权限，路径设对没有

或者你自己执行一下这个你设置的这个路径

作者
Author: Lifeisgood 时间: 2022-4-12 20:21
您好，请问现在解决了吗？我也遇到了同样的问题。

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