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标题: 运行discovery studio的脚本，出现错误 [打印本页]

作者
Author: zyj19831206 时间: 2020-2-19 17:48
标题: 运行discovery studio的脚本，出现错误
运行discovery studio的帮助文件里面的脚本，这里面的pdburlprefix到底该怎么改，才不会出现那个错误？在edit->preference里面修改了url的第一项再运行脚本貌似还是没用？请高手赐教。

作者
Author: robert2005 时间: 2020-2-20 17:22
url没有修改对
应该是：
https://files.rcsb.org/download/@.pdb

作者
Author: zsu007 时间: 2020-2-20 17:30
楼主可以自行到RCSB网站(http://www.rcsb.org/ ) 输入pdb code搜索、直接下载好了。

作者
Author: zyj19831206 时间: 2020-2-20 18:16
本帖最后由 zyj19831206 于 2020-2-20 18:23 编辑

robert2005 发表于 2020-2-20 17:22
url没有修改对
应该是：
https://files.rcsb.org/download/@.pdb

我就是在preference里面修改url的第一个default pdb structure的,然后直接运行脚本的，是不是有时候跟网络网关有关系还是什么的？

作者
Author: zyj19831206 时间: 2020-2-20 18:17

zsu007 发表于 2020-2-20 17:30
楼主可以自行到RCSB网站(http://www.rcsb.org/ ) 输入pdb code搜索、直接下载好了。

下载完了，用my $infile导入吗?

作者
Author: zyj19831206 时间: 2020-2-20 21:12

robert2005 发表于 2020-2-20 17:22
url没有修改对
应该是：
https://files.rcsb.org/download/@.pdb

我就是按照您的意思修改的，但是运行help里的代码实例还是跟原来一样的错误。

作者
Author: robert2005 时间: 2020-2-21 17:10
你的设置参数和我这个不一样啊，不知你用的是哪个版本？

作者
Author: robert2005 时间: 2020-2-21 17:12
你用的是哪个API，我可以帮你看一下

作者
Author: zyj19831206 时间: 2020-2-21 17:12

robert2005 发表于 2020-2-21 17:10
你的设置参数和我这个不一样啊，不知你用的是哪个版本？

我的是ds2016啊，应该就是修改edit->preference的这个选项吧？

作者
Author: robert2005 时间: 2020-2-21 17:31
本帖最后由 robert2005 于 2020-2-21 17:47 编辑

CalculateAllProteinAlignmentRmsd function哦，这个脚本啊

作者
Author: robert2005 时间: 2020-2-21 17:33
没有错误，可以正常运行。如果还是出现错误，可能是preference里面路径参数设置不对

作者
Author: robert2005 时间: 2020-2-21 17:37
标题: 参数
本帖最后由 robert2005 于 2020-2-21 17:40 编辑

参数

作者
Author: robert2005 时间: 2020-2-21 17:43
2016年几个重要的公开的数据库的网址发生了变化，包括RCSB和BLAST等，所以路径需要更改正确才能运行脚本的。

作者
Author: zyj19831206 时间: 2020-2-21 17:46
本帖最后由 zyj19831206 于 2020-2-21 17:47 编辑

robert2005 发表于 2020-2-21 17:43
2016年几个重要的公开的数据库的网址发生了变化，包括RCSB和BLAST等，所以路径需要更改正确才能运行脚本的 ...

明白，多谢兄台。。这样改后，应该运行help里面的脚本遇到pdburlprefix就可以运行出来了吧。。。

作者
Author: robert2005 时间: 2020-2-21 17:49
路径对了，肯定没有问题。脚本应该没有问题，我运行过了，没有错误。

作者
Author: zyj19831206 时间: 2020-2-21 17:50

robert2005 发表于 2020-2-21 17:49
路径对了，肯定没有问题。脚本应该没有问题，我运行过了，没有错误。

最后一个网址是？

作者
Author: robert2005 时间: 2020-2-21 17:54
最后是核酸序列，和这个程序应该没有关系
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/svi ... uids=@&sendto=t

作者
Author: zyj19831206 时间: 2020-2-21 18:07

robert2005 发表于 2020-2-21 17:54
最后是核酸序列，和这个程序应该没有关系
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/sviewer/viewer.fcgi?db=nuccore& ...

都按照你的修改了，但是还是出现那个一样的错误

改了以后，还是显示的从原来网址下载，这是为啥啊。。。

作者
Author: robert2005 时间: 2020-2-21 19:33
这个有可能是网络不通，或者还是有些路径没改过来，你可以通过菜单FILE-OPEN URL输入PDB ID，如果可以打开说明路径没有问题了，慢慢调整。
另外路径里面不能有额外多余字符，否则也会出现问题的。

作者
Author: zyj19831206 时间: 2020-2-21 19:55

robert2005 发表于 2020-2-21 19:33
这个有可能是网络不通，或者还是有些路径没改过来，你可以通过菜单FILE-OPEN URL输入PDB ID，如果可以打开 ...

OPEN URL貌似可以，就是在脚本用语句里面openurl就不行,有时候的确是网络的问题。

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