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标题: 将蛋白质pdb转化为orca输入文件时元素识别出错 [打印本页]
作者
Author: wuzhiyi    时间: 2020-2-23 04:42
标题: 将蛋白质pdb转化为orca输入文件时元素识别出错
我想将一个蛋白质的pdb文件转化为orca的输入文件，却发现histindine的NE2被识别为了Ne元素。
希望Multiwfn可以支持pdb标准氨基酸命名模式
在https://cdn.rcsb.org/wwpdb/docs/documentation/file-format/PDB_format_1992.pdf 第27页有明确的写明每个氨基酸里的原子应该怎么命名。

我的输入文件
  1. REMARK   4      COMPLIES WITH FORMAT V. 3.0, 1-DEC-2006
  2. REMARK 888
  3. REMARK 888 WRITTEN BY MAESTRO (A PRODUCT OF SCHRODINGER, LLC)
  4. TITLE     crystal
  5. MODEL        1
  6. ATOM     71  N   HIS B   5      26.806  37.427  79.456  1.00 62.10           N
  7. ANISOU   71  N   HIS B   5     5469   8248   9880   -589    813    244
  8. ATOM     72  CA  HIS B   5      28.223  37.642  79.135  1.00 59.01           C
  9. ANISOU   72  CA  HIS B   5     5266   7756   9397   -561    804    194
  10. ATOM     73  C   HIS B   5      28.567  36.819  77.908  1.00 59.69           C
  11. ANISOU   73  C   HIS B   5     5381   7890   9406   -672    682    117
  12. ATOM     74  O   HIS B   5      28.839  35.623  78.013  1.00 58.83           O
  13. ANISOU   74  O   HIS B   5     5322   7726   9304   -795    677     30
  14. ATOM     75  CB  HIS B   5      29.133  37.309  80.333  1.00 58.59           C
  15. ANISOU   75  CB  HIS B   5     5361   7547   9353   -563    914    149
  16. ATOM     76  CG  HIS B   5      28.877  38.158  81.539  1.00 61.21           C
  17. ANISOU   76  CG  HIS B   5     5691   7835   9731   -448   1032    204
  18. ATOM     77  ND1 HIS B   5      28.823  39.543  81.455  1.00 62.58           N
  19. ANISOU   77  ND1 HIS B   5     5858   8012   9906   -306   1049    263
  20. ATOM     78  CD2 HIS B   5      28.665  37.792  82.824  1.00 62.52           C
  21. ANISOU   78  CD2 HIS B   5     5870   7950   9934   -451   1140    205
  22. ATOM     79  CE1 HIS B   5      28.587  39.967  82.684  1.00 61.88           C
  23. ANISOU   79  CE1 HIS B   5     5783   7872   9855   -229   1165    278
  24. ATOM     80  NE2 HIS B   5      28.475  38.951  83.541  1.00 62.18           N1+
  25. ANISOU   80  NE2 HIS B   5     5833   7888   9905   -309   1224    248
  26. ATOM     81  H   HIS B   5      26.583  36.550  79.905  1.00  0.00           H
  27. ATOM     82  HA  HIS B   5      28.359  38.695  78.887  1.00  0.00           H
  28. ATOM     83  HB3 HIS B   5      30.176  37.411  80.034  1.00  0.00           H
  29. ATOM     84  HB2 HIS B   5      29.012  36.259  80.598  1.00  0.00           H
  30. ATOM     86  HD2 HIS B   5      28.671  36.747  83.096  1.00  0.00           H
  31. ATOM     87  HE1 HIS B   5      28.509  41.025  82.884  1.00  0.00           H
  32. ATOM     88  HE2 HIS B   5      28.291  38.907  84.533  1.00  0.00           H
  33. ATOM     89  N   ASP B   6      28.481  37.456  76.734  1.00 54.69           N
  34. ANISOU   89  N   ASP B   6     4715   7367   8700   -623    587    153
  35. ATOM     90  CA  ASP B   6      28.686  36.822  75.433  1.00 53.85           C
  36. ANISOU   90  CA  ASP B   6     4629   7343   8490   -709    463     82
  37. ATOM     91  H   ASP B   6      28.261  38.442  76.709  1.00  0.00           H
  38. ATOM     92  HA1 ASP B   6      28.558  37.562  74.643  1.00  0.00           H
  39. ATOM     93  HA2 ASP B   6      29.694  36.409  75.384  1.00  0.00           H
  40. ATOM     94  HA3 ASP B   6      27.959  36.021  75.300  1.00  0.00           H
  41. ENDMDL
  42. END
复制代码
得到的输出文件
  1. ! B97-3c noautostart miniprint nopop
  2. %maxcore 1000
  3. %pal nprocs  4 end
  4. * xyz   0   1
  5. N     26.80600000   37.42700000   79.45600000
  6. C     28.22300000   37.64200000   79.13500000
  7. C     28.56700000   36.81900000   77.90800000
  8. O     28.83900000   35.62300000   78.01300000
  9. C     29.13300000   37.30900000   80.33300000
  10. C     28.87700000   38.15800000   81.53900000
  11. N     28.82300000   39.54300000   81.45500000
  12. C     28.66500000   37.79200000   82.82400000
  13. C     28.58700000   39.96700000   82.68400000
  14. Ne    28.47500000   38.95100000   83.54100000
  15. H     26.58300000   36.55000000   79.90500000
  16. H     28.35900000   38.69500000   78.88700000
  17. H     30.17600000   37.41100000   80.03400000
  18. H     29.01200000   36.25900000   80.59800000
  19. H     28.67100000   36.74700000   83.09600000
  20. H     28.50900000   41.02500000   82.88400000
  21. H     28.29100000   38.90700000   84.53300000
  22. N     28.48100000   37.45600000   76.73400000
  23. C     28.68600000   36.82200000   75.43300000
  24. H     28.26100000   38.44200000   76.70900000
  25. H     28.55800000   37.56200000   74.64300000
  26. H     29.69400000   36.40900000   75.38400000
  27. H     27.95900000   36.02100000   75.30000000
  28. *
复制代码
可见命名为NE2且元素一栏标明N的原子被转换为了Ne元素

作者
Author: sobereva    时间: 2020-2-23 18:59
Multiwfn不是专门面向生物分子的，所以这个不打算实现
这种问题最好的解决办法就是让pdb严格符合标准的规范，即pdb文件的元素那一列直接定义清楚元素。目前的Multiwfn是优先从那一列判断元素的，没有的时候才根据原子名去猜。
作者
Author: wuzhiyi    时间: 2020-2-23 19:31
sobereva 发表于 2020-2-23 18:59
Multiwfn不是专门面向生物分子的，所以这个不打算实现
这种问题最好的解决办法就是让pdb严格符合标准的规 ...

谢谢sob老师的解答，可是源文件中有标明元素。
ATOM     80  NE2 HIS B   5      28.475  38.951  83.541  1.00 62.18           N1+
可见元素那一行写明了N
可转化为orca输入文件之后仍识别为了Ne
Ne    28.47500000   38.95100000   83.54100000
作者
Author: sobereva    时间: 2020-2-23 19:38
wuzhiyi 发表于 2020-2-23 19:31
谢谢sob老师的解答，可是源文件中有标明元素。
ATOM     80  NE2 HIS B   5      28.475  38.951  83.54 ...

应当写成N。把1+去掉。
作者
Author: wuzhiyi    时间: 2020-2-23 19:52
sobereva 发表于 2020-2-23 19:38
应当写成N。把1+去掉。

谢谢sob老师
作者
Author: zsu007    时间: 2020-2-24 19:32
楼主，是否可以先把pdb文件转成为sdf文件，再打开sdf文件即可。
作者
Author: ene    时间: 2020-2-24 21:28
建议先用pymol把pdb转换成xyz格式，然后再导入Multiwfn。VMD有时候可能会有坑，有的元素名不正确。



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