计算化学公社

标题: Gaussview创建的键parmchk2命令不识别 [打印本页]

作者
Author: hddonghao 时间: 2020-3-6 13:09
标题: Gaussview创建的键parmchk2命令不识别
为了得到Amber的参数文件和坐标文件，我使用了Gaussview创建了小分子的结构，如下图所示，并保存为Lig.mol2文件。使用[size=1em]parmchk2 -i Lig.mol2 -f mol2 -o Lig.frcmod[size=1em]命令时，出现了错误，如下图所示，错误显示不识别键的类型，请问这是什么原因，该如何改正呢？恳请各位大神指教，自己刚开始学习，自学中遇到了很多问题，谢谢大家。

(, 下载次数 Times of downloads: 27) (, 下载次数 Times of downloads: 31)

作者
Author: snljty 时间: 2020-3-6 13:17
mol2里面Ar改成ar试试。

作者
Author: hddonghao 时间: 2020-3-6 16:03

snljty 发表于 2020-3-6 13:17
mol2里面Ar改成ar试试。

非常感谢，使用后没有再报错，真的谢谢你。但是后面我使用sleap -f leap.in命令时，出现了
Checking charge:
Warning: non-integral total charge: -16.873
assertion "element != 0" failed: file "pertab.cpp", line 177, function: static const char* mort::pertab_t::get_symbol(size_t)
1 [main] sleap 34684 cygwin_exception::open_stackdumpfile: Dumping stack trace to sleap.exe.stackdump
这是什么原因呢？该如何解决啊？恳请大神指教。

作者
Author: juddtrump 时间: 2020-12-14 11:02

hddonghao 发表于 2020-3-6 16:03
非常感谢，使用后没有再报错，真的谢谢你。但是后面我使用sleap -f leap.in命令时，出现了
Checking cha ...

您好！请问这个问题解决了吗？我也遇到类似的情况？请问怎么解决了。还请前辈指导一下，谢谢！

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)