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标题: 求助：能量最小化mdrun报错fatal error [打印本页]

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Author: 王寓于 时间: 2020-3-4 21:34
标题: 求助：能量最小化mdrun报错fatal error
第一次练习，在用gromacs/5.1.4做能量最小化时命令如下gmx_mpi mdrun -s em.tpr -o em.edr -c em.gro -rt em.log 然后出现图片中的错误，我觉得应该不是命令出现错误，网上查了一下没找到相关问题的解释，请问这是什么原因导致的？应该怎样修正比较合适？

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Author: snljty 时间: 2020-3-4 22:45
里面信息写的很明白啊...
有些版本有这个问题。
加上“-nt 物理核心数”这个参数。
还报错就增加-ntomp 6，强制每个MPI的thread下面最多6个OpenMP线程。和能量最小化还是别的什么无关，纯粹是mdrun运行控制的问题报错。

作者
Author: 王寓于 时间: 2020-3-5 09:09
本帖最后由王寓于于 2020-3-5 09:11 编辑

snljty 发表于 2020-3-4 22:45
里面信息写的很明白啊...
有些版本有这个问题。
加上“-nt 物理核心数”这个参数。

您好，按照您的说法我调整了命令，分别加入-nt 24 和-nt 24 -ntomp 6提示有相同的报错，我根据提示的意思第三次只写了 -ntomp 6可以正常运行，但是有个NOTE，请问这个NOTE能不能直接忽略？因为不太理解openMP方面的知识，担心造成资源的浪费所以想了解的清楚一些。报错如下。

作者
Author: snljty 时间: 2020-3-5 09:18

王寓于发表于 2020-3-5 09:09
您好，按照您的说法我调整了命令，分别加入-nt 24 和-nt 24 -ntomp 6提示有相同的报错，我根据提示的意思 ...

我忘了说了，加上-pin on您还可以用-ntmpi指定用的mpi thread数

作者
Author: 王寓于 时间: 2020-3-5 09:52

snljty 发表于 2020-3-5 09:18
我忘了说了，加上-pin on您还可以用-ntmpi指定用的mpi thread数

我大概能明白您的意思，但还是不太清楚-nt之类的该怎么写比较合适，我用的一个节点24个核，请问您能抽出一点时间帮我完整写一下-nt之类的命令吗？谢谢

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Author: sobereva 时间: 2020-3-5 12:25

王寓于发表于 2020-3-5 09:52
我大概能明白您的意思，但还是不太清楚-nt之类的该怎么写比较合适，我用的一个节点24个核，请问您能抽出 ...

有多少个物理核心-nt后头就写多少

作者
Author: 王寓于 时间: 2020-3-5 15:31

sobereva 发表于 2020-3-5 12:25
有多少个物理核心-nt后头就写多少

老师您好，我试了好多次，带上-nt 24(客服说使用的超算是一个节点24个核）就会有下图的报错，如果只写-ntomp 6 -pin on,可以正常计算但是会有Using 1 MPI process Using 6 openMP threads字样，请问这样设置合理吗？

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Author: sobereva 时间: 2020-3-7 10:21

王寓于发表于 2020-3-5 15:31
老师您好，我试了好多次，带上-nt 24(客服说使用的超算是一个节点24个核）就会有下图的报错，如果只写-nt ...

这是超算的编译有问题，没开启自带的thread-MPI。一般的人都不会编译成这种样子。

-ntomp 6只能用六核并行，显然很慢
你用-ntomp [核数]也行，但通常不如thread-MPI和OpenMP混用方式来得快

作者
Author: 王寓于 时间: 2020-3-12 09:42

sobereva 发表于 2020-3-7 10:21
这是超算的编译有问题，没开启自带的thread-MPI。一般的人都不会编译成这种样子。

-ntomp 6只能用六核 ...

我查阅了相关帖子，可以在命令前加上mpirun -np X 可以使用X个MPI process，然后自动分配openMP。

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Author: sobereva 时间: 2020-3-13 04:53

王寓于发表于 2020-3-12 09:42
我查阅了相关帖子，可以在命令前加上mpirun -np X 可以使用X个MPI process，然后自动分配openMP。

编译成了MPI版才可以这样用

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Author: zc_charles_li 时间: 2023-11-22 09:42

sobereva 发表于 2020-3-13 04:53
编译成了MPI版才可以这样用

请问在单个节点下进行多核并行运算时，也需要使用编译成MPI版的吗？

服务器上提交使用多个核，运行结果显示：
Using 1 MPI process
Using 128 OpenMP threads

在mdrun中指定-nt 8，也报了如下错误
Setting the total number of threads is only supported with thread-MPI and
GROMACS was compiled without thread-MPI

作者
Author: sobereva 时间: 2023-11-22 19:19

zc_charles_li 发表于 2023-11-22 09:42
请问在单个节点下进行多核并行运算时，也需要使用编译成MPI版的吗？

服务器上提交使用多个核，运行结 ...

单机并行绝对别用MPI版，自找麻烦

作者
Author: zc_charles_li 时间: 2023-11-23 08:46

sobereva 发表于 2023-11-22 19:19
单机并行绝对别用MPI版，自找麻烦

使用单节点，128个核的服务器，提交使用1、4、16个核的计算情况都是using 1 MPI process，计算效率几乎一样。这是不是安装的时候并行没弄好，没有开启自带的thread-MPI

作者
Author: sobereva 时间: 2023-11-24 01:55

zc_charles_li 发表于 2023-11-23 08:46
使用单节点，128个核的服务器，提交使用1、4、16个核的计算情况都是using 1 MPI process，计算效率几乎一 ...

重新编译一遍，别带着MPI
怎么装下文说了
GROMACS的安装方法（含全程视频演示）
http://sobereva.com/457（http://bbs.keinsci.com/thread-11821-1-1.html）

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