计算化学公社

标题: make_ndx 怎么用 [打印本页]

作者
Author: 小土豆 时间: 2020-2-13 16:44
标题: make_ndx 怎么用
make_ndx 之后， nr : group    '!': not  'name' nr name 'splitch' nr Enter: list groups 'a': atom    '&': and  'del' nr       'splitres' nr 'l': list residues
't': atom type  '|': or 'keep' nr       'splitat' nr 'h': help
'r': residue             'res' nr       'chain' char
"name": group          'case': case sensitive          'q': save and quit
'ri': residue index
用这些东西怎么把某几个组命名成一个组命令是什么呢谢谢

作者
Author: sobereva 时间: 2020-2-13 16:58
(, 下载次数 Times of downloads: 91)

作者
Author: 小土豆 时间: 2020-3-6 11:12

sobereva 发表于 2020-2-13 16:58

谢谢大佬!!!明白了~~

作者
Author: 5撇到3撇 时间: 2021-9-5 16:31

sobereva 发表于 2020-2-13 16:58

请教一下老师，如果蛋白是有多链的话，怎么给每条链分别分成一组呢？输入make_ndx -f protein.pdb后没有看到chainA\B\C的信息，直接输入 chain A 提示Found 0 atoms with chain identifier A，但是pdb中已经标识好了，不知道怎么选择chain，谢谢！

作者
Author: sobereva 时间: 2021-9-6 15:26

5撇到3撇发表于 2021-9-5 16:31
请教一下老师，如果蛋白是有多链的话，怎么给每条链分别分成一组呢？输入make_ndx -f protein.pdb后没有 ...

根据残基号范围选

作者
Author: 5撇到3撇 时间: 2021-9-6 15:35

sobereva 发表于 2021-9-6 15:26
根据残基号范围选

好的谢谢老师，那如果三条链的残基号都是一样的，比方说都是1-100，这种情况怎么办呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2021-9-6 16:09

5撇到3撇发表于 2021-9-6 15:35
好的谢谢老师，那如果三条链的残基号都是一样的，比方说都是1-100，这种情况怎么办呢？

pdb2gmx产生的gro文件里每个残基的残基号都是独立的，不可能像pdb里那样还有重复的

作者
Author: panernie 时间: 2021-9-6 16:28

5撇到3撇发表于 2021-9-6 15:35
好的谢谢老师，那如果三条链的残基号都是一样的，比方说都是1-100，这种情况怎么办呢？

链不同

作者
Author: 5撇到3撇 时间: 2021-9-6 16:41

sobereva 发表于 2021-9-6 16:09
pdb2gmx产生的gro文件里每个残基的残基号都是独立的，不可能像pdb里那样还有重复的

好嘞，谢谢老师

作者
Author: 5撇到3撇 时间: 2021-9-6 16:41

panernie 发表于 2021-9-6 16:28
链不同

嗯嗯

作者
Author: 5撇到3撇 时间: 2021-9-6 23:43

sobereva 发表于 2021-9-6 16:09
pdb2gmx产生的gro文件里每个残基的残基号都是独立的，不可能像pdb里那样还有重复的

老师，刚才尝试用pdb2gmx 产生.gro文件，查看生成的.gro文件发现残基号还是会重复欸，是因为同源三聚体的原因吗？还麻烦老师看一下，谢谢

作者
Author: sobereva 时间: 2021-9-7 00:30

5撇到3撇发表于 2021-9-6 23:43
老师，刚才尝试用pdb2gmx 产生.gro文件，查看生成的.gro文件发现残基号还是会重复欸，是因为同源三聚体的 ...

gmx editconf -f old.gro -o new.gro -resnr 1

new.gro里是从1开始连续编号的

作者
Author: shoujingcao 时间: 2023-5-25 14:17
本帖最后由 shoujingcao 于 2023-5-25 14:19 编辑

sobereva 发表于 2020-2-13 16:58

老师您好，我在用gmx make_ndx -f 1.pdb -o index.ndx 定义某个组的时候，执行完这个命令以后会出现如下所示的提示
0 System             :  7292 atoms
  1 Protein          :  7249 atoms
  2 Protein-H          :  3665 atoms
  3 C-alpha          : 461 atoms
  4 Backbone          :  1383 atoms
  5 MainChain          :  1845 atoms
  6 MainChain+Cb       :  2278 atoms
  7 MainChain+H       :  2288 atoms
  8 SideChain          :  4961 atoms
  9 SideChain-H       :  1820 atoms
10 Prot-Masses       :  7249 atoms
11 non-Protein       : 43 atoms
12 Other             : 43 atoms
13 UNL                : 43 atoms

nr : group    '!': not  'name' nr name 'splitch' nr Enter: list groups
'a': atom    '&': and  'del' nr       'splitres' nr 'l': list residues
't': atom type  '|': or 'keep' nr       'splitat' nr 'h': help
'r': residue             'res' nr       'chain' char
"name": group          'case': case sensitive          'q': save and quit
'ri': residue index

>

我想自定义一个新组14，比如ri 380
请问我该使用什么命令将下列三行命令放在一个文本中执行呢
gmx make_ndx -f 1.pdb -o index.ndx
ri 380
q

作者
Author: sobereva 时间: 2023-5-26 04:51

shoujingcao 发表于 2023-5-25 14:17
老师您好，我在用gmx make_ndx -f 1.pdb -o index.ndx 定义某个组的时候，执行完这个命令以后会出现如下 ...

参考这页北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html）ppt

(, 下载次数 Times of downloads: 38)

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Author: shoujingcao 时间: 2023-5-26 09:26

sobereva 发表于 2023-5-26 04:51
参考这页北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html）ppt
...

感谢老师的解答！

作者
Author: Hailu 时间: 2023-10-23 13:27

sobereva 发表于 2020-2-13 16:58

老师你好，我想问一下。如果我想选择配体周围5A范围内的氨基酸所有原子建立一个新组的话，怎么操作呀

作者
Author: sobereva 时间: 2023-10-24 01:58

Hailu 发表于 2023-10-23 13:27
老师你好，我想问一下。如果我想选择配体周围5A范围内的氨基酸所有原子建立一个新组的话，怎么操作呀

建议用我写的这个VMD自定义命令去产生记录选择区域原子序号的文件，把文件里的内容复制到index文件里作为一个组即可

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选择语句的知识：
VMD里原子选择语句的语法和例子
http://sobereva.com/504（http://bbs.keinsci.com/thread-14267-1-1.html）

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