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标题: 请问CF3CF2(CO)CF(CF3)2这种物质是否需要做构象搜索？如何进行构象搜索？ [打印本页]

作者
Author: YjLiu 时间: 2020-2-21 12:52
标题: 请问CF3CF2(CO)CF(CF3)2这种物质是否需要做构象搜索？如何进行构象搜索？
向各位老师请教以下四个问题，烦请各位老师不吝赐教：
1.分子结构如下图1所示，我无法确定优化得到的结构是否为最小点结构，因此想做一下构象搜索，请教各位老师此结构是否有必要进行构象搜索计算？
2.我阅读并粗略了解了sob老师介绍的gentor及li老师介绍的spartan等搜索构象的方法。针对本分子结构，如果需要构象搜索，是用Spartan还是用gentor好一些？
3.在构象搜索过程中，旋转的键设置为图2所示的5条C-C键是否合适？
4.在本结构搜索构象过程中，旋转角度如何设置的更合理一些？
计算新手，如有表述不正确，还请各位老师指出，谢谢！

作者
Author: zjxitcc 时间: 2020-2-21 13:07
只要你结构优化成功了，没有虚频就是local minimum。至于需不需要找全局极小点，取决于你的研究问题/目的。通常情况下，这种简单分子在一般的化学反应中无需考虑什么全局极小，直接优化出来用就是了。没说问题/目的，不好评价。

作者
Author: YjLiu 时间: 2020-2-21 14:52

zjxitcc 发表于 2020-2-21 13:07
只要你结构优化成功了，没有虚频就是local minimum。至于需不需要找全局极小点，取决于你的研究问题/目的。 ...

谢谢，我的目的是优化到极小点以后用自由基攻击这个分子，研究过渡态，请问这个的话有没有必要呢，谢谢！

作者
Author: zjxitcc 时间: 2020-2-21 15:05

YjLiu 发表于 2020-2-21 14:52
谢谢，我的目的是优化到极小点以后用自由基攻击这个分子，研究过渡态，请问这个的话有没有必要呢，谢谢！

没有必要。直接结构优化完、没有虚频就可以了。

作者
Author: sobereva 时间: 2020-2-21 15:17
你的体系可旋转的键旋转前后，优化完了都是相同的极小点，显然没必要做任何构象搜索。

spartan又贼贵精度又烂，在我来看没什么使用价值。

分子体系构象搜索用下面两篇文章介绍的是最好的方法，可旋转键比较少的时候推荐用gentor，可旋转键很多时诸如超过10个时推荐用动力学方法
gentor：扫描方式做分子构象搜索的便捷工具
http://bbs.keinsci.com/thread-2388-1-1.html
使用Molclus结合xtb做的动力学模拟对瑞德西韦(Remdesivir)做构象搜索
http://bbs.keinsci.com/thread-16255-1-1.html（http://sobereva.com/532）

作者
Author: liyuanhe211 时间: 2020-2-21 17:02
1,4,5转完了全同、转它干啥，2和3转转可以了，2和3旋转有几个构象转完了脑子想就知道明显能量高不用计算，这样直接GaussView手动生成就完了，用不着构象搜索工具。

作者
Author: YjLiu 时间: 2020-2-21 17:14
谢谢各位老师！

作者
Author: SAI 时间: 2020-2-23 10:48
本帖最后由 SAI 于 2020-2-23 21:40 编辑

如楼上liyuanhe老师所说， C6-PFK分子没有太多可以旋转的地方，2和3转一下即可。可以参考C5-PFK构象分析一文："Conformation Analysis of Environmentally Friendly Insulating Gas C5-PFK," in IEEE Access, vol. 7, pp. 92724-92731, 2019. 结论应当基本类似。
（然后我猜你会用H和OH去进攻它

）

作者
Author: YjLiu 时间: 2020-2-23 17:17

SAI 发表于 2020-2-23 10:48
如楼上liyuanhe老师所说， C6-PFK分子没有太多可以旋转的地方，2和3转一下即可。可以参考C5-PFK构象分析一 ...

嗯嗯，哈哈，是的。我这边还有一个问题想请教一下，就是OH自由基取代不同位置的F，得到不同的过渡态，走IRC得到的反应复合物不同，那不同路径的反应复合物的能量是怎么画到同一高度的。谢谢！

作者
Author: SAI 时间: 2020-2-24 09:53

YjLiu 发表于 2020-2-23 17:17
嗯嗯，哈哈，是的。我这边还有一个问题想请教一下，就是OH自由基取代不同位置的F，得到不同的过渡态，走I ...

不太理解什么画到同一高度？

作者
Author: zjxitcc 时间: 2020-2-24 09:58

YjLiu 发表于 2020-2-23 17:17
嗯嗯，哈哈，是的。我这边还有一个问题想请教一下，就是OH自由基取代不同位置的F，得到不同的过渡态，走I ...

不同构型的反应物复合物，如果是在同一张势能面图里，显然不能画到同一高度，需要有高低区分，就是相对能量差，以最低的构型能量为零点。

如果你是分开画，一条路径一个图，你可以画成每张图一个零点，每张图的能量零点取得不一样。也可以不这么做。是自主的。

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