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标题: GAUSSIAN16 c01 PGI编译和INTEL编译对比(未完成) [打印本页]

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Author: xp47 时间: 2020-2-26 15:47
标题: GAUSSIAN16 c01 PGI编译和INTEL编译对比(未完成)
本帖最后由 xp47 于 2020-3-11 10:31 编辑

简单测试了Gaussian16 c01 不同编译器下的表现，因为在家资源有限暂时不能完善测试结果。注: 测试文件使用g16目录下的tests中随机挑选的结构（test0969）。
CPU : 3900x
MB : x570
MEM : 64GB(16Gx4 3200MHz, E5 机型 2400MHz ECC，忘记了控制变量回头会上ECC内存给3900x的机器)
SSD : 海康威视2000 pro 512G
OS ：Ubuntu Studio 18.4
FC/CC ：intel 2020 (icc/使用-axCORE-AVX2)| PGI 19.10 (cc -- gcc 9.2 -march=znver2)

Functional : CAM-b3lyp
Basis set : aug-cc-pvtz [SCF Done -312.235327001 A.U.] （感觉应该没啥问题）
所有编译均未进行任何代码修改。(这里提醒大家得安装tcsh或者安装csh配置变量长度限制😂)，同时表中对比INTEL平台CPU为E5 2667 v4 （使用g16c自带的haswell方案编译）.

CPU	Compiler	OS	Elapsed Time/s	Ratio
R9 3900x (nproc=8)	PGI_19.10	Ubuntu Studio 18.4	123	1.18
R9 3900x (nproc=8)	INTEL2020	Ubuntu Studio 18.4	104.2	1.0
E5 2667 v4 (nproc=8)	INTEL2020	Centos 7.2	192.4	1.84

正在尝试gfortran编译（很大可能上是要改代码）。目前本地没有E5的CPU故暂时不能排除系统导致的区别部分。但是考虑到3900x最近2900（美亚已经2K8了）就能入手（三个月亏了1K真的是）。
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为了好玩贴一个这几天写的一句话结构优化提取的python代码（其实是两句）：

import os, glob
[os.system("cat < {0}.xyz {1} ".format(glob.glob("*.out_g*")[item].replace(".out_g","_"),geo.count(""))+geo+"EOF ") for item,geo in enumerate([cnt.split("1\1")[-1].split("\")[3].replace("","").replace(","," ") for cnt in ["".join([line.strip() for line in raw.split("")]) for raw in [open(ifile,'r').read().strip() for ifile in glob.glob("*.out_g*")]]])]

复制代码

我...没注意，论坛代码贴上去会少掉一个反斜杠......
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另外，zen2构架cpu和x570的主板运行ubuntu 18.04，内核不到5+，想要获取温度和电流功率等信息sensors可能就不太好用了。推荐遇到这种情况使用zenpower（自行去github搜索）系统监控使用s-tui获得温度频率功耗等数据： (, 下载次数 Times of downloads: 24)
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1) gnu目前已经可以编译通过，在排除bug

2) oneMKL 正在下载中，实在是慢，下载后将加入测试对比

分享fortran代码分析工具(在找网盘上传了)：

作者
Author: liyuanhe211 时间: 2020-2-26 18:07

这python乍一看以为是java

作者
Author: xp47 时间: 2020-2-26 20:13

liyuanhe211 发表于 2020-2-26 18:07
这python乍一看以为是java

都是因为想偷个懒写成了一行便于携带😂

作者
Author: 冰释之川 时间: 2020-2-26 20:29
看到EOF 我还以为是用大蟒皮套一个shell核

作者
Author: pika02 时间: 2020-2-26 20:46
3900x只要2900了？
核心数有3950x的3/4，价格只有一半，这性价比太香了
遇上并行效率不高的软件，3900x甚至等于八九成的3950x

作者
Author: xp47 时间: 2020-2-26 21:42

冰释之川发表于 2020-2-26 20:29
看到EOF 我还以为是用大蟒皮套一个shell核

😂 我也想用awk一句话结果最后放弃了 python方便些其实也可以用print >> 考虑到有时候哦python2有时候python3 就得换成 print file=xxx 懒得改决定用了system

作者
Author: xp47 时间: 2020-2-26 21:44

pika02 发表于 2020-2-26 20:46
3900x只要2900了？
核心数有3950x的3/4，价格只有一半，这性价比太香了
遇上并行效率不高的软件，3900x甚 ...

前两天秋名山开了3199之后另外一个群开车2900，现在就是后悔。（反倒3600涨了些）
对的还希望rocm推广出来代替cuda

作者
Author: pyscf 时间: 2020-2-27 22:59

xp47 发表于 2020-2-26 20:13
都是因为想偷个懒写成了一行便于携带😂

纹手臂上。。。确实便于携带

作者
Author: xp47 时间: 2020-3-7 16:46

pika02 发表于 2020-2-26 20:46
3900x只要2900了？
核心数有3950x的3/4，价格只有一半，这性价比太香了
遇上并行效率不高的软件，3900x甚 ...

美亚大降价！！！已经2K8

作者
Author: pika02 时间: 2020-3-8 17:36

xp47 发表于 2020-3-7 16:46
美亚大降价！！！已经2K8

我开12核模拟3900x，wsl下g16 a03 avx2跑一个优化花了20分32.8秒；16核花了19分44.6秒，这并行效率简直了
结论：3900x跑高斯性价比巨高

作者
Author: Mikasa 时间: 2020-3-17 18:06
求问如何用ifort编译

作者
Author: xp47 时间: 2020-3-17 18:40
本帖最后由 xp47 于 2020-3-17 18:42 编辑

Mikasa 发表于 2020-3-17 18:06
求问如何用ifort编译

编译器2020/只需要修改blas部分就可以了（注意所使用链接库种类（.so还是.a））这里列举我的make文件内容：
编译命令对比添加：-mcmodel=medium -auto -axCORE-AVX2 -shared-intel -static-libgcc
（其实可有可无但是为了保险起见）
我选择的是.a，也就是静态链接库（当然动态也同理）：
修改BLAS为：${MKLROOT}/lib/intel64/libmkl_blas95_ilp64.a ${MKLROOT}/lib/intel64/libmkl_lapack95_ilp64.a ${MKLROOT}/lib/intel64/libmkl_scalapack_ilp64.a -Wl,--start-group ${MKLROOT}/lib/intel64/libmkl_cdft_core.a ${MKLROOT}/lib/intel64/libmkl_intel_ilp64.a ${MKLROOT}/lib/intel64/libmkl_intel_thread.a ${MKLROOT}/lib/intel64/libmkl_core.a -Wl,--end-group -liomp5 -lpthread -lm -ldl

与此前版本不同的是，c01编译不需要修改源码两处EQ部分（之前需要修改）。细节记不太起来了....让我整理下，不过以上两点改完了，特别是第二点，就大体上能编译通过了。使用-axCORE主要是为了给AMDcpu提速，但是编译过程可能需要大概十分钟，而用-xCORE则可能只需要七八分钟。====================================================================================================
我在想有可能....pgi编译用的是它自带的blas.a文件😂 我回头试试用pgi编译的blas相关库和openblas

作者
Author: monoyu 时间: 2020-3-22 11:35

pika02 发表于 2020-3-8 17:36
我开12核模拟3900x，wsl下g16 a03 avx2跑一个优化花了20分32.8秒；16核花了19分44.6秒，这并行效率简直了 ...

请教一下：用ORCA跑100-150原子左右的结构优化及单点能计算，3900x和3950x哪个性价比更高一些呢？

作者
Author: biogon 时间: 2020-3-22 12:59
本帖最后由 biogon 于 2020-3-22 13:15 编辑

有源代码就是方便，没想到牙膏编译器编译出来的比PGI的还快
还可以拿编译好的来比较一下6254跑了下test0969 12c耗时116.6s

作者
Author: pika02 时间: 2020-3-22 14:44

monoyu 发表于 2020-3-22 11:35
请教一下：用ORCA跑100-150原子左右的结构优化及单点能计算，3900x和3950x哪个性价比更高一些呢？

http://bbs.keinsci.com/thread-16567-1-1.html
为什么你要在这帖子里问呢……

作者
Author: wayne 时间: 2020-4-24 15:42
我們實驗室也有買C.01
caldft.f:(.text+0x5f): undefined reference to `opndbg_'
util.a(rddef.o): In function `rddef_':
rddef.f:(.text+0x194): undefined reference to `deflnm_'
util.a(starut.o): In function `starut_':
starut.f:(.text+0x3a6): undefined reference to `ckpthr_'
starut.f:(.text+0x466): undefined reference to `ldgarg_'
starut.f:(.text+0x46d): undefined reference to `execself_'
util.a(prismc.o): In function `prismc_':
prismc.f:(.text+0xc63): undefined reference to `opndbg_'
util.a(prmraf.o): In function `prmraf_.V':
prmraf.f:(.text+0xb1d): undefined reference to `opndbg_'
util.a(prmraf.o): In function `prmraf_.A':
prmraf.f:(.text+0x96fa): undefined reference to `opndbg_'
bsd/g16.make:397: recipe for target 'g16' failed
make: *** [g16] Error 1
if ( -e flc ) then
if ( ( -d local ) && ( ! ( -e gpu.flag ) ) ) then
rm -f gau-machine
make -f bsd/g16.make JUNK1=JUNK gau-machine
icc -w -vec-report6 -ftz -fma -g -axCORE-AVX2 -mssse3 -shared-intel -fp-speculation=off -fp-model=strict -mkl=parallel -opt-mem-layout-trans -Ibsd/include/intel64/ilp64 -o gau-machine bsd/machine.c
icc: remark #10397: optimization reports are generated in *.optrpt files in the output location
endif
rm: No match.
以上是錯誤內容，請問各位大神問題出在哪裡?
或是我要改用其他complier 編譯

作者
Author: ynzhou 时间: 2024-12-5 18:09

wayne 发表于 2020-4-24 15:42
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我用pgi编译时也遇到了跟你一样的情况，请问你最后怎么解决的？

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