计算化学公社

标题: 在GMX中如何对体系的不同部分设置不同的模拟环境 [打印本页]

作者
Author: Alan123 时间: 2020-2-29 00:14
标题: 在GMX中如何对体系的不同部分设置不同的模拟环境
老师，我在使用GMX重复布洛芬与人血白蛋白位点 lI动态结合过程的分子模拟遇到以下几点不太理解的地方，希望能够得到解答，谢谢

问题：作者在模拟的时候，在前15ns为50个布洛芬分子和血红蛋白的完整体系进行模拟，后35ns集中于位点II结合的布洛芬分子模拟，请问如何能够做到集中对于某一位点进行模拟呢？还有就是这个模拟是分两次进行模拟的吗？一次是15ns，一次是35ns？

作者
Author: puzhongji 时间: 2020-2-29 03:54
看一下论文

作者
Author: sobereva 时间: 2020-2-29 07:02
没有更具体信息，不好说作者有什么意图
反复阅读文章，实在搞不明白可以发邮件问通讯作者

作者
Author: Alan123 时间: 2020-2-29 19:22

puzhongji 发表于 2020-2-29 03:54
看一下论文

嗯嗯，谢谢，我先试着联系下那位作者，要是无法解决，再来麻烦您

作者
Author: Alan123 时间: 2020-2-29 19:22

sobereva 发表于 2020-2-29 07:02
没有更具体信息，不好说作者有什么意图
反复阅读文章，实在搞不明白可以发邮件问通讯作者

嗯嗯，谢谢社长，我发邮件问下作者

作者
Author: puzhongji 时间: 2020-2-29 20:47
我想看下论文才能明白你说的问题，你告诉我一下论文题目或者doi。

作者
Author: Alan123 时间: 2020-2-29 21:24

puzhongji 发表于 2020-2-29 20:47
我想看下论文才能明白你说的问题，你告诉我一下论文题目或者doi。

太谢谢您了，这个是原文https://wenku.baidu.com/view/34b ... 08763230127446.html

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)