计算化学公社

标题: 原子跑出周期性边界的显示问题 [打印本页]

作者
Author: wzhang 时间: 2020-2-1 16:40
标题: 原子跑出周期性边界的显示问题
在gromacs的SMD模拟过程中发现蛋白部分穿过周期性边界，在vmd中显示就比较奇怪。请问一下有没有什么办法让穿过周期性边界的原子显示正常？（还是一定要扩大盒子重新计算？但这样感觉计算体系更大了）

作者
Author: snljty 时间: 2020-2-1 17:38
本帖最后由 snljty 于 2020-2-3 15:43 编辑

摘自卢老师的讲义。三种不同的方法。
1.

gmx trjconv -s md.tpr -f md.xtc -o md_fixed.xtc -pbc mol

复制代码

组选system。
trr文件类似处理。
2.
VMD中使用DynamicBonds显示风格
3.VMD终端命令

mol bondsrecalc all
topo retypebonds

复制代码

仅对当前帧重新判断。

作者
Author: Frank 时间: 2020-2-1 19:19
pbc wrap -all

作者
Author: wzhang 时间: 2020-2-3 15:39

snljty 发表于 2020-2-1 17:38
摘自卢老师的讲义。
1.

多谢！第一步就可以了

作者
Author: QYQ 时间: 2024-5-23 17:16

snljty 发表于 2020-2-1 17:38
摘自卢老师的讲义。三种不同的方法。
1.

请问卢老师是什么课程呀，哪里可以找到

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