计算化学公社

标题: 用Multiwfn分析EDA出现没有Rh原子类型的错误，望能指点迷津！ [打印本页]

作者
Author: zmj110 时间: 2020-2-26 22:41
标题: 用Multiwfn分析EDA出现没有Rh原子类型的错误，望能指点迷津！
Sob老师，您好！因为我的体系可以分成独立的两部分，但是其中一部分含有金属铑（Rh，我想用EDA分析得到静电相互作用的能量，我用Multiwfn分析EDA的时候，出现下面的提示：

Error: Unable to find parameter for atom 1 with type Rh
If the element is indeed defined by the forcefield, please check if spelling and capitalization is correct
Press ENTER button to cancel calculation

我应该怎么解决这个问题呢？希望老师能指点迷津！谢谢！

作者
Author: sobereva 时间: 2020-2-27 02:51
如果你用UFF力场肯定不会出现这个问题，因为UFF是覆盖近乎整个周期表的。
但如博文提到的，UFF算的结果不是很理想，所以，建议在你用AMBER&GAFF的时候，对于AMBER和GAFF不支持的元素，原子类型写成UF，代表借用UFF的。这么凑合一下是可以接受的做法

下文里提了
使用Multiwfn做基于分子力场的能量分解分析
http://sobereva.com/442

有时候可能体系中有的原子没有完全合适的原子类型，这个时候可以用这种元素的其它原子类型凑合一下。另外，如果你用的是AMBER或GAFF力场，但是当前体系里有个别元素在此力场中不支持，那么也可以借用UFF力场的参数来凑合一下，做法是在分子类型文件中把相应原子类型写为UF，程序看到有原子类型叫UF，自动就会用UFF力场对应的参数。

作者
Author: zmj110 时间: 2020-2-28 16:12

sobereva 发表于 2020-2-27 02:51
如果你用UFF力场肯定不会出现这个问题，因为UFF是覆盖近乎整个周期表的。
但如博文提到的，UFF算的结果不 ...

非常感谢Sob老师！我试一下。

作者
Author: my_aman 时间: 2022-3-9 13:53

sobereva 发表于 2020-2-27 02:51
如果你用UFF力场肯定不会出现这个问题，因为UFF是覆盖近乎整个周期表的。
但如博文提到的，UFF算的结果不 ...

请问社长，我的体系是团簇吸附个分子（PBE下计算的结果），审稿人让做个EDA。请问社长，我能使用您的这种EDA-FF分析回答审稿人吗？

“It may be interesting for the authors to use additional techniques and methodologies, such as energy decomposition analysis (EDA, SAPT0), Hirshfeld charge analysis”

作者
Author: sobereva 时间: 2022-3-9 20:09

my_aman 发表于 2022-3-9 13:53
请问社长，我的体系是团簇吸附个分子（PBE下计算的结果），审稿人让做个EDA。请问社长，我能使用您的这种 ...

应当说明是什么样的团簇吸附什么类型的分子

作者
Author: my_aman 时间: 2022-3-10 04:32

sobereva 发表于 2022-3-9 20:09
应当说明是什么样的团簇吸附什么类型的分子

带负电荷的Au-Ni团簇，CO分子吸附在Ni原子上。

作者
Author: sobereva 时间: 2022-3-10 21:56

my_aman 发表于 2022-3-10 04:32
带负电荷的Au-Ni团簇，CO分子吸附在Ni原子上。

应当做量子化学级别的能量分解分析，诸如SAPT、LMOEDA等

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