计算化学公社

标题: 请问离子液体怎样再Gaussview中添加电荷？ [打印本页]

作者
Author: lxc 时间: 2020-2-25 20:30
标题: 请问离子液体怎样再Gaussview中添加电荷？
请问离子液体怎样再Gaussview中添加电荷，我更改了charge和多重度，再打开还是显示中性，
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作者
Author: snljty 时间: 2020-2-25 21:01
左下角写的明明是-1 charge

作者
Author: zjxitcc 时间: 2020-2-25 22:22
眼神问题。楼上正解。另外，你改电荷就罢了，改自旋多重度可是要命的。

作者
Author: lxc 时间: 2020-2-26 11:58

snljty 发表于 2020-2-25 21:01
左下角写的明明是-1 charge

你好这是我改后的但是保存之后再打开就又显示中性了

作者
Author: snljty 时间: 2020-2-26 12:12

lxc 发表于 2020-2-26 11:58
你好这是我改后的但是保存之后再打开就又显示中性了

怎么改的，怎么显示的。绝大部分情况你应该扔掉GaussView生成关键词的功能，用文本编辑器比如最简单的记事本打开输入文件(Windows下默认.gjf)，手动改里面关键词，然后调用g09w.exe或者g09.exe计算。用GaussView生成太麻烦，太乱，不方便，而且不容易确定有没有错。

作者
Author: sobereva 时间: 2020-2-26 19:08
自己手动修改gjf的电荷。之后gjf载入gview绝对不可能给你显示成中性，因为此时gview状态栏的电荷就是从gjf里读的

作者
Author: lxc 时间: 2020-2-29 16:10

sobereva 发表于 2020-2-26 19:08
自己手动修改gjf的电荷。之后gjf载入gview绝对不可能给你显示成中性，因为此时gview状态栏的电荷就是从gjf ...

你好 gif载入·后确实是有电荷的· 请问为什么保存成pdb文件后·再打开就显示中性了

作者
Author: snljty 时间: 2020-2-29 16:26

lxc 发表于 2020-2-29 16:10
你好 gif载入·后确实是有电荷的· 请问为什么保存成pdb文件后·再打开就显示中性了

gjf是Gaussian Job File缩写，不是gif。
自己用文本编辑器比如记事本打开你的pdb文件看一眼就明白了。根本没有记录这个字段。

作者
Author: lxc 时间: 2020-3-1 10:30

snljty 发表于 2020-2-29 16:26
gjf是Gaussian Job File缩写，不是gif。
自己用文本编辑器比如记事本打开你的pdb文件看一眼就明白了。根 ...

好的可是我要用pdb文件建离子模型那应该怎么办呢

作者
Author: sobereva 时间: 2020-3-1 23:25

lxc 发表于 2020-3-1 10:30
好的可是我要用pdb文件建离子模型那应该怎么办呢

完全搞不懂你的意思
实际做计算的时候电荷该是几自己在gjf里一写就完了，何必管gview怎么显示

作者
Author: lxc 时间: 2020-3-2 08:54

sobereva 发表于 2020-3-1 23:25
完全搞不懂你的意思
实际做计算的时候电荷该是几自己在gjf里一写就完了，何必管gview怎么显示

您好我想做的的是这样的：1. GAUSSVIEW建立单个pt，离子液体BF4-,EMIM+构型
                                    2. PACKMOL建立初始模型（包含11644个pt原子的毛细管中的2160个分    子的初始构型和平衡后的最终构型），导出pdb文件。
                                 3VMD将pdb文件转化为data文件，修改data文件中的势能参数，键结作用参数和键角参数等。得到LAMMPS可读取DATA文件。
                              4.LAMMPS运行，得到，轨迹坐标文件等。
复现一篇文献，现在不知道怎样才算得到离子文件，就电荷那有问题

作者
Author: sobereva 时间: 2020-3-3 10:54

lxc 发表于 2020-3-2 08:54
您好我想做的的是这样的：1. GAUSSVIEW建立单个pt，离子液体BF4-,EMIM+构型
...

你当前只是把gview当建模工具用，何必管它电荷怎么显示

作者
Author: lxc 时间: 2020-3-3 11:32

sobereva 发表于 2020-3-3 10:54
你当前只是把gview当建模工具用，何必管它电荷怎么显示

就是我怎样确定我建立的是离子而不是分子呢？因为后面要加电场。我看的一篇文献就写用钠离子的的pdb文件构造模型，就是不知道怎样才算是离子构型

作者
Author: lxc 时间: 2020-3-3 12:53

sobereva 发表于 2020-3-3 10:54
你当前只是把gview当建模工具用，何必管它电荷怎么显示

好的我大概懂了电荷可以在data文件中设置。谢谢你

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