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标题: 不同坐标的自由能计算问题 [打印本页]

作者
Author: wzhang 时间: 2020-2-3 15:47
标题: 不同坐标的自由能计算问题
请问像这种以Rg，Q，RMSF为坐标的自由能是怎么计算得到的（需要用其他插件吗）？有没有什么教程，能大概讲解一下吗？
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作者
Author: fhh2626 时间: 2020-2-3 16:12
一般来说需要配合自由能计算插件Plumed (GMX, OpenMM, etc) 或者Colvars (NAMD, LAMMPS) 计算

作者
Author: sobereva 时间: 2020-2-4 04:21
先照常跑动力学轨迹，把每一帧的Rg、Q值算出来，构成散点数据，然后转换成概率分布，作图即可。

很多步骤和下文的做法类似。
浅谈PCA与g_covar+g_anaeig+ddtdp+sigmaplot做自由能面图的方法
http://sobereva.com/73

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