计算化学公社

标题: 如何在MS进行RDF分析前，选取一段平衡的轨迹进行平均？（不是全部轨迹的平均） [打印本页]

作者
Author: 小萌薇 时间: 2020-2-12 19:52
标题: 如何在MS进行RDF分析前，选取一段平衡的轨迹进行平均？（不是全部轨迹的平均）
第一次用MS做RDF分析，见文献中有说“ The RDF analysis was carried out in the interval from 600 to 1000 ps of simulations, where the dynamic shows a stable behavior ”。请问选取600-1000ps是取了这个区间内所有帧数的平均值吗？这个平均在MS中具体如何操作？答案急求，提前谢过大家了。

作者
Author: sobereva 时间: 2020-2-13 16:52
是

作者
Author: 小萌薇 时间: 2020-2-13 19:21
本帖最后由小萌薇于 2020-2-14 19:41 编辑

老师，再请问您一下，这个区间内的几百帧是怎么平均的呀？MS上我只找到了选取单帧的按钮。还是这几百帧每一帧都做一次RDF分析，然后把每帧进行RDF的分析数据都导出来做数值平均值。

作者
Author: 小萌薇 时间: 2020-2-14 19:41

sobereva 发表于 2020-2-13 16:52
是

老师，再请问您一下，这个区间内的几百帧是怎么平均的呀？MS上我只找到了选取单帧的按钮。还是这几百帧每一帧都做一次RDF分析，然后把每帧进行RDF的分析数据都导出来做数值平均值。

作者
Author: sobereva 时间: 2020-2-16 09:39

小萌薇发表于 2020-2-14 19:41
老师，再请问您一下，这个区间内的几百帧是怎么平均的呀？MS上我只找到了选取单帧的按钮。还是这几百帧每 ...

我从来不用M$做正经的动力学模拟，又巨贵又超慢又弱又极其不灵活

作者
Author: 小萌薇 时间: 2020-2-16 19:07

sobereva 发表于 2020-2-16 09:39
我从来不用M$做正经的动力学模拟，又巨贵又超慢又弱又极其不灵活

无论如何，谢谢老师的回复

作者
Author: yilan0053 时间: 2020-7-16 18:15

小萌薇发表于 2020-2-16 19:07
无论如何，谢谢老师的回复

你好，我最近也在尝试用MS计算RDF，但找到的参考资料比较少，请问你可以分享一些资料吗？像操作步骤之类的。非常感谢

作者
Author: 小萌薇 时间: 2020-8-18 20:46

yilan0053 发表于 2020-7-16 18:15
你好，我最近也在尝试用MS计算RDF，但找到的参考资料比较少，请问你可以分享一些资料吗？像操作步骤之类 ...

我其实也没有什么其他参考资料。主要就是先知道你要选那些原子做分析，然后参考help文件把你想计算的原子做标记。最后在你分析的时候设定选取一段平衡轨迹做分析就好了。Help文件里也有具体教怎么做RDF分析的，你可以参考一下。

作者
Author: 小萌薇 时间: 2021-3-3 21:06

yilan0053 发表于 2020-7-16 18:15
你好，我最近也在尝试用MS计算RDF，但找到的参考资料比较少，请问你可以分享一些资料吗？像操作步骤之类 ...

RDF的计算步骤在MS的Help文件里可以找到，我是又详细看了Help文件，最终解决了问题。建议你再看看文件，我没有额外的资料。

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