计算化学公社

标题: 求助OH自由基取代反应中过渡态C链变形问题 [打印本页]

作者
Author: YjLiu 时间: 2020-2-27 10:34
标题: 求助OH自由基取代反应中过渡态C链变形问题
请教各位老师，我计算了C6F12O中全氟甲基中的F的取代反应，TS初猜、优化后的TS以及优化后产物如图所示。优化后的TS虚频正常，但从下图可以看到优化后的TS中C链产生了明显的变形，导致TS离产物相差很远。1.请问这个问题怎么解决 2.类似的结构如何进行合理初猜，谢谢各位老师！

作者
Author: sobereva 时间: 2020-2-27 18:55
没看明白你的问题，也可能截图里视角不好
优化后的过渡态并不离谱。走IRC，能走通期望的反应物和产物就进一步说明没问题

作者
Author: YjLiu 时间: 2020-2-27 20:00

sobereva 发表于 2020-2-27 18:55
没看明白你的问题，也可能截图里视角不好
优化后的过渡态并不离谱。走IRC，能走通期望的反应物和产物就进 ...

老师你好，是这样的，就是使用这个优化后的过渡态走IRC，IRC产物端的结构和我期望的产物有一点区别(IRC产物端的结构的俯视时最下方的C-C-C键是有一定的角度的，而期望产物优化后下方C-C-C俯视下几乎在同一直线）

作者
Author: sobereva 时间: 2020-2-28 03:00

YjLiu 发表于 2020-2-27 20:00
老师你好，是这样的，就是使用这个优化后的过渡态走IRC，IRC产物端的结构和我期望的产物有一点区别(IRC产 ...

显然还得对产物一端做几何优化。如果用较小步长上限做优化能最终得到你期望的产物就没问题了

作者
Author: YjLiu 时间: 2020-2-28 08:09

sobereva 发表于 2020-2-28 03:00
显然还得对产物一端做几何优化。如果用较小步长上限做优化能最终得到你期望的产物就没问题了

好的，老师，您说的较小的步数上限一般是多少？10左右可以吗？谢谢

作者
Author: sobereva 时间: 2020-3-1 23:20

YjLiu 发表于 2020-2-28 08:09
好的，老师，您说的较小的步数上限一般是多少？10左右可以吗？谢谢

可以

作者
Author: YjLiu 时间: 2020-3-2 19:48

sobereva 发表于 2020-3-1 23:20
可以

好的，谢谢老师。还想请问一下老师此时为何要使用较小的步长上限，是为了防止振荡吗？如果是默认步长上限优化到期望产物可以吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2020-3-3 11:00

YjLiu 发表于 2020-3-2 19:48
好的，谢谢老师。还想请问一下老师此时为何要使用较小的步长上限，是为了防止振荡吗？如果是默认步长上限 ...

有时候因为一开始的几步位移比较大，导致跑到其它极小点附近去

作者
Author: YjLiu 时间: 2020-3-3 13:59

sobereva 发表于 2020-3-3 11:00
有时候因为一开始的几步位移比较大，导致跑到其它极小点附近去

好的，谢谢老师！

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)