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标题: AMD Zen2架构处理器与linux版Gaussian的兼容性问题？（已解决） [打印本页]

作者
Author: pika02 时间: 2020-2-21 20:22
标题: AMD Zen2架构处理器与linux版Gaussian的兼容性问题？（已解决）
本帖最后由 pika02 于 2020-2-23 00:51 编辑

我最近装了一台R9 3950x主机，MSI的B450板子，已更新最新bios（2019-11-12），在尝试几个版本的Gaussian时出现了各种问题：

① G09W D.01，直接卡死在l302或l401
(, 下载次数 Times of downloads: 81)
我在学校时用过Zen架构的R5 1400跑过此版本，未出现问题。
（20200223更新）并非Zen2的锅，应该是g09w的bug，社长之前的帖子里也提到

测试了一下2696v3、Win10-64bit，G09W和G16W皆32bit，现象相同，都在302永久卡住。无论核数，内存设多少都不过去。半经验的L401同样卡住。应该是程序bug

② linux版G16 A.01，AVX2和SSE4.2版本都直接报错误“Error: illegal instruction , illegal opcode”，这是与CPU不兼容时报的错。
我在Ubuntu 18.04 LTS（WSL，VMWare和实体机）和CentOS7（VMWare）上测试过，都报该错误。

这个问题日本的計算化学.com上也有提到（https://computational-chemistry. ... 9/09/05/zen2-linux/）：

Gaussian のインストール
早速 Gaussian16 revB01 を Ryzen 3900x でインストールして動かそうとしましたが、
Error: illegal instruction, illegal opcode
というエラーが出てしまい、うまく行きませんでした。
最初は、どう対処したら良いか全く分からなかったのですが、Gaussian16 revC01 に変えたら動きました！理由は、よく分かりません。
revC01 のリリース日は 7 月なので、ZEN2 に対応しているとも考えづらいです。。。

作者（X570芯片组）用G16 B.01出错，而C.01就没问题，原因尚不清楚。

我目前用G16W A.03和linux版G09 E.01，G16 B.01 SSE4.2没有发现问题，windows版ORCA 4.2.1也没问题。

总之，Zen2的CPU有点奇怪，上文博主也提到3900x刚发售的时候各种linux发行版安装/启动失败的情况，之后通过bios更新部分解决了问题。
如果你们单位的site licence是上述较老版本Gaussian，干脆Intel Yes就完事了。

===========20200222===========
按照楼下的方法，环境变量中添加

export PGI_FASTMATH_CPU=sandybridge

复制代码

G16 A.01 AVX2也成功在3950x上运行起来了。

作者
Author: biogon 时间: 2020-2-21 23:06
ubuntu18lts在用qs的epyc7702倒是能正常跑g16a03，不知道消费者平台是什么情况
g09w使用在l302卡死乃是bug，什么平台都见过这种情况

作者
Author: pika02 时间: 2020-2-21 23:13

biogon 发表于 2020-2-21 23:06
ubuntu18lts在用qs的epyc7702倒是能正常跑g16a03，不知道消费者平台是什么情况
g09w使用在l302卡死乃是bug ...

请问你的a03是哪个指令集版本？

作者
Author: biogon 时间: 2020-2-21 23:23

pika02 发表于 2020-2-21 23:13
请问你的a03是哪个指令集版本？

avx2，我没有sse4.2的

作者
Author: sobereva 时间: 2020-2-21 23:34
l302卡死，用64bit windows Gaussian可以避免。不过鉴于速度太慢，没什么实际价值

作者
Author: pika02 时间: 2020-2-21 23:37

sobereva 发表于 2020-2-21 23:34
l302卡死，用64bit windows Gaussian可以避免。不过鉴于速度太慢，没什么实际价值

确实，linux版g16就算在虚拟机里都能比g16w快一倍

作者
Author: catenarygong 时间: 2020-2-22 02:22
本帖最后由 catenarygong 于 2020-2-22 02:33 编辑

好像zen1架构的兼容性略好一些

我1700X和2950X用G16 A.01的SSE版本和AVX2版本都没有遇到问题
ORCA一直没有问题

zen2架构我没有试过计算软件，不知道什么情况
而且有的时候兼容性和Linux内核的版本还有关系，我之前遇到过5820K不能运行ORCA的情况，更新Linux内核之后就好了

QM软件现在大家都用预编译的二进制包，在Linux系统上兼容性真的很难搞

作者
Author: baisl 时间: 2020-2-22 17:48
朋友新组了一个3900x，试了一把高斯，用的Vmware15虚拟机，centOS-7.6系统，AVX2版本的Gaussian 16, Revision B.01。一开始不识别指令集，报错L302，加了一个环境变量export PGI_FASTMATH_CPU=sandybridge, 就没毛病的运行了，没有报错Error: illegal instruction , illegal opcode。我是正版也就是高斯公司邮寄过来的光盘里的版本去安装的，不知道和这个有没有关系。

作者
Author: pika02 时间: 2020-2-22 20:10

baisl 发表于 2020-2-22 17:48
朋友新组了一个3900x，试了一把高斯，用的Vmware15虚拟机，centOS-7.6系统，AVX2版本的Gaussian 16, Revisi ...

我才知道这个操作，高斯的代理墨灵格官方也提到

Gaussian采用PGI编译，目前无法正确识别新的AMD CPU,因此无法识别Zen+构架的AVX2指令集，导致AVX2指令集的Gaussian无法在Zen+构架下使用，并且报错
……
此时需要额外设定环境变量以解决这个问题：

export PGI_FASTMATH_CPU=sandybridge
复制代码

这是相当于把zen+当作sandybridge了？

作者
Author: biogon 时间: 2020-2-23 00:16

pika02 发表于 2020-2-22 20:10
我才知道这个操作，高斯的代理墨灵格官方也提到
这是相当于把zen+当作sandybridge了？

这个还是第一次听说，我用2600跑都没遇见过这种问题

作者
Author: 天道啊啊 时间: 2020-2-28 13:07
楼主你的主板是微星的哪个B450? 开PBO了没？散热器用的哪个？我最近打算整个3950X的主机，选主板纠结X570还是B450，怕B450的供电扛不住PBO

作者
Author: pika02 时间: 2020-2-29 02:58

天道啊啊发表于 2020-2-28 13:07
楼主你的主板是微星的哪个B450? 开PBO了没？散热器用的哪个？我最近打算整个3950X的主机，选主板纠结X570 ...

https://pikakolendo.hatenablog.com/entry/2020/02/20/024006
PBO全自动，电压offset -0.875V，单烤fpu非常稳，不往死里超频的话供电完全没问题
B450的话可以考虑迫击炮以上等级的主板，我在学校有一块战斧导弹，供电非常好，可惜我一时半会也拿不到了

作者
Author: 天道啊啊 时间: 2020-3-4 10:52
本帖最后由天道啊啊于 2020-3-4 11:03 编辑

pika02 发表于 2020-2-29 02:58
https://pikakolendo.hatenablog.com/entry/2020/02/20/024006
PBO全自动，电压offset -0.875V，单烤fpu ...

我前两天上了一个3950X+技嘉x570i,散热利民AXP100纯铜，机箱是乔思伯T8，没降压开FPU开PBO烤鸡160W左右，温度95，觉得散热不是很好。我用WIN10跑ORCA，指定pal16，温度75左右全核心4G，CPU总利用率总体只有50%,觉得有点奇怪

作者
Author: pika02 时间: 2020-3-4 13:12
本帖最后由 pika02 于 2020-3-4 14:40 编辑

天道啊啊发表于 2020-3-4 10:52
我前两天上了一个3950X+技嘉x570i,散热利民AXP100纯铜，机箱是乔思伯T8，没降压开FPU开PBO烤鸡160W左右， ...

任务管理器里看的利用率不准的，具体可以参考社长博文关于超线程的
我试过强行设成32核跑，占用率看着到100%了，但最终速度一点都没变快

乔思伯t8挺闷罐的吧，而且只能上这种很矮的散热器，那肯定不太行，你用什么硅脂？
我不降压全核3.9跑fpu才70多度
哦对，技嘉主板的电压管理有点问题，具体记不清了，最好不要超频

作者
Author: monoyu 时间: 2020-3-4 13:19

天道啊啊发表于 2020-3-4 10:52
我前两天上了一个3950X+技嘉x570i,散热利民AXP100纯铜，机箱是乔思伯T8，没降压开FPU开PBO烤鸡160W左右， ...

用下压式风冷压3950X？

作者
Author: 天道啊啊 时间: 2020-3-4 13:27

pika02 发表于 2020-3-4 13:12
任务管理器里看的利用率不准的，具体可以参考社长博文关于超线程的
我试过强行设成32核跑，占用率看着到 ...

我也试过强行32核，速度会慢很多。先这样用把

作者
Author: 天道啊啊 时间: 2020-3-4 13:30

monoyu 发表于 2020-3-4 13:19
用下压式风冷压3950X？

对，看重了乔思伯T8的小体积，二十四小时不关机用了两三天，开PBO稳定全核心4.0，工作温度还可以

作者
Author: haos314 时间: 2020-3-18 04:30

天道啊啊发表于 2020-3-4 10:52
我前两天上了一个3950X+技嘉x570i,散热利民AXP100纯铜，机箱是乔思伯T8，没降压开FPU开PBO烤鸡160W左右， ...

跑FPU大致就是跑AVX2(也可能是AVX512)烧鸡，ORCA不用AVX2所以跑ORCA温度会比FPU烧鸡低很多

作者
Author: shalene 时间: 2020-3-18 12:20

haos314 发表于 2020-3-18 04:30
跑FPU大致就是跑AVX2(也可能是AVX512)烧鸡，ORCA不用AVX2所以跑ORCA温度会比FPU烧鸡低很多

怎么确定orca不用AVX2的？

作者
Author: haos314 时间: 2020-3-18 23:50

shalene 发表于 2020-3-18 12:20
怎么确定orca不用AVX2的？

其一是orcaforum没有提过要装在支持avx2的机器上，其二是我在只支持到SSE4.2的机器上跑过orca

作者
Author: shalene 时间: 2020-3-18 23:58

haos314 发表于 2020-3-18 23:50
其一是orcaforum没有提过要装在支持avx2的机器上，其二是我在只支持到SSE4.2的机器上跑过orca

编译程序时可以选择自动识别指令集，你的论据可能不成立。

作者
Author: haos314 时间: 2020-3-19 07:28
本帖最后由 haos314 于 2020-3-19 08:31 编辑

shalene 发表于 2020-3-18 23:58
编译程序时可以选择自动识别指令集，你的论据可能不成立。

可能吧，我没有找到可以确定一个二进制文件用了哪些指令集的方法；或许反汇编一下可以确定orca到底用没用向量化运算的指令

作者
Author: Henryugg 时间: 2020-4-16 20:55
a03用在3950x上会直接死在l101上，不报错，就直接停下。用sandybridge来骗可以修复该问题。

作者
Author: 2q1w2007 时间: 2020-6-26 13:45

天道啊啊发表于 2020-3-4 10:52
我前两天上了一个3950X+技嘉x570i,散热利民AXP100纯铜，机箱是乔思伯T8，没降压开FPU开PBO烤鸡160W左右， ...

95是因为温度墙是95吧，实际上已经不是全负荷跑了

作者
Author: 天道啊啊 时间: 2020-6-28 23:33

2q1w2007 发表于 2020-6-26 13:45
95是因为温度墙是95吧，实际上已经不是全负荷跑了

是因为到了PBO的温度墙，所以烤机只有160W，后来试过银箭130，能跑FPU到180W左右。但是实际上跑ORCA 维持全核4G只要110W左右就足够了

作者
Author: Geyer 时间: 2020-7-26 02:26
问下楼主是用的msi b450i吗？我用过，这板子似乎有供电上限
39x风冷pbo都只能全核40.25，3950x喂得饱么
另：楼主 mihoP？

作者
Author: monoyu 时间: 2020-7-26 09:55

Geyer 发表于 2020-7-26 02:26
问下楼主是用的msi b450i吗？我用过，这板子似乎有供电上限
39x风冷pbo都只能全核40.25，3950x喂得饱么
...

MSI B450i + 3900X 我有两台，散热都是利民的单塔风冷TS120Plus，PBO没太注意，应该不止4.025，一直锁全核4.2用，电压1.3多，单烤FPU最高75度左右，供电mos能上60度。平时用Dmol3和ORCA，满载最高也就60多度，mos一般50-60度。用着没啥问题。
最近入了颗3950x, 用MSI B450i试了下，散热还是利民的单塔风冷TS120Plus，锁全核4.2、4.15、4.1都试过，单烤FPU CPU倒是没怎么过热，就是mos温度会一路飙升到90+。现在3950x配了B550M，锁全核4.15，电压1.2，单烤FPU、量化程序满载mos温度一般都不超50。

作者
Author: earlybird 时间: 2020-11-14 11:09

monoyu 发表于 2020-3-4 13:19
用下压式风冷压3950X？

请问猫头鹰D15s能压3950x吗？

作者
Author: monoyu 时间: 2020-11-14 11:44

earlybird 发表于 2020-11-14 11:09
请问猫头鹰D15s能压3950x吗？

如果只做计算用，我觉得完全没问题，甚至开PBO和小超都没啥问题。我用的是利民的TS120plus，5热管，双TL-C12 pro 风扇，搞活动时才200出头，一台3900x，一台3950x，都用这个，烤FPU也就75-80℃，平时用Dmol3和ORCA, 完全没问题，品牌、性能、颜值自认为都不错。感觉用D15S有点奢侈了。仅供参考。

作者
Author: earlybird 时间: 2020-11-14 12:24
本帖最后由 earlybird 于 2020-11-14 12:32 编辑

monoyu 发表于 2020-11-14 11:44
如果只做计算用，我觉得完全没问题，甚至开PBO和小超都没啥问题。我用的是利民的TS120plus，5热管，双TL- ...

原来ts120plus就能压住啊，我去瞧瞧，谢谢老哥的建议准备上ts140了，活动时也是200刚出头，谢谢老哥

作者
Author: Butadiene 时间: 2020-11-20 18:00

pika02 发表于 2020-2-22 20:10
我才知道这个操作，高斯的代理墨灵格官方也提到
这是相当于把zen+当作sandybridge了？

刚搭建好的虚拟机，也遇到这个问题了，3600X，虚拟机是CentOS7.9，g16-A.03，输了这个指令好像不管用。。。

作者
Author: lqid 时间: 2021-1-14 04:12
Zen3似乎也有这个问题。5950x，虚拟机是CentOS 8.3, g16-A.03，输了这个指令之后问题解决。

作者
Author: MAX-0309 时间: 2021-5-10 12:14
我也是在AMD下，安装的G16 A.03 linux版本，然后用Xshell远程运行的时候显示“Error: illegal instruction , illegal opcode”；在虚拟机里面的终端直接运行就可以，不清楚具体原因，不过目前能正常运行

作者
Author: jiahaiz 时间: 2023-11-8 19:57
我最近买的电脑R9处理器，用G09W一直卡在I302，是只能用G16W了吗

作者
Author: Ethan_Fan 时间: 2024-7-31 17:43
本帖最后由 Ethan_Fan 于 2024-7-31 17:45 编辑

baisl 发表于 2020-2-22 17:48
朋友新组了一个3900x，试了一把高斯，用的Vmware15虚拟机，centOS-7.6系统，AVX2版本的Gaussian 16, Revisi ...

您好，您能详细说一下额外添加环境变量的过程吗？我这边不知道如何操作，我直接添加没起作用，不知道是不是我的操作有问题

作者
Author: Ethan_Fan 时间: 2024-7-31 17:46

baisl 发表于 2020-2-22 17:48
朋友新组了一个3900x，试了一把高斯，用的Vmware15虚拟机，centOS-7.6系统，AVX2版本的Gaussian 16, Revisi ...

您好，能详细说一下那个环境变量咋添加嘛？我再path里面新建了，但是没有解决这个问题，是我操作有问题嘛

作者
Author: baisl 时间: 2024-8-2 09:38

Ethan_Fan 发表于 2024-7-31 17:46
您好，能详细说一下那个环境变量咋添加嘛？我再path里面新建了，但是没有解决这个问题，是我操作有问题嘛

我那个是linux版本的解决办法，windows版本我没用过，不是很清楚

作者
Author: Ethan_Fan 时间: 2024-8-2 17:43

baisl 发表于 2024-8-2 09:38
我那个是linux版本的解决办法，windows版本我没用过，不是很清楚

谢谢您的回复，我后来发现是Linux的操作。我Windows端的解决方案是安装了g16(64位)版本得以解决卡l302的问题。

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