计算化学公社

标题: CBS-QB3计算耗时问题 [打印本页]

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Author: Veijinnl 时间: 2020-2-20 10:52
标题: CBS-QB3计算耗时问题
请问使用CBS-QB3计算一百多个原子的pKa，四核电脑大概需要计算多久呢。假如过于昂贵，有没有替代方法来计算大体系的pKa呢？

作者
Author: liyuanhe211 时间: 2020-2-20 11:34
如果是溶液相pka，你用W4算也没用。主要误差来自溶剂化能。

作者
Author: Veijinnl 时间: 2020-2-20 11:57

liyuanhe211 发表于 2020-2-20 11:34
如果是溶液相pka，你用W4算也没用。主要误差来自溶剂化能。

可是已经有很多CBS-QB3计算水相pka的报道了

作者
Author: liyuanhe211 时间: 2020-2-20 12:14

Veijinnl 发表于 2020-2-20 11:57
可是已经有很多CBS-QB3计算水相pka的报道了

用6-31G基组瞎算的文章我还能找出一大把呢。你找个水相pKa表格，挑一共就几个原子那种算算试试，看看误差是不是和高级别热力学组合方法的气象自由能误差在一个数量级呗。

作者
Author: snljty 时间: 2020-2-20 12:14
本帖最后由 snljty 于 2020-2-20 13:09 编辑

只要带完整版CCSD(T)的，就别忘了O(N^7)的标度。就算你内存无限大，用Gaussian估计十年也算不完。

作者
Author: snljty 时间: 2020-2-20 12:18

snljty 发表于 2020-2-20 12:14
只要带CCSD(T)的，就别忘了O(N^7)的标度。就算你内存无限大，估计十年也算不完。

溶解自由能本身结合SMD模型也没什么M05-2X/6-31G*更好的选择。这才是主要误差来源。

作者
Author: sobereva 时间: 2020-2-21 16:32
以你的配置算这类体系CBS-QB3，估计算一半机子就崩了，如果不崩，你有生之年也看不到结果。以你的计算条件撑死了算十几个原子

对于大体系，直接用常规方法算自由能，仔细看
谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算
http://sobereva.com/327（http://bbs.keinsci.com/thread-3345-1-1.html）

如果用像样的级别算不动，试图把模型进行简化，把那些估计不会显著影响pka的基团都给截掉并饱和，或者不重要的区域用小基组。

作者
Author: Changwenxu 时间: 2022-2-19 14:24

sobereva 发表于 2020-2-21 16:32
以你的配置算这类体系CBS-QB3，估计算一半机子就崩了，如果不崩，你有生之年也看不到结果。以你的计算条件 ...

s大您好，如果我40个原子，24核服务器用cbs-qb3能跑出来吗？

作者
Author: Changwenxu 时间: 2022-2-19 15:16

Changwenxu 发表于 2022-2-19 14:24
s大您好，如果我40个原子，24核服务器用cbs-qb3能跑出来吗？

还有一个问题，用cbs-qb3 相当于结构优化+单点能吗？但我没看到您压缩包文件里设置基组，只写了cbs-qb3?

作者
Author: wzkchem5 时间: 2022-2-19 15:57

Changwenxu 发表于 2022-2-19 08:16
还有一个问题，用cbs-qb3 相当于结构优化+单点能吗？但我没看到您压缩包文件里设置基组，只写了cbs-qb3 ...

对
CBS-QB3自带基组，不用另写
参见http://gaussian.com/cbs/

作者
Author: Changwenxu 时间: 2022-2-19 19:20

wzkchem5 发表于 2022-2-19 15:57
对
CBS-QB3自带基组，不用另写
参见http://gaussian.com/cbs/

嗯嗯，感谢！还有个问题，CBS-QB3算40原子的小分子是不是也很吃力，我用的服务器是24核的

作者
Author: sobereva 时间: 2022-2-19 20:02

Changwenxu 发表于 2022-2-19 14:24
s大您好，如果我40个原子，24核服务器用cbs-qb3能跑出来吗？

别指望

作者
Author: wzkchem5 时间: 2022-2-19 20:18

Changwenxu 发表于 2022-2-19 12:20
嗯嗯，感谢！还有个问题，CBS-QB3算40原子的小分子是不是也很吃力，我用的服务器是24核的

用DLPNO-CCSD(T)吧，算100个原子都可以，而且精度和CBS-QB3差不多

作者
Author: Changwenxu 时间: 2022-2-21 15:36

wzkchem5 发表于 2022-2-19 20:18
用DLPNO-CCSD(T)吧，算100个原子都可以，而且精度和CBS-QB3差不多

我可以用B3LYP优化后得到的结构和自由能校正量来校正DLPNO-CCSD(T)的单点能，然后优化的结构再用M05-2X/6-31G*来算溶解自由能？最后再用这两能量算PKa, 这样算可以吗？

作者
Author: wzkchem5 时间: 2022-2-21 17:03

Changwenxu 发表于 2022-2-21 08:36
我可以用B3LYP优化后得到的结构和自由能校正量来校正DLPNO-CCSD(T)的单点能，然后优化的结构再用M05- ...

可以

作者
Author: Changwenxu 时间: 2022-2-21 18:39

wzkchem5 发表于 2022-2-21 17:03
可以

好的，感谢！

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