计算化学公社

标题: 关于gromacs体系分子间氢键与红外蓝移 [打印本页]

作者
Author: 明园 时间: 2020-3-1 16:00
标题: 关于gromacs体系分子间氢键与红外蓝移
社长，我的体系存在分子间氢键，因为有氢键，所以体系内分子的各个原子之间的键长和初始分子相比应该会存在差别，所以我用gromacs跑了30ns的体系和单个分子在Gaussian中优化后进行测量比较，发现体系中分子的羰基缩短了，也证明了红外中羰基是蓝移的。
但是我们这里有一个疑问，请问社长，我们这样测量比较是否是合理的呢？

Gaussian优化单个分子的方法：b3lyp/6-311+G** em=GD3BJ

作者
Author: sobereva 时间: 2020-3-1 23:04
没有什么可比性
力场的描述太粗糙了

作者
Author: 明园 时间: 2020-3-3 13:04

sobereva 发表于 2020-3-1 23:04
没有什么可比性
力场的描述太粗糙了

好的，谢谢社长，我用的是GAFF力场，社长，你看如果是都用GMX跑的话，然后在拿出来测量比较得到的结果可靠吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2020-3-5 03:21

明园发表于 2020-3-3 13:04
好的，谢谢社长，我用的是GAFF力场，社长，你看如果是都用GMX跑的话，然后在拿出来测量比较得到的结果可 ...

蓝移红移涉及到明显的电子效应，用GAFF这样的完全不直接描述电子效应的力场跑出来的结果来讨论我不认为有多大意义、能说明什么
如果是从头算动力学跑出来的倒还可以

作者
Author: 明园 时间: 2020-3-6 12:14
本帖最后由明园于 2020-3-6 12:18 编辑

sobereva 发表于 2020-3-5 03:21
蓝移红移涉及到明显的电子效应，用GAFF这样的完全不直接描述电子效应的力场跑出来的结果来讨论我不认为有 ...

谢谢社长，我只听过您的gromcs和Gaussian的初级班，从头算动力学。。不了解是什么，请问社长，如果还是继续用gromacs计算，在gromacs里有力场能表现出来电子效应吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2020-3-7 10:31

明园发表于 2020-3-6 12:14
谢谢社长，我只听过您的gromcs和Gaussian的初级班，从头算动力学。。不了解是什么，请问社长，如果还是继 ...

简单来说，分子动力学里的受力通过量子化学方法来计算
比如此文里跑18碳环的动力学就是用的从头算动力学：
一篇最全面、系统的研究新颖独特的18碳环的理论文章
http://sobereva.com/524（http://bbs.keinsci.com/thread-15792-1-1.html）

所有力场都是不直接描述电子的。

作者
Author: 明园 时间: 2020-3-7 18:10

sobereva 发表于 2020-3-7 10:31
简单来说，分子动力学里的受力通过量子化学方法来计算
比如此文里跑18碳环的动力学就是用的从头算动力学 ...

好的谢谢社长。

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