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标题: 编译GAMESS-US 2019 R2时遇到的关于编译ddi的问题 [打印本页]
作者
Author: DoorBell    时间: 2020-2-26 18:43
标题: 编译GAMESS-US 2019 R2时遇到的关于编译ddi的问题
按照sob老师的博文进行，除原文“1. 生成配置文件”内的具体设置其他均严格按照sob老师的步骤进行。

但是在进行完“2. 编译ddi”后，虽显示成功编译但是并未在./ddi文件夹下发现ddikick.x文件，在完成编译进行“5. 测试”时，也提示了“未发现gamess.00.x或ddikick.x”，其中gamess.00.x是有的。

想请教各位老师几个问题：
1. ddi的编译方法是否出现了变化？为什么成功编译之后仍无ddikick.x？
2. “3. 编译代码并连接为可执行文件”这一步非常慢，似乎也没有设置并行编译的选项？请问是否有解决办法？

非常感谢各位老师！


作者
Author: sobereva    时间: 2020-2-26 19:00
起码文中的做法对于2018R3都是适用的
注意看屏幕上的提示

没法并行编译。2018R3版在普通机子下20分钟左右编译完成
作者
Author: DoorBell    时间: 2020-2-26 19:16
sobereva 发表于 2020-2-26 19:00
起码文中的做法对于2018R3都是适用的
注意看屏幕上的提示

感谢sob老师！

这是./config和./compddi两部的屏幕记录，感觉并没有什么错误，而且compddi.log最后也明确写了successfully，好迷。。。

另外感觉我这个编译大概有个把小时了。。。

作者
Author: sobereva    时间: 2020-2-26 19:53
DoorBell 发表于 2020-2-26 19:16
感谢sob老师！

这是./config和./compddi两部的屏幕记录，感觉并没有什么错误，而且compddi.log最后也 ...

可能是光编译成了.o但是没连接。你可以尝试2018R3版
作者
Author: zjxitcc    时间: 2020-2-26 20:30
本帖最后由 zjxitcc 于 2020-2-26 20:31 编辑

我自己刚装了一下，ddikick.x没变。编译花了13 min，最后需自己手动执行./lked gamess 00进行链接。中间提示的那些尝新功能/库，一般人用不到，可以全选no，节省编译时间。另外，如果你用的是ifort编译器（推荐），可以设置环境变量export TMP=路径指向你的固态硬盘SSD，这样编译器的临时文件会在SSD上生成，比普通硬盘提速不少。如果还慢，说明CPU比较差···
作者
Author: DoorBell    时间: 2020-2-26 21:37
zjxitcc 发表于 2020-2-26 20:30
我自己刚装了一下，ddikick.x没变。编译花了13 min，最后需自己手动执行./lked gamess 00进行链接。中间提 ...

我是在集群上编译的，按说硬盘CPU都不会差啊。

不过我确实是编译完了没有在./ddi下面找到ddikick.x，晕
作者
Author: DoorBell    时间: 2020-2-26 21:41
本帖最后由 DoorBell 于 2020-2-27 10:11 编辑
sobereva 发表于 2020-2-26 19:53
可能是光编译成了.o但是没连接。你可以尝试2018R3版

的确如此！

需要在./gamess下执行./lked ddikick命令！非常感谢sob老师！
作者
Author: DoorBell    时间: 2020-2-26 22:12
但是似乎还是有点问题。。。

运行测试文件失败，好像是并行哪里出了问题，rungms和runall都按sob老师讲的改了。

附上输出文件exam01.log：
  1. ----- GAMESS execution script 'rungms' -----
  2. This job is running on host login01
  3. under operating system Linux at Wed Feb 26 21:59:57 CST 2020
  4. Available scratch disk space (Kbyte units) at beginning of the job is
  5. Filesystem         1K-blocks         Used    Available Use% Mounted on
  6. scratch        1288536326144 938070278144 350466048000  73% /scratch
  7. GAMESS temporary binary files will be written to /scratch/2020-02-26/USER/SCRATCH
  8. GAMESS supplementary output files will be written to /scratch/2020-02-26/USER/SCRATCH
  9. Copying input file exam01.inp to your run's scratch directory...
  10. cp tests/standard/exam01.inp /scratch/2020-02-26/USER/SCRATCH/exam01.F05
  11. unset echo
  12. /work/USER/Software/GAMESS/ddikick.x /work/USER/Software/GAMESS/gamess.00.x exam01 -ddi 1 16 login01:cpus=16 -scr /scratch/2020-02-26/USER/SCRATCH
  13. Error: Expecting an even number of MPI processes (cp:ds::1:1).
  14. DDI Process 0: error code 911
  15. application called MPI_Abort(MPI_COMM_WORLD, 911) - process 0
  16. [unset]: write_line error; fd=-1 buf=:cmd=abort exitcode=911
  17. :
  18. system msg for write_line failure : Bad file descriptor
  19. unset echo
  20. ----- accounting info -----
  21. Files used on the master node login01 were:
  22. -rwxr-xr-x 1 USER USER 1163 Feb 26 21:59 /scratch/2020-02-26/USER/SCRATCH/exam01.F05*
  23. ls: No match.
  24. ls: No match.
  25. ls: No match.
  26. Wed Feb 26 21:59:58 CST 2020
  27. 0.441u 0.190s 0:00.67 94.0%        0+0k 0+0io 0pf+0w
复制代码




作者
Author: zjxitcc    时间: 2020-2-26 22:33
DoorBell 发表于 2020-2-26 21:41
的确如此！

需要在./gamess下执行./lked ddikick命令！还请sob老师能在博文中加上这点，以免其他初学 ...

是运行./lked gamess +版本号，不是./lked ddikick。

./lked gamess这一点在Sob老师的博文里有写，注意找“（如果没产生，手动执行./lked gamess 00） ”

你装了mpi版本？直接装socket版本就行了，它就可以节点内并行，够用了。

作者
Author: DoorBell    时间: 2020-2-27 07:44
本帖最后由 DoorBell 于 2020-2-27 08:19 编辑
zjxitcc 发表于 2020-2-26 22:33
是运行./lked gamess +版本号，不是./lked ddikick。

./lked gamess这一点在Sob老师的博文里有写，注 ...

哦是这样的，我在运行./lked ddikick之后运行的./lked gamess 00，但是不运行./lked ddikick命令就没有ddikick.x生成
作者
Author: DoorBell    时间: 2020-2-27 10:11
zjxitcc 发表于 2020-2-26 22:33
是运行./lked gamess +版本号，不是./lked ddikick。

./lked gamess这一点在Sob老师的博文里有写，注 ...

如果是编译sockets版本倒是直接就可以找到ddikick.x并且./runall看起来没什么问题，不过mpi版本就找不到这个ddikick.x，而且运行./lked ddikick好像链接出来的也不对
作者
Author: jerrylp    时间: 2021-10-8 11:09
DoorBell 发表于 2020-2-27 10:11
如果是编译sockets版本倒是直接就可以找到ddikick.x并且./runall看起来没什么问题，不过mpi版本就找不到 ...

你好，我想问一下gamess的mpi编译，ddikick.x没有生成的问题，你搞懂了吗？我现在也遇到这样的问题了，可以分享一下吗
作者
Author: 喵星大佬    时间: 2021-10-8 11:44
为啥要编译mpi版
作者
Author: zjxitcc    时间: 2021-10-8 15:35
jerrylp 发表于 2021-10-8 11:09
你好，我想问一下gamess的mpi编译，ddikick.x没有生成的问题，你搞懂了吗？我现在也遇到这样的问题了，可 ...

MPI版本可能不需要ddikick.x，你先试试能不能正常运行



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