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标题: 模拟水中扩散的硼酸分子的原子电荷计算求助 [打印本页]

作者
Author: xinxinup 时间: 2020-2-28 11:31
标题: 模拟水中扩散的硼酸分子的原子电荷计算求助
我想用分子动力学模拟研究硼酸分子（B(OH)3）在水中扩散，目前需要用Gaussian计算电荷。
我用b3lyp/6-311G** pop=chelpg来计算电荷。之前一直用该方法计算电荷。
而文献上用HF/6-31G(d)模拟B(OH)3-H2O的体系来计算电荷。“atomic partial charges were derived to reproduce the distances, interaction energies, and dipole moment obtained at HF/6-31G(d) level of theory for boric acid−water dimers, which were formed considering all possible hydrogen bonds (donors and acceptors). ”
结果上，我算电荷是文献上的两倍。想请问是文献上的更准确吗？

作者
Author: snljty 时间: 2020-2-28 12:23
本帖最后由 snljty 于 2020-2-28 16:49 编辑

CHelpG电荷在没有柔性体系的时候倒是问题不大，不过更一般地现在都推荐用RESP电荷代替CHelpG电荷。只要有了CHelpG电荷拟合点处的信息，RESP电荷一下子就可以算出来。改一下约束条件等即可。
HF/6-31G*是个很古老的也该被淘汰的水平，原理是Hartree-Fock法会严重高度体系电荷，大概高百分之十几。而水溶液的极化也会让电荷高百分之十几。所以当年用HF/6-31G*计算的真空下电荷来凑合没高估的水溶液中的电荷，Amber力场参数现在都是这么用的。不过这个方法太粗糙而且可靠性波动程度比较大，并不推荐。现在加上隐式溶剂模型也就多百分之几十的计算量。建议用合理的DFT方法比如B3LYP结合隐式溶剂模型计算RESP电荷或其变体RESP2等。
建议看看卢老师的博文
http://sobereva.com/441
http://sobereva.com/531

作者
Author: sobereva 时间: 2020-2-28 16:44
如置顶的新社员必读贴和论坛首页的公告栏所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出“提问”、“求助”要素（仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html），我已把你的不恰当标题“硼酸分子电荷计算”改了，以后务必注意。

你当前的计算明显不妥，十分重要的溶剂效应完全被忽略了，用Multiwfn算RESP2电荷好得多得多（仔细看http://sobereva.com/531）。而且抛开溶剂效应不谈，对于当前体系Gaussian计算CHELPG电荷本身也不合适，没法保证原子电荷的等价性，这种有对称性的体系应当在Multiwfn计算RESP电荷的时候设置上等价性约束，使得原子电荷完全满足C3h点群，具体怎么做http://sobereva.com/441有明确说明。另外，这么小的体系，没理由只用6-311G**这么小的基组，建议def2-TZVP或者更好的aug-cc-pVTZ。

作者
Author: xinxinup 时间: 2020-2-28 20:15
感谢两位的耐心答疑，谢谢sob老师。
不好意思出现格式问题，我先认真阅读你们推荐的文档。

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