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标题: 在GMX模拟细胞膜nvt平衡时，遇到磷脂双分子层逐渐分离的问题，应该如何解决？ [打印本页]

作者
Author: Alan123 时间: 2020-2-26 10:58
标题: 在GMX模拟细胞膜nvt平衡时，遇到磷脂双分子层逐渐分离的问题，应该如何解决？
老师，我在使用GMX模拟跨膜运输的时候，想让细胞膜进行nvt平衡，但是在跑完平衡后磷脂分子层却发生了分离，我使用packmol构建的DPPC膜结构，其中使用环肽镶嵌在细胞膜中充当通道蛋白。谢谢mdp文件： (, 下载次数 Times of downloads: 22)
模拟前：
(, 下载次数 Times of downloads: 28)
模拟后：
(, 下载次数 Times of downloads: 39)

作者
Author: snljty 时间: 2020-2-26 11:40
最初盒子大小合理么，为什么一定要跑NVT而不是NPT呢？

作者
Author: Alan123 时间: 2020-2-26 15:42

snljty 发表于 2020-2-26 11:40
最初盒子大小合理么，为什么一定要跑NVT而不是NPT呢？

最初的盒子和这块膜结构大小是一样的，我刚才跑了npt，结果也是一样的，分子层还是跑开了，请问这个咋办呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2020-2-26 18:51
发帖时看清楚板块再发（论坛首页公告栏粗体字明确声明了），不要发到公社大厅里，以后务必注意，给你移动了

作者
Author: sobereva 时间: 2020-2-26 18:55
packmol建立的双层膜结构经常非常烂，建议用此文的做法
生成混合组分的磷脂双层膜结构文件的工具genmixmem
http://sobereva.com/245

对于需要插入蛋白的情况，应当先把DPPC纯膜模拟平衡后，再用mdrun加上-membed方式插入，比起用packmol建的强百倍

没有任何理由用NVT。必须用NPT

在确保纯膜能正常成功模拟之前先不要考虑插入的蛋白

不要用诸如
gen_vel = yes
gen_temp = 300
一上来温度就那么高，显然是极度危险的，应当从0 K缓慢升温

作者
Author: Alan123 时间: 2020-2-26 19:15

sobereva 发表于 2020-2-26 18:51
发帖时看清楚板块再发（论坛首页公告栏粗体字明确声明了），不要发到公社大厅里，以后务必注意，给你移动了

嗯嗯，谢谢老师，以后一定注意

作者
Author: Alan123 时间: 2020-2-26 20:29

sobereva 发表于 2020-2-26 18:55
packmol建立的双层膜结构经常非常烂，建议用此文的做法
生成混合组分的磷脂双层膜结构文件的工具genmixmem ...

谢谢老师，我还有一个问题，我感觉模拟后两层分子跑开了一个重要原因就是一开始建模的时候，虽然看着DPPC将盒子充满了，但是其实中间存在很多空隙，在进行动力学模拟的过程中，这些DPPC再相互聚集，空隙消失，最终导致两层膜分开，我不知道这样想对不对，所以我又有一个问题，就是在一个固定体积的盒子里，大约应该放多少分子的DPPC合适呢？比如盒子的尺寸是10nm*10nm*10nm的盒子。谢谢

作者
Author: sobereva 时间: 2020-2-26 21:07

Alan123 发表于 2020-2-26 20:29
谢谢老师，我还有一个问题，我感觉模拟后两层分子跑开了一个重要原因就是一开始建模的时候，虽然看着DPPC ...

很有可能
不同的磷脂都有实验或者前人模拟出的平均面积，拿盒子面积除以单个磷脂面积便知该设多少

作者
Author: Alan123 时间: 2020-2-26 21:45

sobereva 发表于 2020-2-26 21:07
很有可能
不同的磷脂都有实验或者前人模拟出的平均面积，拿盒子面积除以单个磷脂面积便知该设多少

嗯嗯，谢谢老师

作者
Author: Riggs-蹊 时间: 2023-9-11 18:19

sobereva 发表于 2020-2-26 18:55
packmol建立的双层膜结构经常非常烂，建议用此文的做法
生成混合组分的磷脂双层膜结构文件的工具genmixmem ...

sob老师您好，我用genmixmem构建的磷脂分子也是在跑nvt的时候分开了，跟楼主差不多，我有两个问题想问一下
1、构建磷脂双分子层时候，两层磷脂分子的疏水尾部之间的间距应该控制在多少，或者说会不会是相互插入的呢？
2、您说的“没有任何理由用NVT，必须用NPT”的意思是省略掉NVT这一步吗？还是说跑完NPT再跑NVT？
3、我最后跑完发现有一两个磷脂分子的分叉出来了（如下图所示），请问这有什么影响吗？应该怎么解决呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2023-9-11 22:07

Riggs-蹊发表于 2023-9-11 18:19
sob老师您好，我用genmixmem构建的磷脂分子也是在跑nvt的时候分开了，跟楼主差不多，我有两个问题想问一 ...

1 在体系达到平衡的时候，两层的疏水尾部之间肯定会有一定相互穿插。但在建模的时候不建议考虑穿插，而应当让初始结构里面两层的尾部之间不接触，否则有可能导致近距离接触而在模拟初期不稳定乃至崩溃。

2 直接跑NPT就完了。干嘛要跑NVT，毫无意义

3 一张图看不清楚。如果磷脂的位置没错，只不过是gro文件在记录时会保持分子完整性而避免被盒子截断所致

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