标题: 第二次跑动力学用时变短，为什么？ [打印本页] 作者Author: vandenberg 时间: 2020-3-6 15:54 标题: 第二次跑动力学用时变短，为什么？ 用跑完动力学的蛋白结构跑第二次动力学，发现同样的条件时间变成了第一次用时的5分之一,这是为什么？作者Author: wuzhiyi 时间: 2020-3-6 17:13
可能是c/gpu需要预热
可见http://manual.gromacs.org/docume ... or/performance.html
Delay for ramp-up added to PP-PME tuning
Modern CPUs and GPUs can take a few seconds to ramp up their clock speeds. Therefore the PP-PME load balancing now starts after 5 seconds instead of after a few MD steps. This avoids sub-optimal performance settings.作者Author: vandenberg 时间: 2020-3-6 18:24
可是第二次MD是隔了一天才开始的作者Author: sobereva 时间: 2020-3-7 03:44
从log末尾输出的耗时统计信息试图分析原因