计算化学公社

标题: 求助，搭建脂质体工具 [打印本页]

作者
Author: 961106 时间: 2020-2-2 17:51
标题: 求助，搭建脂质体工具
老师您好，请问有什么工具可以搭建球形的脂质体呢，看了很多工具好像都只可以搭建双分子层，我提取了一个已经平衡好的磷脂双分子层中的磷脂分子，尝试了用packmol搭建，预平衡的时候报错too many lincs或者 one or more water molecules can not be settled,发现最内层的水分子跑出来了，而且磷脂分子也碎裂了，但是我只对一个磷脂分子进行相同模拟的时候发现没有报错，磷脂分子是完整的，所以觉得是体系没有搭建好的问题，请问还有什么工具可以实现呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2020-2-3 04:38
packmol不是不能搭这种，但需要反复调节参数，反复跑很多次可能才能得到想要的效果

专门有个程序用来建异型磷脂膜：https://github.com/MayLab-UConn/bumpy。我没试过，你可以试试

作者
Author: 961106 时间: 2020-2-3 12:07

sobereva 发表于 2020-2-3 04:38
packmol不是不能搭这种，但需要反复调节参数，反复跑很多次可能才能得到想要的效果

专门有个程序用来建 ...

谢谢老师了

作者
Author: 961106 时间: 2020-2-3 12:39

sobereva 发表于 2020-2-3 04:38
packmol不是不能搭这种，但需要反复调节参数，反复跑很多次可能才能得到想要的效果

专门有个程序用来建 ...

老师，这是我packmol里的参数设置，我是模仿您讲义里的囊泡结构搭建的，请问老师，应该如何调节呢？
tolerance 2.0

# The output file name

output spherical.pdb

# File types are in pdb format

filetype pdb

structure water.pdb
number 308
inside sphere 0. 0. 0. 13.
end structure

structure dppc1.pdb
  number 90
  atoms 6
inside sphere 0. 0. 0. 10.
  end atoms
  atoms 31
outside sphere 0. 0. 0. 32.
  end atoms
end structure

structure dppc1.pdb
  number 300
  atoms 31
inside sphere 0. 0. 0. 28.
  end atoms
  atoms 6
outside sphere 0. 0. 0. 50.
  end atoms
end structure

structure water.pdb
number 14355
inside sphere 0. 0. 0. 47.
outside sphere 0. 0. 0. 60.
end structure

作者
Author: sobereva 时间: 2020-2-4 10:06

961106 发表于 2020-2-3 12:39
老师，这是我packmol里的参数设置，我是模仿您讲义里的囊泡结构搭建的，请问老师，应该如何调节呢？
tol ...

搞懂每个选项的含义，反复尝试就完了

作者
Author: 961106 时间: 2020-2-4 18:39

sobereva 发表于 2020-2-4 10:06
搞懂每个选项的含义，反复尝试就完了

谢谢老师

作者
Author: herbrex 时间: 2024-6-4 13:57
请问你搭建成功了吗用的方法是packmol还是什么呀？我现在也在弄这个

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)