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标题: 使用WSL(Windows subsystem for linux)在win10系统下用Linux版“搞死”做计算 [打印本页]

作者
Author: exity 时间: 2020-2-14 17:42
标题: 使用WSL(Windows subsystem for linux)在win10系统下用Linux版“搞死”做计算
本帖最后由 exity 于 2021-3-2 10:41 编辑

2021.3.2更新
由于WSL2中默认mnt挂载目录权限为777
建议不要把g09文件夹放在挂载目录下。

话说VMware最近有点抽风（其实是阿三把win10搞抽风导致VM抽风），虚拟机用起来各种不顺畅，以前好用的vm-tools直接拷贝文件也失效了，几番折腾没有很好的解决，一怒之下把VMware卸载了，可是有些小作业犯不着上传到服务器，用“搞死W”又不能满足需求，于是转而折腾WSL，目前实现了WSL下用Linux版“搞死”做计算，性能和VMware目测相差无几（俺VM不能用了，因此也没法对比。），理论上应该更高，在此把步骤分享给大家，一起进步~！

1. 确定你是windows10系统，windows10s是不行的。
2. 进入如下路径Control Panel\Programs\Programs and Features，点击右边“Turn Windows features on or off”窗口，在弹出的对话框里勾选中“Windows Subsystem for linux”的复选框，对应的中文版自己翻译一下，应该大差不差，重启系统。
3. 打开Microsoft Store，搜索ubuntu，这时大概率会切换到“在Windows上运行Linux？”界面，点击“获取这些应用”，安装第一个linux发行版“ubuntu”，其他几个发行版应该也能用，但是我不熟悉，感兴趣的同学可以自己折腾。
4. 等Ubuntu安装好后，点击打开，这时会要你输入用户名和密码，假设我们使用iceeyes这个用户名。
5. 用mkdir命令，建立apps文件夹，用于安装“搞死”，具体用法为 mkdir /home/iceeyes/apps，回车就行。
6. 然后在你的windows系统下，在C盘下建立一个文件夹，命名为mywslfiles(这一步是在windows系统下操作的)
7. 在你的linux终端下输入命令 cd /mnt/c/mywslfiles，就能进入到mywslfiles文件夹了。然后在windows下，把你要安装的“搞死”文件夹放在"mywslfiles"里。
8. 输入命令 cp -r /mnt/c/mywslfiles/g09 /home/iceeyes/apps/
9. 输入命令 cd /home/iceeyes/apps/g09
10. 输入命令 mkdir scratch
11. 输入命令 chmod 750 -R *
12. 输入命令 vim ~/.bashrc，写入如下命令
      export g09root=/home/iceeyes/apps
      export GAUSS_SCRDIR=/home/iceeyes/apps/g09/scratch
      source /home/iceeyes/apps/g09/bsd/g09.profile
13. 保存后退出ubuntu终端，再次进入
14. 把你的gjf放在mywslfiles文件夹下，然后enjoy your calculation！！！
15. 期待有同学对比下wsl下和vmware下的计算耗时！！！

================根据三楼同学的评测@paramecium86==================
WSL效率较高

做了个简单的对比。蒽环几何优化 opt b3lyp/6-31g(d) em=gd3 都是用双核 150MW
                                             Elapsed time
g16w a03 64bit                            14分59秒
g16 a03 vmware /centos7.8          4分25秒
g16 a03 wsl  /ubuntu                   3分51秒

作者
Author: zjxitcc 时间: 2020-2-15 21:47
感觉一个缺憾是/etc/hosts不能用，这次修改了，下次启动WSL会被抹掉。其他的功能都跟正经的Ubuntu没太大区别。
另外，MobaXterm既可以识别WSL，也能提供自己的linux环境（其实是cygwin）。如果不做计算，只是用linux常用命令的话，感觉MobaXterm更简便。做计算的话感觉还是WSL比MobaXterm带的小系统更专业点。

作者
Author: paramecium86 时间: 2020-2-16 05:10
做了个简单的对比。蒽环几何优化 opt b3lyp/6-31g(d) em=gd3 都是用双核 150MW
                                             Elapsed time
g16w a03 64bit                            14分59秒
g16 a03 vmware /centos7.8          4分25秒
g16 a03 wsl  /ubuntu                   3分51秒

作者
Author: exity 时间: 2020-2-16 08:02

paramecium86 发表于 2020-2-16 05:10
做了个简单的对比。蒽环几何优化 opt b3lyp/6-31g(d) em=gd3 都是用双核 150MW
...

看来原生的WSL效率还是高一些，这几天虽然没有进行对比，但是感觉上确实快很多。

作者
Author: exity 时间: 2020-2-16 08:45

zjxitcc 发表于 2020-2-15 21:47
感觉一个缺憾是/etc/hosts不能用，这次修改了，下次启动WSL会被抹掉。其他的功能都跟正经的Ubuntu没太大区 ...

写个脚本，一键覆盖：D

作者
Author: 冰释之川 时间: 2020-2-16 09:17
本帖最后由冰释之川于 2020-2-16 09:19 编辑

补充一下 WSL无法更改权限的解决方案（某丝就你作，文件夹权限还要750！！）：

Step1 创建wsl.conf文件

在 /etc 目录下创建一个 wsl.conf 文件，添加以下配置：

[automount]
enabled = true
options = "metadata,umask=22,fmask=11"

复制代码

Step2 在.bashrc中添加以下配置

if [ "$(umask)" = "0000" ]; then
umask 0022
fi

复制代码

重启WSL，重新修改那些文件和文件夹的权限，成功！

作者
Author: exity 时间: 2020-2-16 09:36

冰释之川发表于 2020-2-16 09:17
补充一下 WSL无法更改权限的解决方案（某丝就你作，文件夹权限还要750！！）：

Step1 创建wsl.conf文件 ...

chmod就可以的，冰冰姐这是啥情况？能否细说一下，我学习学习。

作者
Author: 冰释之川 时间: 2020-2-17 16:06

exity 发表于 2020-2-16 09:36
chmod就可以的，冰冰姐这是啥情况？能否细说一下，我学习学习。

就是刚装完WSL，你用chmod修改文件权限无效

作者
Author: exity 时间: 2020-2-17 17:38

冰释之川发表于 2020-2-17 16:06
就是刚装完WSL，你用chmod修改文件权限无效

呃...我这里并未出现这样的情况，装好就能chmod了...

作者
Author: pika02 时间: 2020-2-19 23:26
本帖最后由 pika02 于 2020-2-20 20:20 编辑

谢谢lz，wsl，wsl
刚整了台新主机，还在考虑要不要装个虚拟机或者双系统，看到这帖说wsl效率更高，可以不用折腾虚拟机了

==============20200220================
按照该方法在wsl的ubuntu 18.04 LTS中运行g09 E.01成功，但照猫画虎装上了g16 A.03 AVX2后（已经把g09删干净了，.bashrc也弄干净了），却出现Error: illegal instruction, illegal opcode错误。
在http://sobereva.com/439中查到这个错误是由于CPU不兼容AVX2造成的。我的cpu是3950x，avx2照理来说没毛病，首先猜测是WSL的锅。

然鹅在此博客（https://computational-chemistry. ... 9/09/05/zen2-linux/）中看到

早速 Gaussian16 revB01 を Ryzen 3900x でインストールして動かそうとしましたが、
Error: illegal instruction, illegal opcode
というエラーが出てしまい、うまく行きませんでした。

最初は、どう対処したら良いか全く分からなかったのですが、Gaussian16 revC01 に変えたら動きました！理由は、よく分かりません。

revC01 のリリース日は 7 月なので、ZEN2 に対応しているとも考えづらいです。。。

g16 B01在zen2上有毛病，而C01能用，表明应该是旧版本高斯的锅？

作者
Author: exity 时间: 2020-2-23 12:21

pika02 发表于 2020-2-19 23:26
谢谢lz，wsl，wsl
刚整了台新主机，还在考虑要不要装个虚拟机或者双系统，看到这帖说wsl效率更高，可以不 ...

3950X...土豪啊......跑高斯效率怎么样？

作者
Author: pika02 时间: 2020-2-23 13:53

exity 发表于 2020-2-23 12:21
3950X...土豪啊......跑高斯效率怎么样？

我有空测测再单独发个帖子
现在可以参考这个https://computational-chemistry. ... ussian16-benchmark/
3950x就比3900x多了4个核，估计效率是1.2-1.3倍的3900x

作者
Author: Daniel_Arndt 时间: 2020-2-28 04:36

zjxitcc 发表于 2020-2-15 21:47
感觉一个缺憾是/etc/hosts不能用，这次修改了，下次启动WSL会被抹掉。其他的功能都跟正经的Ubuntu没太大区 ...

我在2017年时曾遇到过MobaXterm里面的awk不正常的情况。我折腾了半天，以为是自己的awk代码有bug。后来用MSYS2里面的awk，才发现自己的代码什么问题也没有。

作者
Author: comboy2008 时间: 2020-2-29 13:00
用WSL比虚拟机运行linux有优势。我原来在群里发过测试，运行test0397.gjf的测试。wsl没有图像界面，确实比vmare要快10-20%。此外，vmare支持的cpu核心数也有限制为16核心。但是wsl核心数没有限制。多少核心都能用上。这个是vmare比不了的。

作者
Author: snljty 时间: 2020-2-29 14:07
再装个虚拟桌面比如xming，然后.bashrc里面加一句export DISPLAY=:0，之后GaussView，UltraEdit之类的也都能用。

作者
Author: pika02 时间: 2020-3-18 18:17
本帖最后由 pika02 于 2020-3-18 18:20 编辑

snljty 发表于 2020-2-29 14:07
再装个虚拟桌面比如xming，然后.bashrc里面加一句export DISPLAY=:0，之后GaussView，UltraEdit之类的也都 ...

Ubuntu子系统中缺少libGLU.so.1、libfreetype.so.6、libXrender.so.1、libfontconfig.so.1、libSM.so.6，需要安装：

sudo apt install libglu1-mesa libfreetype6 libxrender-dev libfontconfig libsm6
复制代码

来源https://zhuanlan.zhihu.com/p/38170085

我装的是VcXsrv，试了一下，多窗口模式，取消Native opengl，gview跑起来了

作者
Author: zhoutao2011 时间: 2020-4-5 12:39
您好！请问装完后把gjf放进mywslfiles中，打开Ubuntu输入g09 < a.gjf > a.out总提示 No such file or directory，请问是怎么回事？谢谢您

作者
Author: exity 时间: 2020-4-6 06:49

zhoutao2011 发表于 2020-4-5 12:39
您好！请问装完后把gjf放进mywslfiles中，打开Ubuntu输入g09 < a.gjf > a.out总提示 No such file or direc ...

cd到 /mnt/c/mywslfile这个文件夹下了吗?
如果没有就是这个问题，可能需要补充一点最基础的linux知识。

作者
Author: zhoutao2011 时间: 2020-4-6 13:05

exity 发表于 2020-4-6 06:49
cd到 /mnt/c/mywslfile这个文件夹下了吗?
如果没有就是这个问题，可能需要补充一点最基础的linux知识。

是的，已经转移到用户目录运行了，谢谢你

作者
Author: Yaqi 时间: 2020-8-11 09:31
请问，直接从microsoft store安装的话，虚拟系统是默认安装在C盘吗？scratch临时文件夹也在C盘吗？如果想用其他的盘，要怎么操作？

作者
Author: abin 时间: 2020-8-11 09:35

comboy2008 发表于 2020-2-29 13:00
用WSL比虚拟机运行linux有优势。我原来在群里发过测试，运行test0397.gjf的测试。wsl没有图像界面，确实比v ...

把图形界面关闭了就得了，
然后都是字符界面，
有什么区别。

作者
Author: exity 时间: 2020-8-11 09:52

Yaqi 发表于 2020-8-11 09:31
请问，直接从microsoft store安装的话，虚拟系统是默认安装在C盘吗？scratch临时文件夹也在C盘吗？如果想用 ...

WSL挂载都在/mnt下，自己随意喽。

作者
Author: Yaqi 时间: 2020-8-11 10:08

exity 发表于 2020-8-11 09:52
WSL挂载都在/mnt下，自己随意喽。

谢谢解答，如果我想把scratch文件夹放在F盘，是不是直接环境变量设置成：
export GAUSS_SCRDIR=/mnt/f/scratch
就可以了？

作者
Author: biogon 时间: 2020-8-11 10:14

Yaqi 发表于 2020-8-11 10:08
谢谢解答，如果我想把scratch文件夹放在F盘，是不是直接环境变量设置成：
export GAUSS_SCRDIR=/mnt/f/s ...

对的

作者
Author: Yaqi 时间: 2020-8-11 10:53

biogon 发表于 2020-8-11 10:14
对的

明白了，感谢解答。

作者
Author: Yaqi 时间: 2020-8-16 16:28
楼主好，按照您帖子的教程，我配置了WSL，满怀希望地试算了两个体系（一个大体系、一个小体系），并和windows版的做了对比，结果发现WSL比windows版本计算速度还要慢，有点懵，怀疑是自己哪里没搞对。以下是两个测试任务的具体信息：

1. 计算丙烷的单点能（11个原子）。

WSL关键词：
%mem=100GB
%chk=22.chk
%nprocshared=36
#p b3lyp/def2tzvp

所用时间：Elapsed time:    0 days  0 hours  4 minutes 39.9 seconds.

Windows关键词：
%mem=100GB
%chk=D:\WSL\Gaussian\22-1.chk
%nprocshared=36
#p b3lyp def2tzvp

所用时间：Elapsed time:    0 days  0 hours  4 minutes  0.8 seconds.

Windows版本比WSL快了14%左右。

2. 计算一种MOF结构的单点能（182个原子）

WSL关键词：
%mem=100GB
%chk=uio-66.chk
%nprocshared=36
# b3lyp/genecp empiricaldispersion=gd3bj

所用时间：Elapsed time:    0 days  5 hours 15 minutes 23.7 seconds.

Windows关键词：
%mem=100GB
%chk=D:\WSL\Gaussian\uio-66-1.chk
%nprocshared=36
# b3lyp/genecp empiricaldispersion=gd3bj

所用时间：Elapsed time:    0 days  3 hours 18 minutes 52.8 seconds.

Windows版本比WSL快了35%左右。

不知道发生了什么？求解答。

作者
Author: hebrewsnabla 时间: 2020-8-16 16:39

Yaqi 发表于 2020-8-16 16:28
楼主好，按照您帖子的教程，我配置了WSL，满怀希望地试算了两个体系（一个大体系、一个小体系），并和windo ...

你的windows版本高斯和linux版本高斯的版本一致吗？

另外，既然有36核的机器了，不如直接装个真linux，比折腾子系统方便。

作者
Author: Yaqi 时间: 2020-8-16 16:50

hebrewsnabla 发表于 2020-8-16 16:39
你的windows版本高斯和linux版本高斯的版本一致吗？

另外，既然有36核的机器了，不如直接装个真linux ...

版本是一样的，Gaussian 16 A.03。
因为Windows中的一些程序也要同时使用，之前是用虚拟机的，看到这个子系统计算效率更高又没有核数限制，就试了一下。

作者
Author: exity 时间: 2020-8-16 20:02

Yaqi 发表于 2020-8-16 16:28
楼主好，按照您帖子的教程，我配置了WSL，满怀希望地试算了两个体系（一个大体系、一个小体系），并和windo ...

我没见过64bit的win版高斯，我用的windows版高斯内存只能用到2G，核心数貌似也有限制，但我不是很清楚。
你这个情况我觉得有两种可能性。
1 任务耗时不能一概而论，根据体系不同耗时可能在WIN版和WSL有不同
2 64位的windows版高斯确实很快（但真的很少见）

作者
Author: Alizzard 时间: 2020-12-4 09:39

冰释之川发表于 2020-2-16 09:17
补充一下 WSL无法更改权限的解决方案（某丝就你作，文件夹权限还要750！！）：

Step1 创建wsl.conf文件 ...

也可以装个WSL的ssh，然后远程传进去文件和用其他服务器没啥区别，也没有权限问题。
就是传大文件有点蛋疼…………

作者
Author: gog 时间: 2020-12-7 21:54
linux计算效率最高，为啥要折腾windows系统。这个功能是只编辑和输入代码的用，软件编译和调试，该是还在linux中进行吧。

作者
Author: 喵星大佬 时间: 2021-8-22 06:58

Yaqi 发表于 2020-8-16 16:28
楼主好，按照您帖子的教程，我配置了WSL，满怀希望地试算了两个体系（一个大体系、一个小体系），并和windo ...

你的WSL里高斯的所有工作目录(文件，临时文件)要用wsl的目录，比如/opt，/home/xxx之类的，不要用/mnt下的，速度差别很大

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