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标题: JCIM上一篇通过分子表面静电势预测胺类的pKb的文章 [打印本页]

作者
Author: sobereva 时间: 2020-3-4 06:25
标题: JCIM上一篇通过分子表面静电势预测胺类的pKb的文章
今天看到J. Chem. Info. Model.上新出了一篇通过分子表面静电势极小点数值预测胺类的pKb的文章：Accurate Estimation of pKb Values for Amino Groups from Surface Electrostatic Potential (VS,min) Calculations. The Isoelectric Points of Amino Acids as a Case Study。其中对一级、二级、三级、四级胺都给出了预测公式，结果挺不错，尤其是一级胺，MAE只有0.121，与实验值R^2达到0.95。如果用常规的基于自由能的方式算，不仅耗时高，而且算到这种精度很不容易。文中的表面静电势极小点使用了Multiwfn（http://sobereva.com/multiwfn）进行计算。使用这种方法进行预测非常容易且快捷。

文章地址：
https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acs.jcim.9b01173

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之前我写过一篇文章
使用Multiwfn预测晶体密度、蒸发焓、沸点、溶解自由能等性质
http://sobereva.com/337（http://bbs.keinsci.com/thread-3571-1-1.html）
JCIM这篇文章给这个主题又增加了新的很好的范例。

作者
Author: wuzhiyi 时间: 2020-3-4 07:14
常规的TI方法可以自动对多构象进行加权考虑啊

作者
Author: bobosiji 时间: 2020-3-4 09:49

wuzhiyi 发表于 2020-3-4 07:14
常规的TI方法可以自动对多构象进行加权考虑啊

但是现在的力场，尤其是fixed charge的力场算pka啥的精确度不可能太高。这是力场本身精确度的问题。对于小一点的分子，构象对pka影响也不一定很大

作者
Author: wuzhiyi 时间: 2020-3-4 20:01

bobosiji 发表于 2020-3-4 09:49
但是现在的力场，尤其是fixed charge的力场算pka啥的精确度不可能太高。这是力场本身精确度的问题。对于 ...

小分子很多pka可以直接查查不到直接测一下估计比算快
人们感兴趣的大部分不单有多构象，而且可能和溶剂有显著的相互作用。
这只能用fixed charged力场来做，但力场本身精度又有问题。
QM方法精度可以，但怎么找到在显性溶剂下的构象以及其自由能又是蛋疼的问题。

作者
Author: bobosiji 时间: 2020-3-5 10:20

wuzhiyi 发表于 2020-3-4 20:01
小分子很多pka可以直接查查不到直接测一下估计比算快
人们感兴趣的大部分不单有多构象，而且可能和溶剂 ...

用MD或者xtb跑构象，然后每个代表性的构象用QM算下pKa？

作者
Author: liuzejiang 时间: 2020-5-3 01:35
厉害了，确实Multiwfn算表面静电势真是又快又准

作者
Author: 杨bb 时间: 2023-12-20 16:39
老师好，想问问他这个静电势是通过multifwn的哪个方法算出来的呢？是5/12还是12/0呢

作者
Author: sobereva 时间: 2023-12-21 03:16

杨bb 发表于 2023-12-20 16:39
老师好，想问问他这个静电势是通过multifwn的哪个方法算出来的呢？是5/12还是12/0呢

没有叫multifwn的东西

使用Multiwfn的定量分子表面分析功能预测反应位点、分析分子间相互作用
http://sobereva.com/159

作者
Author: 杨bb 时间: 2023-12-21 15:57

sobereva 发表于 2023-12-21 03:16
没有叫multifwn的东西

使用Multiwfn的定量分子表面分析功能预测反应位点、分析分子间相互作用

谢谢老师，非常抱歉，Multiwfn，已经使用这个方法算了，可能是我的几个结构太相似了，并没有得到比较好的规律

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