计算化学公社

标题: 求助gaussian算中间体和过渡态的自由能问题 [打印本页]

作者
Author: zwn 时间: 2020-2-10 20:57
标题: 求助gaussian算中间体和过渡态的自由能问题
我用# B3LYP/6-31G* opt freq，然后从输出文件中直接读取Thermal correction to Gibbs Free Energy，然后在此结构下用 B3LYP/6-311G**计算高精度单点能，读取SCF DONE的能量。之后将二者相加。关于结构的能量这样算对不对？一些文章只有delta G，而没写能量成分是那些。

作者
Author: snljty 时间: 2020-2-10 21:41
本帖最后由 snljty 于 2020-2-12 09:08 编辑

并非按照重要性先后排序。
1.从头到尾加D3色散校正。
2.考虑频率校正因子。这个级别下零点能、升温的焓变和熵变都有很常见的各自的校正因子。
3.看看振动如果有低频模式有可能需要特殊方法。
4.单点能的精度考虑一下还能不能再提升一下。比如用Orca跑个wB97M-V/def2-TZVP

作者
Author: zwn 时间: 2020-2-11 09:39

snljty 发表于 2020-2-10 21:41
1.加D3色散校正。
2.考虑频率校正因子。这个级别下零点能、升温的焓变和熵变都有很常见的各自的校正因子。 ...

谢谢，1、2、4条方案我认为很必要，之前没考虑到，谢谢。
3中，振动分析我看的没问题，一般在振动分析正确的情况下，是不需要特殊处理吧。

作者
Author: snljty 时间: 2020-2-11 10:25

zwn 发表于 2020-2-11 09:39
谢谢，1、2、4条方案我认为很必要，之前没考虑到，谢谢。
3中，振动分析我看的没问题，一般在振动分析正 ...

如果要很准确地计算热力学量以及配分函数就还是需要考虑的，你去看Gaussian的输出文件会提示你涉及几个低频模式，可能引入误差，有一个Warning -- explicit consideration of xxx degrees of freedom as vibrations may cause significant error。也不能一概而论，看看这个低频模式到底长什么样，如果这个模式在你的几个结构中都差不多，那么做差的时候这个误差也会被很大抵消。如果需要考虑的话，就是说这个模式不适合谐振子模型，而且频率校正因子也无法很好校正。这时候可以考虑用刚性转子（比如Grimme的方法）、受阻转子、自由振子等模型。

作者
Author: sobereva 时间: 2020-2-11 11:49
"B3LYP/6-311G**"这还叫高精度单点能？
仔细看此文
简谈量子化学计算中DFT泛函的选择
http://sobereva.com/272（http://bbs.keinsci.com/thread-536-1-1.html）
谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算
http://sobereva.com/327（http://bbs.keinsci.com/thread-3345-1-1.html）
以及
坚持使用B3LYP算有机体系的人的下场
http://bbs.keinsci.com/thread-12773-1-1.html

校正因子问题看
谈谈谐振频率校正因子
http://sobereva.com/221

作者
Author: lijiayisjtu 时间: 2020-2-11 17:53
如果是有机体系，不如用M06-2X/6-31G* 优化，计算单点能量时候用def2-TZVP

作者
Author: snljty 时间: 2020-2-11 19:04

lijiayisjtu 发表于 2020-2-11 17:53
如果是有机体系，不如用M06-2X/6-31G* 优化，计算单点能量时候用def2-TZVP

这个级别的频率校正因子不好找，自己拟合的话体系麻烦一点儿。倒是有M05-2X的可以就拿来用了

作者
Author: zwn 时间: 2020-2-12 08:49

snljty 发表于 2020-2-10 21:41
1.从头到尾加D3色散校正。
2.考虑频率校正因子。这个级别下零点能、升温的焓变和熵变都有很常见的各自的校 ...

谢谢！D3校正加了，我在提升一下精度吧，这个精度算能量的确不准。

作者
Author: zwn 时间: 2020-2-12 08:52

sobereva 发表于 2020-2-11 11:49
"B3LYP/6-311G**"这还叫高精度单点能？
仔细看此文
简谈量子化学计算中DFT泛函的选择

谢谢！
泛函这一块没考虑到，可能看的参考文献较老，计算机别从新改动吧。我再仔细分析分析谐振频率校正因子这篇博文。谢谢

作者
Author: zwn 时间: 2020-2-12 08:53

lijiayisjtu 发表于 2020-2-11 17:53
如果是有机体系，不如用M06-2X/6-31G* 优化，计算单点能量时候用def2-TZVP

ok，我看很多文章也是用的这个，可能我的那篇paper太老。。。已改正

作者
Author: davi 时间: 2023-2-23 14:17

snljty 发表于 2020-2-11 10:25
如果要很准确地计算热力学量以及配分函数就还是需要考虑的，你去看Gaussian的输出文件会提示你涉及几个低 ...

老师，您好。我最近在做苯环(c6h6)的opt+freq分析时，采用B33LYP 6-311+G(d,p) ，出现了您所描述的那一段英文，因为本人是需要热力学数据来算生成热的，而采用输出文档数据差别特别大。想问问该怎么解决呢，烦请老师您解答解答

作者
Author: chands 时间: 2023-2-23 14:43
本帖最后由 chands 于 2023-2-23 14:44 编辑

davi 发表于 2023-2-23 14:17
老师，您好。我最近在做苯环(c6h6)的opt+freq分析时，采用B33LYP 6-311+G(d,p) ，出现了您所描述的那一段 ...

用社长的Shermo，有一项Low frequencies treatment可处理低频。另外各种频率校正因子也可以设置一下。

作者
Author: davi 时间: 2023-2-23 16:12

chands 发表于 2023-2-23 14:43
用社长的Shermo，有一项Low frequencies treatment可处理低频。另外各种频率校正因子也可以设置一下。

老师，您好，我网上查看了些资料，也了解到可能是结构和低频的缘故。对于低频的处理，自己并没有找到合适的方法，能请您详细讲讲该怎么处理吗？提前谢谢老师了

作者
Author: chands 时间: 2023-2-23 16:21

davi 发表于 2023-2-23 16:12
老师，您好，我网上查看了些资料，也了解到可能是结构和低频的缘故。对于低频的处理，自己并没有找到合适 ...

Shermo用到Truhlar和Grimme两种方法处理低频。
见Shermo文章DOI: 10.1016/j.comptc.2021.113249
Shermo手册：http://sobereva.com/soft/shermo/

作者
Author: davi 时间: 2023-2-23 16:38

chands 发表于 2023-2-23 16:21
Shermo用到Truhlar和Grimme两种方法处理低频。
见Shermo文章DOI: 10.1016/j.comptc.2021.113249
Shermo ...

老师，如果用Gaussion程序该怎么解决呢？自己目前的能力还没有用到Shermo软件

作者
Author: wzkchem5 时间: 2023-2-23 16:50

davi 发表于 2023-2-23 09:38
老师，如果用Gaussion程序该怎么解决呢？自己目前的能力还没有用到Shermo软件

这跟自己的能力没关系，你看一下Shermo手册就会知道操作极其简单。不要因为Shermo也是一个软件，就以为学Shermo花的时间和学高斯一样多

作者
Author: davi 时间: 2023-2-23 16:51

wzkchem5 发表于 2023-2-23 16:50
这跟自己的能力没关系，你看一下Shermo手册就会知道操作极其简单。不要因为Shermo也是一个软件，就以为学 ...

好的，谢谢两位老师的指导，学生感激不尽

作者
Author: chands 时间: 2023-2-23 17:24

davi 发表于 2023-2-23 16:38
老师，如果用Gaussion程序该怎么解决呢？自己目前的能力还没有用到Shermo软件

Gaussian算完频率之后，用Shermo算就可以。Shermo操作简单。

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)