计算化学公社

标题: Gromacs中mdp文件关于vdw对长程色散校正如何使用？ [打印本页]

作者
Author: a617788816 时间: 2020-2-7 15:14
标题: Gromacs中mdp文件关于vdw对长程色散校正如何使用？
本帖最后由 a617788816 于 2020-2-7 15:19 编辑

最近在写mdp文件，关于Gromacs中，vdw中对长程色散校正的使用不是很清楚，在sob老师的贴中有提到量化计算中对DFTD3校正的使用，关于在动力学中这个校正什么情况下使用，有分别对压力和能量的校正。望各位老师解答

作者
Author: wuzhiyi 时间: 2020-2-7 23:34
本帖最后由 wuzhiyi 于 2020-2-7 23:35 编辑

LJ里分为两项 ^-6 和 ^-12 其中-6的那项就是色散力“长程”可以用LJ-PME

作者
Author: sobereva 时间: 2020-2-8 05:01
基于经典力场的分子动力学程序里的色散修正和DFT-D3为代表的量化里的色散校正八竿子打不着

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作者
Author: a617788816 时间: 2020-2-8 11:42
本帖最后由 a617788816 于 2020-2-9 20:32 编辑

好的，谢谢sob老师
借这个帖子再向您请教一个问题
Gromacs跑离子液体动力学模拟中，关于看到“跑散”这个问题
对于这个跑散了，不清楚是什么意思。是分子跑出盒子吗？我使用周期性边界了，不会跑出去吧？
跑散是对团簇或者多个分子来说的吧，单个分子/离子，没有跑散这一说把
在别的帖子还提到了nvt/npt是否平衡如何判断。您提到大分子考察RMSD，其他一般考察密度，那离子液体我考察密度即可是吗？分子量只有几百，甚至更小..

作者
Author: sobereva 时间: 2020-2-10 07:09

a617788816 发表于 2020-2-8 11:42
好的，谢谢sob老师
借这个帖子再向您请教一个问题
Gromacs跑离子液体动力学模拟中，关于看到“跑散”这个 ...

提问时候不要“借帖子”
和主题无关的问题应当单独发帖

作者
Author: bobosiji 时间: 2020-11-23 17:48

sobereva 发表于 2020-2-8 05:01
基于经典力场的分子动力学程序里的色散修正和DFT-D3为代表的量化里的色散校正八竿子打不着

sob老师好，您在 “关于4个mdp文件参数的疑惑，rlist 、rcoulomb 、 rvdw、coulombtype的选择”
http://bbs.keinsci.com/forum.php ... 2&fromuid=12956
提到（ discorr = enerpres）“本来就用不着”
结合这儿您的ppt，是不是只要不关心体系的总范德华作用能，压力的时候就不需要 discorr = enerpres呢？
那么问题来了，跑NVT的话，啥时候需要关心体系的总范德华作用能呢？
如果模拟纳米管里的水（纳米管原子固定，管外是真空），需要 discorr = enerpres么？
如果不需要 discorr = enerpres，但加上了，算是错误么？
多谢提点~

作者
Author: sobereva 时间: 2020-11-27 18:01

bobosiji 发表于 2020-11-23 17:48
sob老师好，您在 “关于4个mdp文件参数的疑惑，rlist 、rcoulomb 、 rvdw、coulombtype的选择”
http:// ...

只要是凝聚相、均匀致密的盒子，MD一般都用enerpres，但如果力场里明确说不用enerpres就不用，而且如果rvdw较大也不需要用
模拟纳米管里的水这种问题，如果关心的是水的运动行为，enerpres用不用无所谓

作者
Author: winn 时间: 2023-5-10 10:37

sobereva 发表于 2020-11-27 18:01
只要是凝聚相、均匀致密的盒子，MD一般都用enerpres，但如果力场里明确说不用enerpres就不用，而且如果rv ...

sob老师，初学有许多不明白，请问什么力场可以不用enerpres,怎样判断rvdw是否较大呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2023-5-10 22:18

winn 发表于 2023-5-10 10:37
sob老师，初学有许多不明白，请问什么力场可以不用enerpres,怎样判断rvdw是否较大呢？

看力场原文用的模拟条件

作者
Author: winn 时间: 2023-5-11 10:48

sobereva 发表于 2023-5-10 22:18
看力场原文用的模拟条件

谢谢sob老师解答，请问rvdw较大可根据什么标准判断吗？设置rvdw=1.2nm，这样能不再设色散校正吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2023-5-11 12:37

winn 发表于 2023-5-11 10:48
谢谢sob老师解答，请问rvdw较大可根据什么标准判断吗？设置rvdw=1.2nm，这样能不再设色散校正吗？

通常1.4的时候校正就可以完全忽略不计了，1.0的话校正还有一定用处

作者
Author: winn 时间: 2023-5-11 16:35

sobereva 发表于 2023-5-11 12:37
通常1.4的时候校正就可以完全忽略不计了，1.0的话校正还有一定用处

谢谢sob老师的耐心解答！

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