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标题: 新学MD，模拟薄膜请教 [打印本页]

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Author: superrice 时间: 2015-8-21 00:08
标题: 新学MD，模拟薄膜请教
本帖最后由 superrice 于 2015-8-21 11:18 编辑

新学MD，现在想模拟一下有机物薄膜，大概70个原子左右。
1. 请问box大小应该设定在多少呢，总体40000原子左右够了吗？
2. 请问box的密度是不是要设的大一点，大概多少会比较合适？
3. 软件的版本是Gromacs 5.0.6，我看GMX的并行效率好像很高。因为提交queue有时间限制，30天的队列要排队排很久，5天的队列比较空闲。如果体系40000原子，用的opls力场，时间5ns，用的大概怎么设置节点和CPU会能在5天算完。
4. 请问group 和 verlet cutoff有什么区别，以及PME是什么意思，网上的manual快要看疯了。。。

作者
Author: sobereva 时间: 2015-8-21 13:34
你是指模拟一大堆有机物薄膜片段堆积的盒子么？
1 够了。
2 你做NPT模拟的时候密度会自发地调节。
3 不清楚你们的配置，普通双路服务器一天内就算完了。
4 PME是计算周期性体系静电相互作用的方法。你可以看看Leach那本书里关于Ewald方法的介绍，PME是对其后来的延伸。group看你具体指什么了，含义太广。

作者
Author: superrice 时间: 2015-8-21 22:52

sobereva 发表于 2015-8-21 13:34
你是指模拟一大堆有机物薄膜片段堆积的盒子么？
1 够了。
2 你做NPT模拟的时候密度会自发地调节。

谢谢Sob老师。group 就是cutoff-scheme 的 charge group 和 verlet，实在是没搞明白。果然是要再看看书，还请问模拟的时候盒子边缘看到一些分子碎片，是正常现象吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2015-8-22 12:39

superrice 发表于 2015-8-21 22:52
谢谢Sob老师。group 就是cutoff-scheme 的 charge group 和 verlet，实在是没搞明白。果然是要再看看书， ...

原本charge-group是指力场定义原子电荷时将体系中的原子划分为一个个group，每个group里原子电荷加和为整数，group往往取基团（比如-CH3，电荷为0）。这样按照group通过cutoff方式计算静电相互作用的话误差会比较小，即group里若有一个原子在A原子的cutoff里那么整个group的原子与A的静电相互作用也都要被考虑。
charge-group这个概念对于PME方式计算静电作用已经没有什么意义了，因为PME会计算无穷远的原子的静电相互作用的。

至于cutoff-scheme，和前面说的又不是一回事，这影响的是邻居列表的生成，细节手册里也有介绍。此选项就两种，verlet和group。用哪种都可以，只是运行效率不同。5.0以前都是group，现在推荐verlet，如果GPU来跑则只能用verlet。

作者
Author: superrice 时间: 2015-8-24 03:33

sobereva 发表于 2015-8-22 12:39
原本charge-group是指力场定义原子电荷时将体系中的原子划分为一个个group，每个group里原子电荷加和为整 ...

谢谢Sob老师，原来这两个group不是一个意思。我跑完了之后发现在writing final geometry的时候出错，请问这是什么情况，这个结果可以用来分析吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2015-8-24 13:46

superrice 发表于 2015-8-24 03:33
谢谢Sob老师，原来这两个group不是一个意思。我跑完了之后发现在writing final geometry的时候出错，请问 ...

如果正常输出了结果就能分析。报错可能是软件环境之类的因素，不好说。

作者
Author: 茶味果冻 时间: 2015-9-18 20:21

sobereva 发表于 2015-8-24 13:46
如果正常输出了结果就能分析。报错可能是软件环境之类的因素，不好说。

老师您好！我现在做MD计算，但是结果分析不知道怎么做，比方说径向分布函数、功率谱相关函数这些，需要自己编写脚本么，希望老师能给点意见

，谢了

作者
Author: sobereva 时间: 2015-9-18 23:02

茶味果冻发表于 2015-9-18 20:21
老师您好！我现在做MD计算，但是结果分析不知道怎么做，比方说径向分布函数、功率谱相关函数这些，需要自 ...

gmx自带了很多分析工具，rdf就用g_rdf分析就行了，功率谱我没听说过。
没有自带相应分析工具的情况就只能自己写脚本了（VMD本身也带了一些分析工具，也有第三方的现成分析脚本可用）

作者
Author: 茶味果冻 时间: 2015-9-19 09:12

sobereva 发表于 2015-9-18 23:02
gmx自带了很多分析工具，rdf就用g_rdf分析就行了，功率谱我没听说过。
没有自带相应分析工具的情况就只 ...

这第三方分析的脚本是什么啊，我用的QE做的CPMD计算输出文件.out，能转换成trajectory类似的文件么

作者
Author: sobereva 时间: 2015-9-19 14:01

茶味果冻发表于 2015-9-19 09:12
这第三方分析的脚本是什么啊，我用的QE做的CPMD计算输出文件.out，能转换成trajectory类似的文件么

VMD里extensions-analysis里就有计算rdf的工具，能读你的轨迹就能计算rdf
QE的输出格式不清楚，如果VMD不认，可以自行写个程序转换成.xyz轨迹格式再读入VMD

作者
Author: 茶味果冻 时间: 2015-9-21 08:57

sobereva 发表于 2015-9-19 14:01
VMD里extensions-analysis里就有计算rdf的工具，能读你的轨迹就能计算rdf
QE的输出格式不清楚，如果VMD ...

好的老师，现在在研究，谢了

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