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标题: 氯化胆碱与乙酸CH3COOH模型建立的疑问 [打印本页]

作者
Author: a617788816 时间: 2020-2-5 17:24
标题: 氯化胆碱与乙酸CH3COOH模型建立的疑问
其中一个有机小分子ChCl（氯化胆碱），由胆碱离子和氯离子组成，另一个小分子乙酸CH3COOH, 他们通过氢键形成稳定的共融物，请问我建模的时候是将Ch+和Cl- 组合优化后得到ChCl和乙酸两个组分模拟，还是应该Ch+，Cl-，乙酸三个组分来模拟呢？是否有区别？

作者
Author: sobereva 时间: 2020-2-6 02:11
都共融物了，什么叫两个、三个组分来模拟？实际计算过程中显然是都放到一起跑的
模拟过程中Cl-会到处乱跑，并不和Ch+稳固结合，因此分子的拓扑文件肯定是对Ch+、Cl-、乙酸分别给出的
说模拟的时候要说明用什么程序，我这里假设你用gromacs

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