计算化学公社

标题: 计算两个平面夹角的小程序 [打印本页]

作者
Author: sobereva 时间: 2015-8-20 22:17
标题: 计算两个平面夹角的小程序
2021-Mar-3补充：后来在Multiwfn里加入了对动力学轨迹计算指定的两个平面间夹角随帧号变化的功能，见《计算分子动力学轨迹中两个环平面间的距离和夹角》（http://sobereva.com/590）。

今天思想家公社QQ群有人问怎么计算两个平面的夹角。如果本身是二面角好办直接量就行了，但如果不属于这种情况就稍微麻烦，虽然有一些可视化程序如diamond可以量但终究为这点事安装一个也麻烦。这里提供个自写的不足挂齿的程序twoplane2angle来计算夹角。先输入定义第一个平面的三个点的坐标，再输入定义第二个平面的三个点的坐标，然后就会输出夹角。

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作者
Author: mol 时间: 2015-8-21 15:22
能否提供源码学习下

作者
Author: sobereva 时间: 2015-8-21 15:25

mol 发表于 2015-8-21 15:22
能否提供源码学习下

源码非常简单，见这里
http://sobereva.com/302

作者
Author: 小范范1989 时间: 2015-8-21 17:56
sob老师好，我想咨询一下如下的问题：
比如说，我想看图中两个苯环的夹角，这个不能用高斯view的二面角来表示是吧？因为高斯view中二面角需要四个原子来确定另个面，显然这两个面不是我想要的。
所以借助老师刚刚写的这个程序，我输入了3个苯环1的坐标和另外3个苯环2的坐标，这样得到的结果就是两个面的夹角了吧？如下图。
不晓得这样对不对？谢谢老师。

作者
Author: sobereva 时间: 2015-8-21 21:01

小范范1989 发表于 2015-8-21 17:56
sob老师好，我想咨询一下如下的问题：
比如说，我想看图中两个苯环的夹角，这个不能用高斯view的二面角来 ...

对

作者
Author: 小范范1989 时间: 2015-8-22 08:17

sobereva 发表于 2015-8-21 21:01
对

谢谢老师，

作者
Author: yjmaxpayne 时间: 2015-8-28 12:49
还可以考虑用VMD中的vector操作来进行。也是相当的容易实现。

作者
Author: 紫薯糯米小丸子 时间: 2020-11-5 22:03

yjmaxpayne 发表于 2015-8-28 12:49
还可以考虑用VMD中的vector操作来进行。也是相当的容易实现。

你好请问VECTOR在哪个模块里呀没有找到

作者
Author: yjmaxpayne 时间: 2020-11-6 13:35

紫薯糯米小丸子发表于 2020-11-5 22:03
你好请问VECTOR在哪个模块里呀没有找到

TCL Console, 例子如下：https://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/vmd-1.7.1/ug/node163.html

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