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标题: 求助：在尝试连接学校超算中心运行Gromacs时出现了“can not found gmx”的问题 [打印本页]

作者
Author: 芝士栗子小甜饼 时间: 2020-2-17 21:46
标题: 求助：在尝试连接学校超算中心运行Gromacs时出现了“can not found gmx”的问题
在学校服务器做模拟时，会拷贝工作目录输入后在进行分子的模拟
假期在家尝试使用学校超算中心的资源进行模拟，输入了gromacs的工作目录之后出现了这样的问题
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作者
Author: snljty 时间: 2020-2-17 22:38
本帖最后由 snljty 于 2020-2-17 23:29 编辑

只要PATH(也许还有LD_LIBRARY_PATH?)设置对了，没有GMXRC的内容一样可以跑，就是命令补全差点劲。
刚看了一下好像看错了，你为什么直接在命令行执行这个文件？应该用点命令，也就是

source /home/software/gromacs/2019.4-gpu/bin/GMXRC

复制代码

而不是直接

source /home/software/gromacs/2019.4-gpu/bin/GMXRC

复制代码

程序的运行是/bin里面的可执行程序gmx，不是GMXRC。

作者
Author: 芝士栗子小甜饼 时间: 2020-2-17 23:03

snljty 发表于 2020-2-17 22:38
你这个可能是Bourne Again Shell而不是C Shell。改一下GMXRC文件的内容，不知道为什么判断错了，直接把没用 ...

你好，我没有看完之后并没有很明白我应当怎样改

我上传了我的GMXRC文件的内容以及此目录下包含的文件，能否再指导我一下

作者
Author: 芝士栗子小甜饼 时间: 2020-2-17 23:04
本帖最后由芝士栗子小甜饼于 2020-2-17 23:06 编辑

[attach]23793[/attach] (, 下载次数 Times of downloads: 68)

作者
Author: snljty 时间: 2020-2-17 23:30

芝士栗子小甜饼发表于 2020-2-17 23:03
你好，我没有看完之后并没有很明白我应当怎样改
我上传了我的GMXRC文件的内容以及此目录下包含的文 ...

不好意思刚才好像看错了一些，更正了一下上面的说法。

作者
Author: 芝士栗子小甜饼 时间: 2020-2-18 09:25
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snljty 发表于 2020-2-17 22:38
只要PATH(也许还有LD_LIBRARY_PATH?)设置对了，没有GMXRC的内容一样可以跑，就是命令补全差点劲。
刚看了 ...

你好，我按照您的指导改了一下，但是他仍然找不到gmx命令

作者
Author: snljty 时间: 2020-2-18 09:32

芝士栗子小甜饼发表于 2020-2-18 09:25
你好，我按照您的指导改了一下，但是他仍然找不到gmx命令

ls一下那个bin目录看看。

作者
Author: 芝士栗子小甜饼 时间: 2020-2-18 09:49
(, 下载次数 Times of downloads: 62)

snljty 发表于 2020-2-18 09:32
ls一下那个bin目录看看。

请问是这样吗

作者
Author: 柒月小鱼 时间: 2020-2-18 10:04

芝士栗子小甜饼发表于 2020-2-18 09:49
请问是这样吗

运行命令是 gmx_mpi

作者
Author: snljty 时间: 2020-2-18 10:16

芝士栗子小甜饼发表于 2020-2-18 09:49
请问是这样吗

你编译的是mpi版本。gmx命令换成gmx_mpi。

作者
Author: 芝士栗子小甜饼 时间: 2020-2-18 11:21
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柒月小鱼发表于 2020-2-18 10:04
运行命令是 gmx_mpi

谢谢你，我运行了这个命令之后，他提示我CUDA-aware supporter 不可用，请问怎样解决呀？

作者
Author: 芝士栗子小甜饼 时间: 2020-2-18 11:21

snljty 发表于 2020-2-18 10:16
你编译的是mpi版本。gmx命令换成gmx_mpi。

(, 下载次数 Times of downloads: 24)
谢谢你，我运行了这个命令之后，他提示我CUDA-aware supporter 不可用，请问怎样解决呀？

作者
Author: 柒月小鱼 时间: 2020-2-18 11:43

芝士栗子小甜饼发表于 2020-2-18 11:21
谢谢你，我运行了这个命令之后，他提示我CUDA-aware supporter 不可用，请问怎样解决呀？

你是按ggdh老师的教程编译的吧
你的机器没有显卡重新编译一个吧

作者
Author: sobereva 时间: 2020-2-18 12:01
怎么编译和安装仔细看
GROMACS的安装方法（含全程视频演示）
http://sobereva.com/457（http://bbs.keinsci.com/thread-11821-1-1.html）

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