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标题: 请教另一种蛋白SMD模拟方法的实现问题 [打印本页]

作者
Author: wzhang 时间: 2020-2-17 17:19
标题: 请教另一种蛋白SMD模拟方法的实现问题
本帖最后由 wzhang 于 2020-2-17 17:20 编辑

大家好，我想使用gromacs实现另外一种蛋白的SMD（Steered Molecular Dynamics）模拟过程，还请大家给点意见。
比如说对蛋白的拉伸：我想先固定住蛋白的一端，另一端拉伸Δx（Δx可以为0.5 nm，0.2 nm...）距离然后relaxation一段时间，再进行相同的操作。（区别于constant rate和constant force pulling的过程）不知道有没有能直接实现这个过程的办法？
我想到的一种办法是：
相当于在蛋白固定端和拉伸端加一个harmonic弹簧，弹簧的势函数为1/2*k*(r-r0)^2，可以通过调节弹簧平衡位置r0来实现想要拉伸到的位置。这样仍然可以用pull-coord1-type=umbrella，pull-coord1-geometry=diatance然后设置pull-coord1-init来调节r0（请问这里的pull-coord1-init是否就是r0？），但我不太懂如何在模拟过程中如何能动态地调节pull-coord1-init，还是必须得跑完一个再采用一个新的.mdp文件接着继续跑？
请给我一些指导，多谢！

作者
Author: tjuptz 时间: 2020-2-17 21:49
会写脚本就可以实现了

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