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标题: 使用BCP计算氢键键能时，多氢键体系的总氢键能如何计算？加和？ [打印本页]

作者
Author: a617788816 时间: 2020-3-6 20:39
标题: 使用BCP计算氢键键能时，多氢键体系的总氢键能如何计算？加和？
本帖最后由 a617788816 于 2020-3-6 23:54 编辑

我的体系如下一个阳离子，一个阴离子和一个分子，在M062X-D3/6-311+G**下优化并得到单电能。根据http://sobereva.com/522一文的方法，计算计算BCP从而计算氢键结合能，而我的体系是多氢键体系.，总氢键结合能是否就是算出每个氢键结合能加和？1.关于氢键的判断，是不是形成了橘黄色的键临界点，就可以视为形成氢键？
2.从图可以看到，除了相互形成的氢键外，单分子自身内部也有氢键，我计算复合物体系的氢键结合能，或者说计算A和B的氢键结合能的话，这部分是否需要包含入内？
3.我中间单独有一个Cl离子，故阴离子与阳离子形成的氢键算带电体系公式？阴离子与分子形成体系算带电体系公式？阳离子内部形成氢键算带电体系？，只有分子内部形成才算中性体系？是不是应当这样来计算氢键结合能？能否详细解答。
4.我发现当我按3所述的，计算氢键时，均在10以下，大部分是5-6kcal/mol，好像并不满足您文中关于带电氢键，氢键键能达到10kcal/mol以上。是因为我的是CL离子，不如O,F电荷那么集中？

作者
Author: sobereva 时间: 2020-3-7 03:46
你这种情况作用复杂，直接按常规方式用能量求差的做法算结合能就完了
我JCC文中的做法对于作用位点明确，跟周围环境耦合弱的情况才适合

作者
Author: a617788816 时间: 2020-3-7 07:02

sobereva 发表于 2020-3-7 03:46
你这种情况作用复杂，直接按常规方式用能量求差的做法算结合能就完了
我JCC文中的做法对于作用位点明确， ...

我这个体系一个阳离子。一个阴离子，一个分子，共34个原子, 机子6核16G，想求氢键Einteration=AB-A-B
使用双杂化RI-PWPB95-D3(BJ)/def2-TZVPP这个级别计算弱相互作用，应当足够了吧？
还是说应当使用更高级别的CCSD(T)/may-cc-PVTZ 呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2020-3-7 10:38

a617788816 发表于 2020-3-7 07:02
我这个体系一个阳离子。一个阴离子，一个分子，共34个原子, 机子6核16G，想求氢键Einteration=AB-A-B
使 ...

都有阴离子了，显然得带弥散函数
CCSD(T)跑不动，除非用DLPNO

作者
Author: a617788816 时间: 2020-3-7 13:27
本帖最后由 a617788816 于 2020-3-9 01:04 编辑

sobereva 发表于 2020-3-7 10:38
都有阴离子了，显然得带弥散函数
CCSD(T)跑不动，除非用DLPNO

不好意思老师，上面忘记写了，以ma形式加，参考您http://bbs.keinsci.com/thread-13560-1-1.html
应该为PWPB95 D3 ma-def2-TZVPP def2/J def2-TZVPP/C RIJCOSX grid4 gridx4 tightSCF
1.这个级别来算，氢键结合能，精度能否接受？
2.因为原来是用Gaussian用m062x/6-311+G**做的优化，现改为ORCA做双杂化算单电，是不是容易受到诟病？应当改为用同一软件完成优化和单点？
3.同时，我还使用了psi4，做能量分解，但我在分别使用银级别计算，和使用铜级别计算时，分别输出的nSPAT0有大概4-5 KJ/mol的差异，（虽然银级别SPAT2+才是想要的），相同结构，但nSPAT0这个数值有这个差异正常吗？同样的结构输出的能量不应该一样吗？，这个能量分解，也是基于这两个片段做的分解，其中的物理意思是不是，交换互斥和色散加和为范德华作用能，静电单独项为静电能，四项加和为氢键结合能，诱导应该如何归类？，既然我目的是要考察成分，这里也已经算出结合能？上述1，2中双杂化高精度算单电能还是否有必要呢？
4.关于氢键结合能，我是阳离子和阴离子组合的复合体系，优化过程和算单电过程，阳离子未带弥散，阴离子带了弥散，符合体系带了弥散，请问我以Einter=EAB-EA-EB是不是不对，因为不是都三个都用了弥散？？

作者
Author: sobereva 时间: 2020-3-9 07:43

a617788816 发表于 2020-3-7 13:27
不好意思老师，上面忘记写了，以ma形式加，参考您http://bbs.keinsci.com/thread-13560-1-1.html
应该为 ...

1 可
2 显然没这个要求
3 这种程度的差异非常正常
诱导作用单独作为一项
你用的单点级别算的氢键作用能比SAPT银级别通常更好。如果你的目的不是要求高精度计算结合能，直接用SAPT给的结合能就行了
4 复合物体系应当只对阴离子的那些原子带弥散

作者
Author: a617788816 时间: 2020-3-9 11:00
本帖最后由 a617788816 于 2020-3-11 02:09 编辑

sobereva 发表于 2020-3-9 07:43
1 可
2 显然没这个要求
3 这种程度的差异非常正常

1.. ORCA中混合基组的使用，也与Gaussian同样的填写格式吗？

2.关于弥散，阴阳离子组成的弱相互作用体系，阴离子需要加弥散，我想问下如果阴离子体系较大，比如十几个乃至数十个原子，例如羧基脱氢后的赖氨酸，我加弥散应当整个阴离子体系加，还是针对阴离子体系中明显带负电的原子加，这个问题不是很懂？麻烦老师们解释一下.谢谢。

作者
Author: sobereva 时间: 2020-3-11 12:20

a617788816 发表于 2020-3-9 11:00
1.. ORCA中混合基组的使用，也与Gaussian同样的填写格式吗？

2.关于弥散，阴阳离子组成的弱相互作用体 ...

1 格式看手册

2 给赖氨酸的羧基部分加就够了

作者
Author: a617788816 时间: 2020-3-13 01:50
本帖最后由 a617788816 于 2020-3-16 20:08 编辑

sobereva 发表于 2020-3-11 12:20
1 格式看手册

2 给赖氨酸的羧基部分加就够

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