计算化学公社

标题: MD模拟中如何考察体系中不同种类原子间运动的相关性 [打印本页]

作者
Author: fsh 时间: 2020-2-7 01:56
标题: MD模拟中如何考察体系中不同种类原子间运动的相关性
比如在一体系含有铝和氧元素的MD模拟中，铝原子容易和氧原子结合成键，想考察这两个不同种类原子间运动的相关性，可以通过什么函数来描述呢？
速度互相关函数可以吗？对于常见的xyz或pdb轨迹文件有脚本或程序能实现计算速度互相关函数吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2020-2-7 02:26
可以
但是标准的xyz和pdb文件根本不记录速度，不可能通过这俩文件计算速度相关函数
具体怎么实现容易首先要看用的什么模拟程序

作者
Author: fsh 时间: 2020-2-7 17:48
本帖最后由 fsh 于 2020-2-7 18:09 编辑

sobereva 发表于 2020-2-7 02:26
可以
但是标准的xyz和pdb文件根本不记录速度，不可能通过这俩文件计算速度相关函数
具体怎么实现容易首先 ...

用vasp进行的MD，得到XDATCAR轨迹文件(不包含速度信息)，如果将XDATCAR文件转成.lammps轨迹格式(已含有速度信息)，或者转化成.gro轨迹(已含有速度信息)，可以借用lammps或者gromacs的分析工具进行计算速度互相关函数吗？
这个脚本编写感觉自己水平达不到，轨迹格式可以自己转变，但想请教有没有脚本或程序能计算速度互相关函数？

作者
Author: sobereva 时间: 2020-2-8 10:15

fsh 发表于 2020-2-7 17:48
用vasp进行的MD，得到XDATCAR轨迹文件(不包含速度信息)，如果将XDATCAR文件转成.lammps轨迹格式(已含有速 ...

自己用VMD的tcl语言写速度相关函数计算代码没什么难度

作者
Author: fsh 时间: 2020-2-8 12:40

sobereva 发表于 2020-2-8 10:15
自己用VMD的tcl语言写速度相关函数计算代码没什么难度

好的，谢谢老师，我学习下试试

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