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标题: gromacs中聚合物模拟相关帖子总结 [打印本页]

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Author: tjuptz 时间: 2020-2-3 16:21
标题: gromacs中聚合物模拟相关帖子总结
本帖最后由 tjuptz 于 2022-3-24 17:03 编辑

对于分子量较大线性聚合物，其拓扑文件难以应用工具直接生成。通过补力场，使用pdb2gmx来进行，论坛中有很多有价值的讨论，现整理如下：
用什么方法可以模拟polymer architecture对粘结强度的影响
请问怎样在GAFF下跑隐式溶剂模型？
求助：关于如何利用pdb2gmx产生聚合物的top文件的问题（.pdb文件相关）
请教：关于GAFF中两种相同的原子类型能否“合并”的问题
gromacs中pairs的存在感求助：GAFF力场模拟高分子怎么获取RESP
以及我提问的几个帖子也与补参数相关，可见我的帖子列表。

下面几个帖子关于聚合物模拟的建模、力场选择、参数获取等：
如何构建球形或者管状的聚合物？
聚合物模拟的力场参数如何选取和获得的问题
使用VMD中的topo模块构建 .data, .psf, .top文件
使用pdb2gmx构建聚合物top的问题里有提到最新工具以及一些大佬的讨论
其中，交联聚合物是块难点：
请教无定形交联聚合物如何建模
请教交联聚合物拓扑文件中原子电荷的问题
构建PA膜时，怎么保证盒子里的单体只与MPD-TMC二聚体反应？
polymatic建交联聚酰胺，使用perl脚本显示调用不了polymatic.pm模块

环氧树脂的交联聚合物建模有现成的MS Perl脚本，在其官方论坛和小毒虫可以找到。

作者
Author: naoki 时间: 2020-2-3 16:25
啊哈我的帖子被汇总进来了在大家的帮助下现在这些个问题初步解决等我忙完这段时间总结一下。

作者
Author: tjuptz 时间: 2020-2-3 16:31

naoki 发表于 2020-2-3 16:25
啊哈我的帖子被汇总进来了在大家的帮助下现在这些个问题初步解决等我忙完这段时间总结一下。

期待期待~~

作者
Author: xuexidewenzi 时间: 2021-11-3 09:29
6666666666

作者
Author: YuQ_99 时间: 2024-9-15 11:35

naoki 发表于 2020-2-3 16:25
啊哈我的帖子被汇总进来了在大家的帮助下现在这些个问题初步解决等我忙完这段时间总结一下。

你好，请问你的聚合物的结构和力场文件是咋解决的呢？

作者
Author: youknowdcf 时间: 2025-11-5 10:28

YuQ_99 发表于 2024-9-15 11:35
你好，请问你的聚合物的结构和力场文件是咋解决的呢？

用charmmgui的polymer模块生成就可以

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