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标题: 不同力场下mdp文件的设置？ [打印本页]

作者
Author: lucl13 时间: 2020-2-19 15:39
标题: 不同力场下mdp文件的设置？
求问，不同力场下mdp的设置有区别吗？如果有区别的话有什么参考资料吗？尤其是库仑力和范德华相力的算法和截断半径。
如下是我在Amber力场下的设置：
cutoff-scheme = Verlet
coulombtype = PME
rcoulomb    = 1.0
vdwtype    = cut-off
rvdw       = 1.0
DispCorr    = EnerPres
能直接用到charmm36力场吗？

作者
Author: bobosiji 时间: 2020-2-19 22:55
看力场开发是用的啥设置。这种设置差一点问题原则上不太大，但最好验证下是不是OK

作者
Author: sobereva 时间: 2020-2-21 16:58
在gmx手册里有专门说明最适合用什么
(, 下载次数 Times of downloads: 32)

没有特别说明的情况，能和原作者用一样的原理上最好（不过有时程序不支持），通常相差一些都不会有多大问题，除非对精度要求非常高、被模拟的体系对参数很敏感（比如模拟一些特殊小分子的一些不容易模拟准确的参数，如介电常数）。

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