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标题: gromacs中如何对膜施加压力？ [打印本页]

作者
Author: jimulation 时间: 2020-2-17 19:05
标题: gromacs中如何对膜施加压力？
如图示，文献中采用gromacs，对体系中的两层膜施加了不同压力，研究压力作用下水分子渗透和离子过滤。请问这个压力的施加应该用哪个模块实现？求解，谢谢！

作者
Author: sobereva 时间: 2020-2-18 12:02
用半各向异性控压，Z方向参考压力设较大的值

作者
Author: jimulation 时间: 2020-2-20 15:34

sobereva 发表于 2020-2-18 12:02
用半各向异性控压，Z方向参考压力设较大的值

谢谢Sob老师解答。我理解应当对膜平面和膜的法向分别控压，但是如何做到图中设置两个压力呢？而且是指定对某一层膜用小压力，另一侧膜用大压力。谢谢！

作者
Author: ulosggs 时间: 2020-2-21 08:25
他这个应该是在左右的石墨烯上分别加z方向上的外力，根据压力和面积计算外力
F = P*A

作者
Author: jimulation 时间: 2020-2-21 10:51

ulosggs 发表于 2020-2-21 08:25
他这个应该是在左右的石墨烯上分别加z方向上的外力，根据压力和面积计算外力
F = P*A

请问这个外力F应当通过哪个模块来设定？

作者
Author: ulosggs 时间: 2020-2-21 19:16
我不清楚GROMACS有没有这个功能。
Lammps有 fix addforce 命令可以做这个
https://lammps.sandia.gov/doc/fix_addforce.html

作者
Author: sobereva 时间: 2020-2-21 19:43

jimulation 发表于 2020-2-21 10:51
请问这个外力F应当通过哪个模块来设定？

对于外压不对称的情况，用pull设置实现，两个板定义成两个组，分别设置外力方向。或者设成不同的acc-grps组，分别通过accelerate定义受力。

作者
Author: jimulation 时间: 2020-2-22 15:10

sobereva 发表于 2020-2-21 19:43
对于外压不对称的情况，用pull设置实现，两个板定义成两个组，分别设置外力方向。或者设成不同的acc-grps ...

谢谢Sob老师，受教了

作者
Author: jimulation 时间: 2020-2-22 15:10

ulosggs 发表于 2020-2-21 19:16
我不清楚GROMACS有没有这个功能。
Lammps有 fix addforce 命令可以做这个
https://lammps.sandia.gov/doc ...

谢谢

作者
Author: IamHK 时间: 2020-9-21 19:57
您好，能分享一下这篇文章吗？感谢！

作者
Author: jimulation 时间: 2020-9-21 20:04

IamHK 发表于 2020-9-21 19:57
您好，能分享一下这篇文章吗？感谢！

https://aip.scitation.org/doi/pdf/10.1063/1.3573902，google搜图中的文字就可以搜到了

作者
Author: IamHK 时间: 2020-9-21 22:00

jimulation 发表于 2020-9-21 20:04
https://aip.scitation.org/doi/pdf/10.1063/1.3573902，google搜图中的文字就可以搜到了

收到，感谢

作者
Author: IamHK 时间: 2020-9-23 20:54
请问您解决这个板该怎么设置？我也碰到类似的情况，需要利用单侧压力将液体压入纳米孔洞中，我所使用的方法是建立一个石墨烯薄膜。然后拉动这层膜让它给液体施加一个压力，但是遇到的问题是，不清楚该怎样设置让石墨烯不发生形变，保持刚性。请问您的解决方法是什么？感谢。

作者
Author: jimulation 时间: 2020-9-24 10:21

IamHK 发表于 2020-9-23 20:54
请问您解决这个板该怎么设置？我也碰到类似的情况，需要利用单侧压力将液体压入纳米孔洞中，我所使用的方法 ...

这个不太清楚，还没做这个工作

作者
Author: 1971806673 时间: 2021-7-15 16:13
您好，我也遇到您半年前遇到的相似的问题，我需要给一个聚偏氟乙烯薄膜右1/2部分施加一个恒定力，左1/2部分固定不动，我知道在LAMMPS中的操作过程，但是刚接触GROMACS，可以麻烦您给我说一下添加力的思路吗？非常感谢您的帮助。

作者
Author: IamHK 时间: 2021-7-15 17:28

1971806673 发表于 2021-7-15 16:13
您好，我也遇到您半年前遇到的相似的问题，我需要给一个聚偏氟乙烯薄膜右1/2部分施加一个恒定力，左1/2部分 ...

将固定不动部分的原子设定为一个组，施压部分原子设定为另外一个组，使用pulll拉动就行。找gromacs教程有拉动参数设置，

作者
Author: 1971806673 时间: 2021-7-15 18:48

IamHK 发表于 2021-7-15 17:28
将固定不动部分的原子设定为一个组，施压部分原子设定为另外一个组，使用pulll拉动就行。找gromacs教程有 ...

好的，谢谢您

作者
Author: yejustme 时间: 2021-9-11 10:46
本帖最后由 yejustme 于 2021-9-11 17:31 编辑

sobereva 发表于 2020-2-21 19:43
对于外压不对称的情况，用pull设置实现，两个板定义成两个组，分别设置外力方向。或者设成不同的acc-grps ...

老师，我做过类似的研究有几个问题想问一下：
1）我之前也用的acc-grps，通过accelerate来设定加速度。但是也发现在50 MPa压力下仍然不能推动水分子过膜，要加100MPa及以上的压强才行。听一个老师说，acc-grps功能有bug，这样做其实有问题，从gromacs论坛来看将来甚至这个功能都要被砍掉了。
https://gromacs.bioexcel.eu/t/co ... on-md-anti-bug/1614
2）采用pull方法，该老师说达不到预期的压强，压力是一直变并且不可知的。不知道是不是这样？而且应该如何设置需要的力？
mdp文件设置：
pull-coord1-type=constant-force
pull-coord1-k应该怎么设置，直接等于需要的力吗？
谢谢。

作者
Author: sobereva 时间: 2021-9-12 05:27

yejustme 发表于 2021-9-11 10:46
老师，我做过类似的研究有几个问题想问一下：
1）我之前也用的acc-grps，通过accelerate来设定加速度。 ...

至少我用gmx 2016.4、2018.8没有问题
靠pull没有acc-grps省事

作者
Author: JCenter 时间: 2024-7-6 21:26

sobereva 发表于 2020-2-21 19:43
对于外压不对称的情况，用pull设置实现，两个板定义成两个组，分别设置外力方向。或者设成不同的acc-grps ...

1.老师，这里的pull施加的力代表不对称外压和使用的压浴有无冲突和矛盾呢。假设整个体系在Parrinello-Rahman控压器下将体系的X\Y/Z三个方向通过缩放盒子将压力维持在1bar,如果z方向两侧的石墨烯板再施加换算得到的代表300bar（左）和1bar（右）的力常数，进行恒力pull，那z方向的压浴和pull代表的压力会冲突吗，如左边的石墨烯板的300bar pulll力和1bar压浴。还是说，我应该将z方向的压浴去掉，直接在xy周期性和NPT下在z方向仅使用pull代表压力呢。
2.对于这种z方向不对称压力的情况下进行多孔材料不对称压力下的过滤渗透模拟，我看有的文献使用NVT，然后在z方向两侧施压，进行NEMD,但我觉得NVT不太适合符合实际情况，因为膜的X/Y方向不可能没1bar的大气压，x/y方向我感觉理应加1bar压浴，老师您觉得我这样考虑是否正确。

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